AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons031_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238809
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP446	300	GLYCOSYL TRANSFERASE (lgtD)
#1	RP720	137	DNA LIGASE (lig)
#2	RP721	300	QUEUINE TRNA-RIBOSYLTRANSFERASE (tgt)
#3	RP730	300	unknown
#4	RP733	125	SURFEIT LOCUS PROTEIN 1 (surf1)
#5	RP734	48	ATP-DEPENDENT NUCLEASE SUBUNIT A (addA)
#6	RP774	93	unknown
#7	RP775	191	CELL DIVISION PROTEIN FTSY (ftsY)
#8	RP776	153	DNA POLYMERASE I (polA)

Motif 1
ATGACCTATATAAATAAAATCTAAA          	8	138	1
GCTATAGTAATAAACGTAATTTAGAATAGAGGTTG	3	152	0
TTCATAGGAATAAATCTAATATTTAAGACTTTTAA	0	174	1
CTGTTGCAACTAATTTAAATATATATAAAGTGTTG	2	152	0
TGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAATAA	3	207	1
AGCCAATTTTTAATATAAATCTAGAATTCTTATTT	3	236	0
AGGAGCTGATTAATAAAAATGTATATGAGTTTTAA	2	96	1
AAAATTGGCTTATAATAAATGTTTAGAATGCTCAA	3	261	1
TTATAATCTTTTAATAAAATCTAGATAAAATTAAA	6	65	1
TAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTATAT	0	209	1
       GTATAAAGAAAAAGTAGAAGAAAAATTC	2	3	1
TAAAAAATTATATTTTAAATCTGAAAAATTAGAAT	0	231	1
GTTAAAGCTATTTACAAAATTTTAAAAAATTCTCG	2	45	1
TTAGGATCTTTAATCTTAATTGTTATATTAAAATA	2	235	1
AAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCACTGTAGA	0	141	0
GGAATAAAAGTATTGATAATATTTATATATTATCT	2	198	0
ATAAAATGGATTAAGCTAATAGTAAAAAATCAATA	5	18	1
ATAGTTATCGTTTATGTAATCTTAAGATTCTGGTT	0	80	1
TGTAAATAGCTTTAACTAATATGGAATTTTTCTTC	2	26	0
GATATGCATATTCAAATAATATTCAGTAACATAAA	0	21	1
          ****  **** *  *
MAP Score: 21.9841

Motif 2
CTAAATTACGTTTATTACTATAGCTATATTA	3	163	1
TAGTTAATTGTTTATTTAAATAGTCTACAGT	0	118	1
   TTTAGATTTTATTTATATAGGTCATATC	8	135	0
AAATATTAGATTTATTCCTATGAAAATAAGA	0	167	0
TATCAATACTTTTATTCCTATTAGGATCTTT	2	215	1
ACCTTTTTTATTTATTCTTATTTTCATAGGA	0	152	1
ATTATAATCTTTTAATAAAATCTAGATAAAA	6	64	1
TAATTTTTGCTTTAATATTATCTATTAAAAG	0	202	0
TCTTAATTGTTATATTAAAATATTAGTATGC	2	248	1
ATTGCGAGAATTTTTTAAAATTTTGTAAATA	2	53	0
ATATTGTTATTTTTTTATAATTACTTTGTTA	1	108	0
AGTGAAGAAGTATATTATAATCTTTTAATAA	6	51	1
TATGTATTGATTTTTTACTATTAGCTTAATC	5	26	0
TATAAATAGTTTTATTACCATTGACATGTTA	0	272	1
ACCTTTACATTTTAATTAAATTCAGGCATAA	3	204	0
       AAATTTAATTTTATCTAGATTTTA	6	79	0
ACACTTTATATATATTTAAATTAGTTGCAAC	2	154	1
ATTCTAAACATTTATTATAAGCCAATTTTTA	3	259	0
TTATTTTTACTTCATTATAATTCCATCATAC	7	138	0
AGATATTACTTTTAAAAATATTATTACTG  	2	281	1
TCTTAGATAATATATAAATATTATCAATACT	2	194	1
          ******* ***
MAP Score: 21.7107

Motif 3
TGTAGACTATTTAAATAAACAATTAACTACAAA	0	114	0
TAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTAT	0	209	1
TTTTCAGATTTAAAATATAATTTTTTAATTTTT	0	225	0
TAAAACTATTTATACTATAAATTCTAATTTTTC	0	253	0
GATCACACGATAAAACAAACACTTTTACTC   	1	7	0
CAGGAGCTGATTAATAAAAATGTATATGAGTTT	2	95	1
TCTTAATTGTTATATTAAAATATTAGTATGCTA	2	248	1
ATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAA	3	206	1
AATGTAAAGGTAAAATAAGAATTCTAGATTTAT	3	224	1
ATTCTAGATTTATATTAAAAATTGGCTTATAAT	3	244	1
TTTAGAATGCTCAATTAAAAACTTAATT     	3	282	1
GGATTAAGCTAATAGTAAAAAATCAATACATAA	5	25	1
CCTCGCTAAATAAATTAAAAAGTATTTGTCAAA	6	16	1
AGTGAAGAAGTATATTATAATCTTTTAATAAAA	6	51	1
ATTATAATCTTTTAATAAAATCTAGATAAAATT	6	64	1
AAAATCTAGATAAAATTAAATTT          	6	80	1
GGAATTATAATGAAGTAAAAATAACACCAACAT	7	145	1
CCAACATACATAAAACAAAAACTAGCTAAT   	7	171	1
TATGACCTATATAAATAAAATCTAAA       	8	137	1
          * ** ****** *
MAP Score: 19.2666

Motif 4
ATGTTAGTATAAATAGTTATCGTTTATGTAATCT	0	68	1
CTGTAGACTATTTAAATAAACAATTAACTACAAA	0	114	0
GTGGTACCTTTTTTATTTATTCTTATTTTCATAG	0	147	1
TTCATAGGAATAAATCTAATATTTAAGACTTTTA	0	174	1
AATTTTTGCTTTAATATTATCTATTAAAAGTCTT	0	198	0
ATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTATATTTTAA	0	215	1
ATTAAAAAATTATATTTTAAATCTGAAAAATTAG	0	229	1
TTTATACTATAAATTCTAATTTTTCAGATTTAAA	0	244	0
TATTGTTATTTTTTTATAATTACTTTGTTACAAA	1	104	0
GCTATTTACAAAATTTTAAAAAATTCTCGCAATA	2	51	1
TGTTGCTGAAAAATAGTAATCGCTCGTTAAAACT	2	123	0
CTAATTTAAATATATATAAAGTGTTGCTGAAAAA	2	144	0
TATCTTAGATAATATATAAATATTATCAATACTT	2	192	1
ATTAGGATCTTTAATCTTAATTGTTATATTAAAA	2	234	1
ATAATATTTTTAAAAGTAATATCTTAGCATACTA	2	271	0
ATTACTTTTAAAAATATTATTACTG         	2	285	1
TATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAA	3	205	1
GAATTCTAGATTTATATTAAAAATTGGCTTATAA	3	242	1
AAAAATTGGCTTATAATAAATGTTTAGAATGCTC	3	260	1
     AGAGTAAAATCTAAAGCGTAATTATTAGT	4	106	0
GCTTAATCCATTTTATTAATTAGT          	5	0	0
TGGATTAAGCTAATAGTAAAAAATCAATACATAA	5	24	1
GCCTCGCTAAATAAATTAAAAAGTATTTGTCAAA	6	15	1
GTGAAGAAGTATATTATAATCTTTTAATAAAATC	6	52	1
GTTAGATCCAAATAATTAATGTCT          	7	0	0
TTGGGATCAAAAATACTAAATATTTTTTATGCAC	7	44	1
ATATGACCTATATAAATAAAATCTAAA       	8	136	1
          ***** ****   *
MAP Score: 12.7913