AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons032_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238825
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP148	240	DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE  (dapB)
#1	RP317	138	PROTEIN KINASE C INHIBITOR 1 (pkcI)
#2	RP429	222	DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE (dapA)
#3	RP753	250	ASPARTOKINASE  (lysC)

Motif 1
   ATTGGTAATATTATAATATAGACAAAGTTTA	0	219	0
AATATTATTAATATTAGTATTTTTGTTCTCATAT	2	61	0
CGTTATTGTTATACTAAGATTTTTATGAATACAT	2	175	0
TATTAATAATATTTTAAAATTTGTTTAATGGGAT	2	82	1
TCTAATCAATATTTTAAGATATGTGTGCAGCATC	1	59	0
CGCTATTACAATTTTACTATTTCTACTTCTTGTC	2	16	1
ATTATGATGCATATTGCTATGTGGTTGATAAAAA	3	84	1
GGATGTACCAATATTATCATCATTGTGAGGTAAA	1	20	1
TCAATGCTAAATACTGCAATGTATATAGATAAGT	0	45	1
TTACTTACAGATATTATTGTGTGGAATTGCGTTC	3	165	0
GTTTAATGGGATTCTATGATAAAGCAAAAGTATA	2	104	1
CATGCAAAACATTTTGTGCTATGTAATATAGTAT	3	28	0
          ******  ** * *
MAP Score: 12.5042

Motif 2
TTTGTCTATATTATAATATTACCAAT     	0	224	1
AAAATGGATGTACCAATATTATCATCATTGT	1	15	1
CACACATATCTTAAAATATTGATTAGATTGT	1	66	1
CAAAACGCTATTACAATTTTACTATTTCTAC	2	11	1
AGAACAAAAATACTAATATTAATAATATTTT	2	66	1
TAAACAAATTTTAAAATATTATTAATATTAG	2	78	0
TATGTATTCATAAAAATCTTAGTATAACAAT	2	174	1
ATGTGGTTGATAAAAATATTTATTGAAAAGC	3	102	1
CTAGCTTACTTACAGATATTATTGTGTGGAA	3	173	0
       AGCTTATAATAGTAAGCCTAATAG	3	236	0
          *** *******
MAP Score: 10.2802

Motif 3
CTACCCTATAAAGGGAAGTGGAAAAAAGACAAGTTCAATGCT	0	11	1
TATATAGATAAGTGTAAATGAGCAGTTTGATATACAAATTAC	0	66	1
CTTAGAGTGTAACTTATGTTCAAAGTCTAGTAGTTTAATAGA	0	107	1
ATATAGACAAAGTTTAATTTGTAAAAGAGCAAGGTGTATTAT	0	193	0
   CAAAAAAAATGGATGTACCAATATTATCATCATTGTGAG	1	7	1
CTGTAGTTTTATGGTAATTGCACACTGAATTATGATGCAGCA	1	96	0
TTTCTACACGACAAGAAGTAGAAATAGTAAAATTGTAATAGC	2	17	0
TGTCGTGTAGAAAGTATATGAGAACAAAAATACTAATATTAA	2	46	1
AATCCCATTAAACAAATTTTAAAATATTATTAATATTAGTAT	2	75	0
ATGGGATTCTATGATAAAGCAAAAGTATAACAACAAAATCAC	2	109	1
GTATAACAATAACGTAATAATTAAAATAAGGAAAATC     	2	195	1
TATGTAATATAGTATATGATTAAAGTGCAATAC         	3	1	0
AGCAATATGCATCATAATTTTGAAAAACACAAGATAATACCA	3	60	0
ATGGTAGTTGAACGCAATTCCACACAATAATATCTGTAAGTA	3	156	1
          *  * ** *   ** *  *  *
MAP Score: 8.91314

Motif 4
TAAAGGGAAGTGGAAAAAAGACAAGTTCAA	0	19	1
TATAGATAAGTGTAAATGAGCAGTTTGATA	0	68	1
AGTCTAGTAGTTTAATAGAGCAATTGATAC	0	130	1
AAGTTTAATTTGTAAAAGAGCAAGGTGTAT	0	196	0
TTGGTAATATTATAATATAGACAAAGTTTA	0	219	0
ATAGTAAAATTGTAATAGCGTTTTGC    	2	6	0
AATGGGATTCTATGATAAAGCAAAAGTATA	2	108	1
TTTTGTGCTATGTAATATAGTATATGATTA	3	21	0
TATTATTGTGTGGAATTGCGTTCAACTACC	3	158	0
CAATAATATCTGTAAGTAAGCTAGATAAGA	3	180	1
          **********
MAP Score: 5.81488

Motif 5
ATGGATGTACCAATATTATCATCATTGTGAGGTAAAA	1	18	1
ACAATCTAATCAATATTTTAAGATATGTGTGCAGCAT	1	60	0
ATTCAGTGTGCAATTACCATAAAACTACAGGATAAAA	1	108	1
AACGCTATTACAATTTTACTATTTCTACTTCTTGTCG	2	14	1
TATATGAGAACAAAAATACTAATATTAATAATATTTT	2	60	1
TCCCATTAAACAAATTTTAAAATATTATTAATATTAG	2	78	0
ATTGTTATACTAAGATTTTTATGAATACATAAATAGG	2	168	0
CTTAGTATAACAATAACGTAATAATTAAAATAAGGAA	2	191	1
TTGTGTTTTTCAAAATTATGATGCATATTGCTATGTG	3	70	1
AAAGCTAGTCCAACATTCAAATCATTGAATGGTAGTT	3	128	1
          *** ***   *  * **
MAP Score: 5.61072

Motif 6
  GCTACCCTATAAAGGGAAGTGGAAAAAAGACAAGTTCAAT	0	8	1
AGTCTAGTAGTTTAATAGAGCAATTGATACAAAGTATTACCG	0	130	1
      CAAAAAAAATGGATGTACCAATATTATCATCATTGT	1	4	1
TGCAGCACAATCTAATCAATATTTTAAGATATGTGTGCAGCA	1	61	0
TGCAATTACCATAAAACTACAGGATAAAAGAA          	1	116	1
TCTTGTCGTGTAGAAAGTATATGAGAACAAAAATACTAATAT	2	43	1
TAGAATCCCATTAAACAAATTTTAAAATATTATTAATATTAG	2	78	0
GGATTCTATGATAAAGCAAAAGTATAACAACAAAATCACTTG	2	112	1
TTATTGTTATACTAAGATTTTTATGAATACATAAATAGGATT	2	165	0
TTAGTATAACAATAACGTAATAATTAAAATAAGGAAAATC  	2	192	1
ATCATAATTTTGAAAAACACAAGATAATACCATGCAAAACAT	3	50	0
AATATCTGTAAGTAAGCTAGATAAGAACAAAAAGCAATTAAT	3	184	1
      AGCTTATAATAGTAAGCCTAATAGAACATTCACCAT	3	224	0
          * *** * *      ** *  *
MAP Score: 5.40264

Motif 7
CTATAAAGGGAAGTGGAAAAAAGACAAGTTCAATGCTAAA	0	16	1
TCTACACGACAAGAAGTAGAAATAGTAAAATTGTAATAGC	2	17	0
TGTCGTGTAGAAAGTATATGAGAACAAAAATACTAATATT	2	46	1
TTCTATGATAAAGCAAAAGTATAACAACAAAATCACTTGT	2	115	1
GTATTCATAAAAATCTTAGTATAACAATAACGTAATAATT	2	177	1
ACAATAACGTAATAATTAAAATAAGGAAAATC        	2	200	1
TATGCATCATAATTTTGAAAAACACAAGATAATACCATGC	3	57	0
ATGGTAGTTGAACGCAATTCCACACAATAATATCTGTAAG	3	156	1
ATCTGTAAGTAAGCTAGATAAGAACAAAAAGCAATTAATG	3	187	1
          **     *  *  **** **
MAP Score: 5.36759