AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons033_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238893
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP085	300	CYSTEINYL-TRNA SYNTHETASE (cysS)
#1	RP428	121	BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE (ilvE)
#2	RP664	300	unknown
#3	RP743	79	SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE (glyA)
#4	RP744	102	unknown

Motif 1
TATCACAAGAAAAAACATAACATAATTTTA	0	21	0
CTACTAGTTCATAAACATATTGACATGAGA	0	102	1
TGAGAAAAGTGAAAACATATTTTTGAGTTG	0	127	1
CATTTATAAAAAAAACAATTAATAGACATT	0	172	0
GAATATATAAATTAACAAATATTATATCTC	0	201	0
CACGAAAGCCAAAAACAACTATGATATTAA	1	56	0
ATTCACTTTAAAATACAAATATAGTATTAG	2	169	1
GAATCATCAAATAAACAAATAGCAGCTTGC	2	217	1
AATTTCTGTCAAGAACAAATTA        	2	288	1
GATAAATACTAAAAACATATGAGGATGC  	3	61	1
TATTAAAGTAATAAACATATGAAATAAAGT	4	77	1
          **********
MAP Score: 16.3464

Motif 2
     GTAACATTTTCTAAAATTATGTTATGTTTT	0	5	1
AAAAGCTACTAGTTCATAAACATATTGACATGAGA	0	97	1
TAAAAAAAACAATTAATAGACATTTAAACTAAAAA	0	161	0
TTTTTTATAAATGAGATATAATATTTGTTAATTTA	0	189	1
AATATTTGTTAATTTATATATTCAATTTATTGACT	0	208	1
TGAGTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA    	1	100	1
ATATCTATTTAAAAGATAGATTTAT          	2	0	0
ACTTTACTGTATTAAATAGAGTAATTCACTTTAAA	2	146	1
TTGCCGAATCATCAAATAAACAAATAGCAGCTTGC	2	212	1
GTAACTTTCTATAATAAATAGTAATTTCTGTCAAG	2	266	1
GTACTGTAGTAACACATATACAGATAAATACTAAA	3	39	1
ATATACAGATAAATACTAAAAACATATGAGGATGC	3	54	1
ATTGCTATTCATTTAATATACTCAACTTTAATATT	4	46	1
TTTAATATTAAAGTAATAAACATATGAAATAAAGT	4	72	1
          ** * *** * * **
MAP Score: 10.5978

Motif 3
ATTTTGAACCCGTGGTCAAACCACGAGATGTAAAA	1	19	0
TTTTACATCTCGTGGTTTGACCACGGGTTCAAAAT	1	19	1
AAACTCATCCCGTGGTTTGACCACGAAAGCCAAAA	1	72	0
TTTTGGCTTTCGTGGTCAAACCACGGGATGAGTTT	1	72	1
          **  **   ******
MAP Score: 9.82251

Motif 4
AGTAAAACTATCACAAGAAAAAACATAACATAATT	0	24	0
ACTAAAAAATTCCAACTCAAAAATATGTTTTCACT	0	134	0
TTAATAGACATTTAAACTAAAAAATTCCAACTCAA	0	149	0
TCATTTATAAAAAAAACAATTAATAGACATTTAAA	0	168	0
TTGTTTTTTTTATAAATGAGATATAATATTTGTTA	0	184	1
AATTGAATATATAAATTAACAAATATTATATCTCA	0	200	0
TTTATTGACTAATAATTTTCAAACAAAATGTGCTT	0	233	1
GACCACGGGTTCAAAATTATTAATATCATAGTTGT	1	37	1
GGTTTGACCACGAAAGCCAAAAACAACTATGATAT	1	59	0
GAGTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA     	1	101	1
AATATATCTATTTAAAAGATAGATTTAT       	2	3	0
AGTAATTCACTTTAAAATACAAATATAGTATTAGG	2	165	1
TGCCGAATCATCAAATAAACAAATAGCAGCTTGCA	2	213	1
GAAAGTTACAACTAAATTAAATAAATGTGCAAGCT	2	240	0
TTACTATTTATTATAGAAAGTTACAACTAAATTAA	2	255	0
TAGTAATTTCTGTCAAGAACAAATTA         	2	284	1
TTACTACAGTACAAAGAAAAATAAACGACTAGATA	3	16	0
TTTGTACTGTAGTAACACATATACAGATAAATACT	3	36	1
CATATACAGATAAATACTAAAAACATATGAGGATG	3	53	1
AACTTTAATATTAAAGTAATAAACATATGAAATAA	4	69	1
          * ***   * *****
MAP Score: 2.44476