AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons033_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238910
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP085	300	CYSTEINYL-TRNA SYNTHETASE (cysS)
#1	RP428	121	BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE (ilvE)
#2	RP664	300	unknown
#3	RP743	79	SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE (glyA)
#4	RP744	102	unknown
#5	RP745	52	GLUTAREDOXIN-LIKE PROTEIN GRLA (grxC2)

Motif 1
AAAACTATCACAAGAAAAAACATAACATAATTTTA	0	21	0
AAAAGCTACTAGTTCATAAACATATTGACATGAGA	0	97	1
TGACATGAGAAAAGTGAAAACATATTTTTGAGTTG	0	122	1
TAAAAAAAACAATTAATAGACATTTAAACTAAAAA	0	161	0
TATCTCATTTATAAAAAAAACAATTAATAGACATT	0	172	0
TAGTCAATAAATTGAATATATAAATTAACAAATAT	0	209	0
TTGACCACGAAAGCCAAAAACAACTATGATATTAA	1	56	0
TGAGTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA    	1	100	1
AAATATATCTATTTAAAAGATAGATTTAT      	2	4	0
GAGTAATTCACTTTAAAATACAAATATAGTATTAG	2	164	1
TTGCCGAATCATCAAATAAACAAATAGCAGCTTGC	2	212	1
AGTTACAACTAAATTAAATAAATGTGCAAGCTGCT	2	237	0
ATAGTAATTTCTGTCAAGAACAAATTA        	2	283	1
GTGTTACTACAGTACAAAGAAAAATAAACGACTAG	3	19	0
GTACTGTAGTAACACATATACAGATAAATACTAAA	3	39	1
ATACAGATAAATACTAAAAACATATGAGGATGC  	3	56	1
TTTAATATTAAAGTAATAAACATATGAAATAAAGT	4	72	1
     TCAAAACCTGATATAAATATTATTTTCTAA	5	32	0
          *    *** ******
MAP Score: 17.0978

Motif 2
TATATCTATTTAAAAGATAGATTTAT          	2	0	0
AACTTTACTGTATTAAATAGAGTAATTCACTTTAAA	2	145	1
TAATATTTGTTAATTTATATATTCAATTTATTGACT	0	207	1
GTAATAAACATATGAAATAAAGTAAACC        	4	84	1
TAAAAGCTACTAGTTCATAAACATATTGACATGAGA	0	96	1
ATAGAAAGTGTATTTTAGAAAATAATATTTATATCA	5	18	1
ATATTTATATTAGATTAGAAACTCATCCCGTGGTTT	1	89	0
TGTACTGTAGTAACACATATACAGATAAATACTAAA	3	38	1
TATTGCTATTCATTTAATATACTCAACTTTAATATT	4	45	1
TGTAACTTTCTATAATAAATAGTAATTTCTGTCAAG	2	265	1
TTTGCCGAATCATCAAATAAACAAATAGCAGCTTGC	2	211	1
ATCTCATTTATAAAAAAAACAATTAATAGACATTTA	0	170	0
ATGTGCTTAATACATCATATTATAATGCCATCAACA	0	260	1
      GTAACATTTTCTAAAATTATGTTATGTTTT	0	4	1
TGTGTTACTACAGTACAAAGAAAAATAAACGACTAG	3	19	0
          TAAGTTATATTTATATTAGATTAGAA	1	105	0
AGTAATTCACTTTAAAATACAAATATAGTATTAGGA	2	165	1
          **  * *** * * **
MAP Score: 14.6678

Motif 3
    GTAACATTTTCTAAAATTATGTTATGTTTTTTCTTGTG	0	6	1
ATCTTTAAAGTTTTCTCCTCTAGTACTAATTTAAAAGCTACT	0	65	1
ATGTTTTCACTTTTCTCATGTCAATATGTTTATGAACTAGTA	0	103	0
TGAGTTGGAATTTTTTAGTTTAAATGTCTATTAATTGTTTTT	0	150	1
TGTCTATTAATTGTTTTTTTTATAAATGAGATATAATATTTG	0	174	1
AGATATAATATTTGTTAATTTATATATTCAATTTATTGACTA	0	202	1
GATGAGTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA         	1	98	1
CCTAATACTATATTTGTATTTTAAAGTGAATTACTCTATTTA	2	158	0
GCTTGCACATTTATTTAATTTAGTTGTAACTTTCTATAATAA	2	241	1
          TAATTTGTTCTTGACAGAAATTACTATTTATT	2	278	0
ATCTAGTCGTTTATTTTTCTTTGTACTGTAGTAACACATATA	3	17	1
TATAGGCTCTTTGTTTTGTTTGCTATTGCTATTCATTTAATA	4	22	1
ATATGTTTATTACTTTAATATTAAAGTTGAGTATATTAAATG	4	55	0
ATAAATATTATTTTCTAAAATACACTTTCTATAGCAATAT  	5	8	0
          ** ***  * *  *  *    *
MAP Score: 9.97798

Motif 4
AGAAAAAACATAACATAATTTTAGAAAATGTTA	0	11	0
AAAAAACAATTAATAGACATTTAAACTAAAAAA	0	160	0
GTTTTTTTTATAAATGAGATATAATATTTGTTA	0	186	1
TTGAATATATAAATTAACAAATATTATATCTCA	0	200	0
CCACGGGTTCAAAATTATTAATATCATAGTTGT	1	39	1
TTTGACCACGAAAGCCAAAAACAACTATGATAT	1	59	0
GTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA     	1	103	1
TATCTATTTAAAAGATAGATTTAT         	2	1	0
TCTATCTTTTAAATAGATATATTTCCCTGAACC	2	15	1
TTACTGTATTAAATAGAGTAATTCACTTTAAAA	2	149	1
TAATTCACTTTAAAATACAAATATAGTATTAGG	2	167	1
CCGAATCATCAAATAAACAAATAGCAGCTTGCA	2	215	1
AAGTTACAACTAAATTAAATAAATGTGCAAGCT	2	240	0
TTCTTGACAGAAATTACTATTTATTATAGAAAG	2	270	0
ACTACAGTACAAAGAAAAATAAACGACTAGATA	3	16	0
TGTACTGTAGTAACACATATACAGATAAATACT	3	38	1
CTTTAATATTAAAGTAATAAACATATGAAATAA	4	71	1
TGTATTTTAGAAAATAATATTTATATCAGGTTT	5	26	1
          *** * * *****
MAP Score: 9.36376

Motif 5
     GTAACATTTTCTAAAATTATGTTATGTTTT	0	5	1
TTGAGTTGGAATTTTTTAGTTTAAATGTCTATTAA	0	149	1
GTCTATTAATTGTTTTTTTTATAAATGAGATATAA	0	175	1
TGAGATATAATATTTGTTAATTTATATATTCAATT	0	200	1
TTATATATTCAATTTATTGACTAATAATTTTCAAA	0	221	1
ATTGACTAATAATTTTCAAACAAAATGTGCTTAAT	0	236	1
CCACGGGATGAGTTTCTAATCTAATATAAATATAA	1	92	1
CTCCTAAAGAACTTTACTGTATTAAATAGAGTAAT	2	136	1
AGAGTAATTCACTTTAAAATACAAATATAGTATTA	2	163	1
TTTAGTTGTAACTTTCTATAATAAATAGTAATTTC	2	259	1
TAATATACTCAACTTTAATATTAAAGTAATAAACA	4	59	1
TAGAAAGTGTATTTTAGAAAATAATATTTATATCA	5	19	1
          * ***  * * ****
MAP Score: 2.51302

Motif 6
    GTAACATTTTCTAAAATTATGTTATGTTT	0	6	1
CTATTAATTGTTTTTTTTATAAATGAGATATAA	0	177	1
AATTTATATATTCAATTTATTGACTAATAATTT	0	218	1
CCATCAACAATTTTTTGTAAATA          	0	287	1
GAGTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA   	1	101	1
CCTAAAGAACTTTACTGTATTAAATAGAGTAAT	2	138	1
AGCTTGCACATTTATTTAATTTAGTTGTAACTT	2	240	1
GAAATTACTATTTATTATAGAAAGTTACAACTA	2	261	0
TATTTTTCTTTGTACTGTAGTAACACATATACA	3	28	1
TTGCTATTCATTTAATATACTCAACTTTAATAT	4	47	1
CTATAGAAAGTGTATTTTAGAAAATAATATTTA	5	16	1
          **** **** * *
MAP Score: 2.38106