AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons034_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238925
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP091	174	ASPARTATE AMINOTRANSFERASE A (aatA)
#1	RP109	300	PROBABLE PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE  (ptb)
#2	RP373	102	MALIC ENZYME (tme)

Motif 1
   AGTTTAATTACTAAATTCATATTATTTACACTATAATA	0	7	1
ATTTACACTATAATAAAGCATATCTTAATAAATTTTTAAAT	0	33	1
AATAAATTTTTAAATAAAATAATTTTATTGAGATTAAAATT	0	59	1
TTTATTGAGATTAAAATTGCTGTATTATCGTTTATTATTAA	0	82	1
CTTATATACTTTAGAATAACATTAATAATAAACGATAATAC	0	103	0
GTTTAAGTGTTCATAAACATTTTATTATCCACTAT      	1	4	0
TTAAAGAATTTAACTTTAATATTAATAATGAATGATTTAGG	1	57	1
TTCGCTGTCTTAAGTAAAGTGATCTTCTATAATTCTGTGTC	1	109	1
TATTAGCATACAAGTTACTCGATGATATTGAATAGATCTGT	1	158	1
GTAATACTACTTACTTACAAATTGTTATTAAAGAACTGCTT	1	203	1
AATTTTTCCTTGATTAACTAACTTATATATTATCTAATTGA	1	245	1
CACAAGAGCGTCATATATAACATAATAAAAAACAAAACAGG	2	61	1
          * * ***     *  ***  *
MAP Score: 8.83065

Motif 2
AATAATATGAATTTAGTAATTAAACT         	0	1	0
TTATTTAAAAATTTATTAAGATATGCTTTATTATA	0	41	0
TCTCAATAAAATTATTTTATTTAAAAATTTATTAA	0	57	0
TTGAGATTAAAATTGCTGTATTATCGTTTATTATT	0	86	1
AAGAATCCGAATTCAGTATTTTAAGATTCTCAAAG	0	141	1
TAATATTAATAATGAATGATTTAGGGAGAAGGGGA	1	73	1
GAGAAGGGGAATTCGCTGTCTTAAGTAAAGTGATC	1	98	1
ATCTTCTATAATTCTGTGTCTTATCCCTTATTAGC	1	130	1
TTTTTCCTTGATTAACTAACTTATATATTATCTAA	1	247	1
AATCAACTCAATTAGATAATATATAAGTTAGTTAA	1	258	0
AATTGAGTTGATTAATTGATTCAGGTATTT     	1	280	1
TTTGTTTTTTATTATGTTATATATGACGCTCTTGT	2	62	0
          ***   *** *** *
MAP Score: 7.8557

Motif 3
TCATATTATTTACACTATAATAAAGCATATCTTAATAAATTT	0	26	1
AGCATATCTTAATAAATTTTTAAATAAAATAATTTTATTGAG	0	49	1
ACATTAATAATAAACGATAATACAGCAATTTTAATCTCAATA	0	84	0
GTTTATTATTAATGTTATTCTAAAGTATATAAGAATCCGAAT	0	111	1
CTTAAACTGAAAGAAGTTTTTAAAGAATTTAACTTTAATATT	1	38	1
GCATACAAGTTACTCGATGATATTGAATAGATCTGTTGCGGT	1	163	1
ACTTACTTACAAATTGTTATTAAAGAACTGCTTCAATTTTTC	1	211	1
TTCCTTGATTAACTAACTTATATATTATCTAATTGAGTTGAT	1	250	1
ATTATAGCACAAGAGCGTCATATATAACATAATAAAAAACAA	2	54	1
          **     *  ** ** *  * *
MAP Score: 7.1189