AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons034_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238937
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP091	174	ASPARTATE AMINOTRANSFERASE A (aatA)
#1	RP109	300	PROBABLE PHOSPHATE ACETYLTRANSFERASE  (ptb)
#2	RP371	252	LYSYL-tRNA SYNTHETASE (lysS)
#3	RP372	30	unknown
#4	RP373	102	MALIC ENZYME (tme)

Motif 1
TTCTTGCACTTTAATTAATAATCAGTGACAA	2	225	0
TAAAATTATTTTATTTAAAAATTTATTAAGA	0	55	0
       AGTTTAATTACTAAATTCATATTA	0	3	1
GTAATACTACTTACTTACAAATTGTTATTAA	1	203	1
ATTGAAGCAGTTCTTTAATAACAATTTGTAA	1	217	0
GGAGTTCGTGTAATTTAAAAAAATAAAACAT	2	94	1
TAAAGTTAAATTCTTTAAAAACTTCTTTCAG	1	44	0
TAATAAAGCATATCTTAATAAATTTTTAAAT	0	43	1
AATATATAAGTTAGTTAATCAAGGAAAAATT	1	245	0
CCCTAAATCATTCATTATTAATATTAAAGTT	1	68	0
TGTATTATCGTTTATTATTAATGTTATTCTA	0	102	1
CTTAATTTGATATTTTACAAATAAATAAATT	2	187	1
GCGTCATATATAACATAATAAAAAACAAAAC	4	68	1
TCAGTATTGTTTTTTTGCTAAATATTGTTG 	3	9	0
          *** *******
MAP Score: 13.99

Motif 2
       AGTTTAATTACTAAATTCATATTATTTAC	0	3	1
ATAAAATTATTTTATTTAAAAATTTATTAAGATATG	0	51	0
ATAAAATAATTTTATTGAGATTAAAATTGCTGTATT	0	72	1
TGTATTATCGTTTATTATTAATGTTATTCTAAAGTA	0	102	1
CTTAAAATACTGAATTCGGATTCTTATATACTTTAG	0	130	0
CCCTAAATCATTCATTATTAATATTAAAGTTAAATT	1	63	0
AGGGAGAAGGGGAATTCGCTGTCTTAAGTAAAGTGA	1	95	1
GTGATCTTCTATAATTCTGTGTCTTATCCCTTATTA	1	127	1
CAATTTTTCCTTGATTAACTAACTTATATATTATCT	1	244	1
ATTAATCAACTCAATTAGATAATATATAAGTTAGTT	1	260	0
TCTAATTGAGTTGATTAATTGATTCAGGTATTT   	1	277	1
CTCCTACGACTTAATTACTTCTTATAATGACAGTGC	2	62	0
AGGAGTTCGTGTAATTTAAAAAAATAAAACATTATA	2	93	1
GCATTACGCAGTAATTCGATGAAACAATCCAGAAAA	2	134	0
ATGACTGAGCTTAATTTGATATTTTACAAATAAATA	2	178	1
TGTTTTGTTTTTTATTATGTTATATATGACGCTCTT	4	64	0
          ** ***   * * ***
MAP Score: 13.8028

Motif 3
AAGATATGCTTTATTATAGTGTAAATAATATGAATT	0	23	0
ATAAATAAATTTAGTATATTGTCACTGATTATTAAT	2	207	1
 GAAAGGTTATTACTATGGTTTGATTGCTGTACCTA	4	9	1
GTTTTGTTTTTTATTATGTTATATATGACGCTCTTG	4	63	0
AAATCATTCATTATTAATATTAAAGTTAAATTCTTT	1	59	0
   AGTTTAATTACTAAATTCATATTATTTACACTA	0	7	1
TTATCGTTTATTATTAATGTTATTCTAAAGTATATA	0	106	1
          TCAGTATTGTTTTTTTGCTAAATATT	3	14	0
GAATCCGAATTCAGTATTTTAAGATTCTCAAAGCTC	0	143	1
AATTTTAATCTCAATAAAATTATTTTATTTAAAAAT	0	64	0
AAAGCATATCTTAATAAATTTTTAAATAAAATAATT	0	47	1
TTTCCTTGATTAACTAACTTATATATTATCTAATTG	1	249	1
ACTTAATTACTTCTTATAATGACAGTGCGAGAATCC	2	54	0
   ATAGTGGATAATAAAATGTTTATGAACACTTAA	1	7	1
          *** ***  * * * *
MAP Score: 13.5951

Motif 4
ATTATAGTGTAAATAATATGAATTTAGTAATTAAACT      	0	4	0
TTATTTAAAAATTTATTAAGATATGCTTTATTATAGTGTAAAT	0	33	0
AAATTTTTAAATAAAATAATTTTATTGAGATTAAAATTGCTGT	0	62	1
TTGAGATTAAAATTGCTGTATTATCGTTTATTATTAATGTTAT	0	86	1
CTTTCAGTTTAAGTGTTCATAAACATTTTATTATCCACTAT  	1	8	0
AAGTTTTTAAAGAATTTAACTTTAATATTAATAATGAATGATT	1	51	1
ATCTTCTATAATTCTGTGTCTTATCCCTTATTAGCATACAAGT	1	130	1
ACTAACTTATATATTATCTAATTGAGTTGATTAATTGATTCAG	1	261	1
GGATTCTCGCACTGTCATTATAAGAAGTAATTAAGTCGTAGGA	2	54	1
AAGTCGTAGGAGTTCGTGTAATTTAAAAAAATAAAACATTATA	2	86	1
ACTGAGCTTAATTTGATATTTTACAAATAAATAAATTTAGTAT	2	181	1
AAATAAATAAATTTAGTATATTGTCACTGATTATTAATTAAAG	2	205	1
         TCAGTATTGTTTTTTTGCTAAATATTGTTG    	3	6	0
    TTGAGCAATTCCTGTTTTGTTTTTTATTATGTTATATAT	4	73	0
          *     * * **     * ****
MAP Score: 13.4926

Motif 5
TAAGATATGCTTTATTATAGTGTAAATAATATGAATTTAGTAAT	0	16	0
AAAGCATATCTTAATAAATTTTTAAATAAAATAATTTTATTGAG	0	47	1
TAAAATAATTTTATTGAGATTAAAATTGCTGTATTATCGTTTAT	0	73	1
ATTCGGATTCTTATATACTTTAGAATAACATTAATAATAAACGA	0	109	0
 AAAATGAGCTTTGAGAATCTTAAAATACTGAATTCGGATTCTT	0	141	0
AATAAAATGTTTATGAACACTTAAACTGAAAGAAGTTTTTAAAG	1	19	1
TGAAAGAAGTTTTTAAAGAATTTAACTTTAATATTAATAATGAA	1	45	1
TGTCTTATCCCTTATTAGCATACAAGTTACTCGATGATATTGAA	1	146	1
ATCAACTCAATTAGATAATATATAAGTTAGTTAATCAAGGAAAA	1	248	0
GACTTAATTACTTCTTATAATGACAGTGCGAGAATCCATGCGTG	2	47	0
GTCGTAGGAGTTCGTGTAATTTAAAAAAATAAAACATTATAGCA	2	88	1
CTGAGCTTAATTTGATATTTTACAAATAAATAAATTTAGTATAT	2	182	1
TCACTGATTATTAATTAAAGTGCAAGAAAAATAA          	2	228	1
          **    *   *  ** * *   **
MAP Score: 10.9262

Motif 6
ATAGTGTAAATAATATGAATTTAGTAATTAAACT          	0	0	0
TTAATCTCAATAAAATTATTTTATTTAAAAATTTATTAAGATAT	0	52	0
TTAAAATTGCTGTATTATCGTTTATTATTAATGTTATTCTAAAG	0	92	1
CCGAATTCAGTATTTTAAGATTCTCAAAGCTCATTTT       	0	147	1
TTCTTTCAGTTTAAGTGTTCATAAACATTTTATTATCCACTAT 	1	9	0
TTATTAATATTAAAGTTAAATTCTTTAAAAACTTCTTTCAGTTT	1	41	0
CTGTCTTAAGTAAAGTGATCTTCTATAATTCTGTGTCTTATCCC	1	113	1
CCGCAACAGATCTATTCAATATCATCGAGTAACTTGTATGCTAA	1	160	0
GAAGCAGTTCTTTAATAACAATTTGTAAGTAAGTAGTATTACCG	1	201	0
TTATATATTATCTAATTGAGTTGATTAATTGATTCAGGTATTT 	1	267	1
AATTACTTCTTATAATGACAGTGCGAGAATCCATGCGTGTGAAA	2	42	0
TAATGTTTTATTTTTTTAAATTACACGAACTCCTACGACTTAAT	2	83	0
TGACTGAGCTTAATTTGATATTTTACAAATAAATAAATTTAGTA	2	179	1
TTCTTGCACTTTAATTAATAATCAGTGACAATATACTAAATTTA	2	212	0
      TCAGTATTGTTTTTTTGCTAAATATTGTTG        	3	2	0
CTGTTTTGTTTTTTATTATGTTATATATGACGCTCTTGTGCTAT	4	57	0
          * ** * *  **    **     *
MAP Score: 10.8257

Motif 7
   AGTTTAATTACTAAATTCATATTATTTACACTATAATAAAGCA	0	7	1
AAAGCATATCTTAATAAATTTTTAAATAAAATAATTTTATTGAGAT	0	47	1
GAGATTAAAATTGCTGTATTATCGTTTATTATTAATGTTATTCTAA	0	88	1
ATTCCCCTTCTCCCTAAATCATTCATTATTAATATTAAAGTTAAAT	1	64	0
TCGATGATATTGAATAGATCTGTTGCGGTAATACTACTTACTTACA	1	176	1
ATTAAAGAACTGCTTCAATTTTTCCTTGATTAACTAACTTATATAT	1	229	1
   AAATACCTGAATCAATTAATCAACTCAATTAGATAATATATAA	1	267	0
ATGCGTGTGAAACATATATTCGCTCCTAATAAAAATAAAAACCT  	2	8	0
CGAACTCCTACGACTTAATTACTTCTTATAATGACAGTGCGAGAAT	2	56	0
AAATGCTATAATGTTTTATTTTTTTAAATTACACGAACTCCTACGA	2	89	0
TATAGCATTTTTTCTGGATTGTTTCATCGAATTACTGCGTAATGCT	2	125	1
ATAAATAAATTTAGTATATTGTCACTGATTATTAATTAAAGTGCAA	2	207	1
GTTATTACTATGGTTTGATTGCTGTACCTAAGAACAAAGATTATAG	4	15	1
GAGCAATTCCTGTTTTGTTTTTTATTATGTTATATATGACGCTCTT	4	64	0
          *   *  ***  *      **  * *
MAP Score: 1.49724

Motif 8
TATTAAGATATGCTTTATTATAGTGTAAATAATATGAATTTA	0	21	0
AAAATTATTTTATTTAAAAATTTATTAAGATATGCTTTATTA	0	43	0
AATTGCTGTATTATCGTTTATTATTAATGTTATTCTAAAGTA	0	96	1
CTGAAAGAAGTTTTTAAAGAATTTAACTTTAATATTAATAAT	1	44	1
CGAATTCCCCTTCTCCCTAAATCATTCATTATTAATATTAAA	1	71	0
AGTAAAGTGATCTTCTATAATTCTGTGTCTTATCCCTTATTA	1	121	1
CTGCTTCAATTTTTCCTTGATTAACTAACTTATATATTATCT	1	238	1
CTAACTTATATATTATCTAATTGAGTTGATTAATTGATTCAG	1	262	1
AAAAATGCTATAATGTTTTATTTTTTTAAATTACACGAACTC	2	95	0
TAAATTTATTTATTTGTAAAATATCAAATTAAGCTCAGTCAT	2	178	0
ATTTAGTATATTGTCACTGATTATTAATTAAAGTGCAAGAAA	2	215	1
AATTCCTGTTTTGTTTTTTATTATGTTATATATGACGCTCTT	4	64	0
          *  *   * *** *     ***
MAP Score: 0.25827