AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons035_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238958
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP302	169	TOLB PROTEIN PRECURSOR (tolB)
#1	RP309	300	TOLQ PROTEIN (tolQ)
#2	RP771	300	PEPTIDOGLYCAN-ASSOCIATED LIPOPROTEIN PRECURSOR (pal)

Motif 1
GTGTCAAATTATGTTATAATTCTTTTTATGTCACT	0	130	0
AAAATCAACAATATTTTTTCTATTTGTG       	1	3	0
TAAAAAGATCATCATATTGCACTTTAAAATCAACA	1	28	0
AAATATATCAATGATTATTAAGTTTCGCTGCAAAA	1	65	1
TCGCTGCAAAATGATCTTAAGTTTTAAGCATTACA	1	89	1
TTTATTGGCTATCATGTATAGTTTTATGCCTAGTA	1	131	0
AACAGAAGTAATAATAATTGTATTTAAAGTTTATT	1	160	0
TGCTAAATTGATTATTTTTTACATAACATAATGAC	1	216	1
AAATAATATATTTATATTTTACTTTTGTCATTATG	1	242	0
AAATATAAATATATTATTTAATTTTAGAATCATTA	1	258	1
          ATTTTAAAAAATTTTCTATGTTATT	2	0	1
AAAATTTTCTATGTTATTTCATATTTTTAAGTACT	2	17	1
AGGAGTATACATTATTTAGTACTTAAAAATATGAA	2	34	0
GATCCCTTTTATATTTTTCAAATTTCATATATTTT	2	81	1
GGGTAATTGCATTTTATAATATTTTAGCCTTTAAA	2	169	1
GTATATATCATTATTTTATGAGTTTAAAGGCTAAA	2	191	0
CCTTGAGATTATAATTTATAATATTCGCATCATTT	2	266	0
          ** ** **  * ***
MAP Score: 21.0013

Motif 2
ATTGCACTTTAAAATCAACAATATTTTTTCTATTT	1	13	0
TTTAAAGTGCAATATGATGATCTTTTTAAGAAATA	1	35	1
AAATATATCAATGATTATTAAGTTTCGCTGCAAAA	1	65	1
GTAATGCTTAAAACTTAAGATCATTTTGCAGCGAA	1	88	0
AGTAATAATAATTGTATTTAAAGTTTATTGGCTAT	1	154	0
ACTGTATGCTAAATTGATTATTTTTTACATAACAT	1	210	1
AAAATTAAATAATATATTTATATTTTACTTTTGTC	1	248	0
TAATTTTAGAATCATTATAAAGTATATATATACA 	1	276	1
          ATTTTAAAAAATTTTCTATGTTATT	2	0	1
GATCCCTTTTATATTTTTCAAATTTCATATATTTT	2	81	1
TGGGTAATTGCATTTTATAATATTTTAGCCTTTAA	2	168	1
TTAAACTCATAAAATAATGATATATACTAACTCAC	2	199	1
AAATGATGCGAATATTATAAATTATAATCTCAAGG	2	266	1
TATAAATTATAATCTCAAGGAGTTTAATT      	2	281	1
          **  * ** ** ***
MAP Score: 6.55639

Motif 3
TATGAAGATCAATTTAAAAATAGAACGAGTATTTA	0	74	0
TTTGGAGTGACATAAAAAGAATTATAACATAATTT	0	125	1
       CACAAATAGAAAAAATATTGTTGATTTT	1	3	1
TTTAAAGTGCAATATGATGATCTTTTTAAGAAATA	1	35	1
TCTTTTTAAGAAATATATCAATGATTATTAAGTTT	1	55	1
AATAAACTTTAAATACAATTATTATTACTTCTGTT	1	160	1
TGTTATGTAAAAAATAATCAATTTAGCATACAGTA	1	209	0
ACATAATGACAAAAGTAAAATATAAATATATTATT	1	241	1
ATGATTCTAAAATTAAATAATATATTTATATTTTA	1	256	0
ATATGAAATAACATAGAAAATTTTTTAAAAT    	2	6	0
GAAATTTGAAAAATATAAAAGGGATCACAGTTTAT	2	72	0
TTGAATTAAAAAATATATGAAATTTGAAAAATATA	2	90	0
AAAGTATCCCAATTGTAAAAATGATATTTTTACCA	2	123	1
TTAAACTCATAAAATAATGATATATACTAACTCAC	2	199	1
TTATAAAAAACTAACTAAAAGCTATGTGAGTTAGT	2	224	0
AAATGATGCGAATATTATAAATTATAATCTCAAGG	2	266	1
          ****  ** *  ***
MAP Score: 4.42656

Motif 4
GACATTACGCAACTCATTAAATACTCGTTCTATTT	0	57	1
      CACAAATAGAAAAAATATTGTTGATTTTA	1	4	1
TGATAGCCAATAAACTTTAAATACAATTATTATTA	1	152	1
GTCATTATGTTATGTAAAAAATAATCAATTTAGCA	1	216	0
CATAATGACAAAAGTAAAATATAAATATATTATTT	1	242	1
AAATATATGAAATTTGAAAAATATAAAAGGGATCA	2	80	0
AAAGTATCCCAATTGTAAAAATGATATTTTTACCA	2	123	1
TTATGAGTTTAAAGGCTAAAATATTATAAAATGCA	2	176	0
TTAGCCTTTAAACTCATAAAATAATGATATATACT	2	192	1
AAATGATGCGAATATTATAAATTATAATCTCAAGG	2	266	1
          **    ******* *
MAP Score: 4.2322

Motif 5
TTCTATTTTTAAATTGATCTTCATATCACACAAAT	0	84	1
GAGTGACATAAAAAGAATTATAACATAATTTGACA	0	129	1
      CACAAATAGAAAAAATATTGTTGATTTTA	1	4	1
TATATTTCTTAAAAAGATCATCATATTGCACTTTA	1	37	0
GTTTCGCTGCAAAATGATCTTAAGTTTTAAGCATT	1	86	1
CATGATAGCCAATAAACTTTAAATACAATTATTAT	1	150	1
TGTTATGTAAAAAATAATCAATTTAGCATACAGTA	1	209	0
TTATTTTTTACATAACATAATGACAAAAGTAAAAT	1	227	1
ATGACAAAAGTAAAATATAAATATATTATTTAATT	1	246	1
AGAATCATTATAAAGTATATATATACA        	1	283	1
AATAACATAGAAAATTTTTTAAAAT          	2	0	0
TTTAGTACTTAAAAATATGAAATAACATAGAAAAT	2	20	0
CTTTGAATTAAAAAATATATGAAATTTGAAAAATA	2	92	0
ATGTGGTAAAAATATCATTTTTACAATTGGGATAC	2	126	0
GTTTAAAGGCTAAAATATTATAAAATGCAATTACC	2	170	0
CCTTTAAACTCATAAAATAATGATATATACTAACT	2	196	1
AAATGATGCGAATATTATAAATTATAATCTCAAGG	2	266	1
          ****  ** ** * *
MAP Score: 0.883588