AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons035_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238965
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP301	300	THY1 PROTEIN (thyA)
#1	RP302	169	TOLB PROTEIN PRECURSOR (tolB)
#2	RP309	300	TOLQ PROTEIN (tolQ)
#3	RP771	300	PEPTIDOGLYCAN-ASSOCIATED LIPOPROTEIN PRECURSOR (pal)

Motif 1
AGTAAATGAAATATTGTTTAAGCGCCAAGTA	0	17	1
ACTAATAGTCATAAATTTTTATTCATTTCTT	0	86	0
TTTTAAAACTATAATTTTCTAATTAGTACTA	0	137	0
CTACTGCATAATATTTTATAACAAATCACTA	0	177	0
GAATTTGTTAATTGTTTTTAAGATACTCTGT	0	213	0
ACCACATTTAATATTTTATTAGAATTTGTTA	0	234	0
TCTATCCTCTATATTCTTTAATATCAGGTAT	0	279	0
AATCATTGATATATTTCTTAAAAAGATCATC	2	50	0
AGTAATAATAATTGTATTTAAAGTTTATTGG	2	158	0
TGCTAAATTGATTATTTTTTACATAACATAA	2	216	1
AAATATAAATATATTATTTAATTTTAGAATC	2	258	1
 TGTATATATATACTTTATAATGATTCTAAA	2	280	0
ATAACATAGAAAATTTTTTAAAAT       	3	3	0
AAAAGGGATCACAGTTTATAACAGGAGTATA	3	60	0
GATCCCTTTTATATTTTTCAAATTTCATATA	3	81	1
CAAATTTCATATATTTTTTAATTCAAAGTAT	3	99	1
ATTGCATTTTATAATATTTTAGCCTTTAAAC	3	174	1
TAGCTTTTAGTTAGTTTTTTATAACTAGCTA	3	235	1
CCTTGAGATTATAATTTATAATATTCGCATC	3	270	0
          *** *******
MAP Score: 25.806

Motif 2
TTATGGTAGTAAATGAAATATTGTTTAAGCGCCA	0	10	1
ACGAAATAGCAAATGTAAAAGAAATGAATAAAAA	0	68	1
AGTGTTATACATATCCTAAACTAATAGTCATAAA	0	102	0
CTGTAGTACTAATTAGAAAATTATAGTTTTAAAA	0	134	1
AGAAAATTATAGTTTTAAAAGAAACCGTATAGTG	0	148	1
CCGTATAGTGATTTGTTATAAAATATTATGCAGT	0	172	1
TGTACAGAGTATCTTAAAAACAATTAACAAATTC	0	210	1
ACAATTAACAAATTCTAATAAAATATTAAATGTG	0	229	1
TATGAAGATCAATTTAAAAATAGAACGAGTATTT	1	75	0
ACATAAAAAGAATTATAACATAATTTGACACAAG	1	134	1
       CACAAATAGAAAAAATATTGTTGATTT	2	3	1
GTTGATTTTAAAGTGCAATATGATGATCTTTTTA	2	29	1
TCATTGATATATTTCTTAAAAAGATCATCATATT	2	45	0
TAGCCAATAAACTTTAAATACAATTATTATTACT	2	155	1
TCATTATGTTATGTAAAAAATAATCAATTTAGCA	2	216	0
ATAATGACAAAAGTAAAATATAAATATATTATTT	2	243	1
AATGATTCTAAAATTAAATAATATATTTATATTT	2	258	0
          ATTTTAAAAAATTTTCTATGTTAT	3	0	1
TCATATTTTTAAGTACTAAATAATGTATACTCCT	3	35	1
AAATATATGAAATTTGAAAAATATAAAAGGGATC	3	81	0
GGATACTTTGAATTAAAAAATATATGAAATTTGA	3	98	0
AAAGTATCCCAATTGTAAAAATGATATTTTTACC	3	123	1
CCATATATAAATGTGGTAAAAATATCATTTTTAC	3	137	0
TTAAAGGCTAAAATATTATAAAATGCAATTACCC	3	169	0
TTAGCCTTTAAACTCATAAAATAATGATATATAC	3	192	1
AATGATGCGAATATTATAAATTATAATCTCAAGG	3	267	1
          ** *  **** ***
MAP Score: 24.2101

Motif 3
CTGTAGTACTAATTAGAAAATTATAGTTTTA	0	134	1
TATAGTGATTTGTTATAAAATATTATGCAGT	0	175	1
ATTTTATTAGAATTTGTTAATTGTTTTTAAG	0	222	0
AACAAATTCTAATAAAATATTAAATGTGGTT	0	235	1
TGATACCTGATATTAAAGAATATAGAGGATA	0	277	1
TTACGCAACTCATTAAATACTCGTTCTATTT	1	61	1
ATACTCGTTCTATTTTTAAATTGATCTTCAT	1	77	1
TAAAAAGAATTATAACATAATTTGACACAAG	1	137	1
TTTGCAGCGAAACTTAATAATCATTGATATA	2	68	0
TCTAAAATTAAATAATATATTTATATTTTAC	2	255	0
TATATTATTTAATTTTAGAATCATTATAAAG	2	267	1
TTTTCTATGTTATTTCATATTTTTAAGTACT	3	21	1
TATTTTTAAGTACTAAATAATGTATACTCCT	3	38	1
GGATACTTTGAATTAAAAAATATATGAAATT	3	101	0
AAGGCTAAAATATTATAAAATGCAATTACCC	3	169	0
CCTTTAAACTCATAAAATAATGATATATACT	3	196	1
TTTAGCTAGTTATAAAAAACTAACTAAAAGC	3	237	0
ATGATGCGAATATTATAAATTATAATCTCAA	3	268	1
          ***** *****
MAP Score: 4.78856