AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons036_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238981
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP157	182	MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN B (emrB)
#1	RP242	225	CDP-DIACYLGLYCEROL--SERINE O-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE (pssA)
#2	RP603	300	BICYCLOMYCIN RESISTANCE PROTEIN (bcr1)
#3	RP698	300	BICYCLOMYCIN RESISTANCE PROTEIN (bcr2)

Motif 1
AATAATAAATAATAATCATATAATTGATTTATCAT       	0	3	0
TGTTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAAATTTGT	0	84	1
ACATTTTTAAAACAAAAAGCTGTTGTACAAATTTTCATTTTT	0	110	0
AATTTACGAATTCAATAAAGTTAATAATTGATATAAAATACA	0	149	0
ACAGTAGAATTACACTAATTTTATGCAAGAATTGTAAAATTT	1	24	1
AAAATACTATATAAAGAACATCATGAATTAATTGAATGCAAA	1	88	0
       AGCAAAAATAATTTTAATGAATTATTTGTTATGTT	2	3	1
ATGTTGTAATAATAAAGAATTGAAAAAGAAATTTTTATTAAT	2	40	1
ACTTATTAATTATATATATATTAACTATATATCAAAATTCAG	2	116	0
TATATATATAATTAATAAGTTTAATAATAAATAATTTAAATA	2	138	1
AATACAGTAAAAGAGCAACTTGAAAAAGAAAAAAGAAAAGAG	2	181	1
GAAAAGAGAAAAAATCTACTTCAATATAGTATTGAAAACTTT	2	215	1
TTATTACTCTAATACATATATTATTTAAGCAAAAATAAACAC	2	263	0
TATTGTGTGCTATAAGAATATCAAAAACTAATATGTCGTGTT	3	20	1
CGCAGAAGAGAACATAAAAATTAATAAATCATGCAACAATGC	3	186	1
GCAACAATGCATAACATAGATGAAGATGCAATCGATCAGACT	3	218	1
          ** *   *  * **  *   **
MAP Score: 27.1937

Motif 2
TATTTAGCAAATAATAAATAATAATCATATAATTGATTTATCAT	0	10	0
TATTTATTCGAATAAACAAACTCTAATATAAGGTAATCGTTTTA	0	58	0
TTTGTTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAAATTTGT	0	82	1
ATACATTTTTAAAACAAAAAGCTGTTGTACAAATTTTCATTTTT	0	110	0
ACTCAAAAATACTATATAAAGAACATCATGAATTAATTGAATGC	1	91	0
TTATTACAACATAACAAATAATTCATTAAAATTATTTTTGCT  	2	8	0
TTATGTTGTAATAATAAAGAATTGAAAAAGAAATTTTTATTAAT	2	38	1
AAACTTATTAATTATATATATATTAACTATATATCAAAATTCAG	2	116	0
AATAAGTTTAATAATAAATAATTTAAATAGAATACAGTAAAAGA	2	151	1
AGCAACTTGAAAAAGAAAAAAGAAAAGAGAAAAAATCTACTTCA	2	194	1
TTATTACTCTAATACATATATTATTTAAGCAAAAATAAACACTT	2	261	0
TCGTATATTGATAAAATCTAACGTATCATGATCTAGCTTGCTCA	3	93	1
CATGCATTCCATAATAAAAACAATAAAAATACTTGTATTTTTCT	3	135	1
AGCGCAGAAGAGAACATAAAAATTAATAAATCATGCAACAATGC	3	184	1
AAATCATGCAACAATGCATAACATAGATGAAGATGCAATCGATC	3	211	1
TTTGCTTGAAATAACATAAAACTAACAACGACTT          	3	276	1
          * ** * * *    *  *  *  *
MAP Score: 18.5797

Motif 3
ATCTACTTCAATATAGTATTGAAAACTTTTCAT	2	228	1
AAGAGAACATAAAAATTAATAAATCATGCAACA	3	191	1
ACTCTAATACATATATTATTTAAGCAAAAATAA	2	267	0
          ATACATTAATTATTGTGTGCTAT	3	0	1
AATATATGTATTAGAGTAATAAAACTT      	2	283	1
AGCAAATAATAAATAATAATCATATAATTGATT	0	16	0
TTGATATAAAATACATTTTTAAAACAAAAAGCT	0	131	0
AAGCAAAAATAAACACTTATGAAAAGTTTTCAA	2	246	0
ATTATTTGCTAAATATCAATAAAACGATTACCT	0	39	1
TTATTTATTATTAAACTTATTAATTATATATAT	2	139	0
TCATTTTTAATTAAACTATTTATTCGAATAAAC	0	85	0
TGTATTCTATTTAAATTATTTATTATTAAACTT	2	154	0
       ATGATAAATCAATTATATGATTATTA	0	3	1
TGTTGTAATAATAAAGAATTGAAAAAGAAATTT	2	41	1
     AGCAAAAATAATTTTAATGAATTATTTG	2	5	1
CATTCCATAATAAAAACAATAAAAATACTTGTA	3	139	1
TAATACTCAAAAATACTATATAAAGAACATCAT	1	106	0
CTTATTAATTATATATATATTAACTATATATCA	2	124	0
TACGAATTCAATAAAGTTAATAATTGATATAAA	0	154	0
TACGAATTTTTAACAATTTTAATACTCAAAAAT	1	125	0
TATTTCAAGCAAAGATTATTGTATCAGAAAGTC	3	256	0
TCTTTGCTTGAAATAACATAAAACTAACAACGA	3	274	1
          *** * **** **
MAP Score: 17.9873

Motif 4
       ATGATAAATCAATTATATGATTATTATTTATTATTTGCT	0	3	1
TATCAATAAAACGATTACCTTATATTAGAGTTTGTTTATTCGAATA	0	52	1
TGTTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAAATTTGTACAA	0	84	1
AATAAAGTTAATAATTGATATAAAATACATTTTTAAAACAAAAAGC	0	132	0
GTAGAATTACACTAATTTTATGCAAGAATTGTAAAATTTGTCTATC	1	27	1
ATTTTTGAGTATTAAAATTGTTAAAAATTCGTAGATCTATCATCAC	1	125	1
CAAGCAACGTAATAAAGTTTGGAATTAGTTTTATTAGAGGTACAGG	1	175	0
       AGCAAAAATAATTTTAATGAATTATTTGTTATGTTGTAA	2	3	1
ATGTTGTAATAATAAAGAATTGAAAAAGAAATTTTTATTAATGATG	2	40	1
ATTATTTATTATTAAACTTATTAATTATATATATATTAACTATATA	2	127	0
TTGAAAAAGAAAAAAGAAAAGAGAAAAAATCTACTTCAATATAGTA	2	200	1
TTAAGCAAAAATAAACACTTATGAAAAGTTTTCAATACTATATTGA	2	235	0
ATGCTAGTAAAGCAACACGACATATTAGTTTTTGATATTCTTATAG	3	29	0
GTTAGATTTTATCAATATACGAAACAACATCTTAGTAGTCATGCTA	3	69	0
GGAATGCATGAGCAAGCTAGATCATGATACGTTAGATTTTATCAAT	3	99	0
TGCATTCCATAATAAAAACAATAAAAATACTTGTATTTTTCTACAC	3	137	1
CGCAGAAGAGAACATAAAAATTAATAAATCATGCAACAATGCATAA	3	186	1
          *  **        ** * *  *  **
MAP Score: 14.0313

Motif 5
       ATGATAAATCAATTATATGATTATTATTTATTATTT	0	3	1
GTTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAAATTTGTAC	0	85	1
TTTTTGTTTTAAAAATGTATTTTATATCAATTATTAACTTTAT	0	134	1
TGATAGATCTACGAATTTTTAACAATTTTAATACTCAAAAATA	1	124	0
TACCTCTAATAAAACTAATTCCAAACTTTATTACGTTGCTTGG	1	179	1
AATAATTTTAATGAATTATTTGTTATGTTGTAATAATAAAGAA	2	16	1
ATTAATAAAAATTTCTTTTTCAATTCTTTATTATTACAACATA	2	39	0
CTGAATTTTGATATATAGTTAATATATATATAATTAATAAGTT	2	116	1
TTCTATTTAAATTATTTATTATTAAACTTATTAATTATATATA	2	140	0
AAAAGAGAAAAAATCTACTTCAATATAGTATTGAAAACTTTTC	2	216	1
ACTCTAATACATATATTATTTAAGCAAAAATAAACACTTATGA	2	257	0
      ATACATTAATTATTGTGTGCTATAAGAATATCAAAAA	3	4	1
AGAAAAATACAAGTATTTTTATTGTTTTTATTATGGAATGCAT	3	136	0
CATCTATGTTATGCATTGTTGCATGATTTATTAATTTTTATGT	3	197	0
TTTCTGATACAATAATCTTTGCTTGAAATAACATAAAACTAAC	3	259	1
          *  ***  **        *** *
MAP Score: 12.0578

Motif 6
ATGATAAATCAATTATATGATTATTATTTATTATTTGCT	0	10	1
ACGATTACCTTATATTAGAGTTTGTTTATTCGAATAAAT	0	62	1
AAAAAGCTGTTGTACAAATTTTCATTTTTAATTAAACTA	0	100	0
CAGCTTTTTGTTTTAAAAATGTATTTTATATCAATTATT	0	130	1
AATTTACGAATTCAATAAAGTTAATAATTGATATAAAAT	0	152	0
ATTGTACAGTAGAATTACACTAATTTTATGCAAGAATTG	1	19	1
TTTATGCAAGAATTGTAAAATTTGTCTATCAATTTGCCA	1	43	1
ATGATGTTCTTTATATAGTATTTTTGAGTATTAAAATTG	1	106	1
       AGCAAAAATAATTTTAATGAATTATTTGTTAT	2	3	1
AAAAATTTCTTTTTCAATTCTTTATTATTACAACATAAC	2	37	0
TCCTGAATTTTGATATATAGTTAATATATATATAATTAA	2	114	1
ACTGTATTCTATTTAAATTATTTATTATTAAACTTATTA	2	150	0
AATACTATATTGAAGTAGATTTTTTCTCTTTTCTTTTTT	2	209	0
CAATATAGTATTGAAAACTTTTCATAAGTGTTTATTTTT	2	236	1
ATTCTTATAGCACACAATAATTAATGTAT          	3	0	0
GTAGAAAAATACAAGTATTTTTATTGTTTTTATTATGGA	3	142	0
CGCAGAAGAGAACATAAAAATTAATAAATCATGCAACAA	3	186	1
          *  * ** * **  * * *
MAP Score: 6.63006