AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons036_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239009 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP157 182 MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN B (emrB) #1 RP238 75 ELONGATION FACTOR P (efp) #2 RP240 217 unknown #3 RP241 32 unknown #4 RP242 225 CDP-DIACYLGLYCEROL--SERINE O-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE (pssA) #5 RP603 300 BICYCLOMYCIN RESISTANCE PROTEIN (bcr1) #6 RP698 300 BICYCLOMYCIN RESISTANCE PROTEIN (bcr2) Motif 1 AAATTGATAATTAGAGAAATATTTTTTTAGCGAAATA 2 41 1 ATTGAAAACTTTTCATAAGTGTTTATTTTTGCTTAAA 5 245 1 AAAAATAATTTTAATGAATTATTTGTTATGTTGTAAT 5 13 1 TAAAAATTTCTTTTTCAATTCTTTATTATTACAACAT 5 40 0 GATAAATCAATTATATGATTATTATTTATTATTTGCT 0 12 1 TAGAATATTATTATATAATTATTAATTTATAAAGTT 2 191 1 TGTATTCTATTTAAATTATTTATTATTAAACTTATTA 5 150 0 ACTTTAAAACTTATAGAATGCTTTTTTACTACAGATA 2 99 0 CAGCTTTTTGTTTTAAAAATGTATTTTATATCAATTA 0 130 1 AAGTAGATTTTTTCTCTTTTCTTTTTTCTTTTTCAAG 5 199 0 AATACAAGTATTTTTATTGTTTTTATTATGGAATGCA 6 137 0 ATGTTATGCATTGTTGCATGATTTATTAATTTTTATG 6 198 0 AACGATTACCTTATATTAGAGTTTGTTTATTCGAATA 0 61 1 TGATTTAAGATTCGAATTTTTATTGTTAGAATATTAT 2 165 1 AAGGAAATAATTTGTATATTTATACTTAATTTTAAGT 1 31 1 GTAATAAAGTTTGGAATTAGTTTTATTAGAGGTACAG 4 176 0 AAGTCGTTGTTAGTTTTATGTTATTTCAAGCAAAGA 6 274 0 TTTTCATTTTTAATTAAACTATTTATTCGAATAAACA 0 84 0 CATGATGTTCTTTATATAGTATTTTTGAGTATTAAAA 4 105 1 ATAGTAAAAATAATAAAAATCTTATTTCGCTAAAAAA 2 63 0 ATTAAACTTATTAATTATATATATATTAACTATATAT 5 126 0 AATATATGTATTAGAGTAATAAAACTT 5 283 1 ATATTATAGATTTTAAGACTTAAAATTAAGTATAAAT 1 48 0 ATCTACGAATTTTTAACAATTTTAATACTCAAAAATA 4 124 0 CAAAAAGCTGTTGTACAAATTTTCATTTTTAATTAAA 0 103 0 ** * * * *** ** MAP Score: 27.2832 Motif 2 TTATTGTTAGAATATTATTATATAATTATTAATTTAT 2 184 1 CAAGAATTGTAAAATTTGTCTATCAATTTGCCAATGT 4 49 1 TTTAAAGGAAATAATTTGTATATTTATACTTAATTTT 1 27 1 ATCATTAATAAAAATTTCTTTTTCAATTCTTTATTAT 5 48 0 TATTAAACTTATTAATTATATATATATTAACTATATA 5 127 0 CAAGATCCTGAATTTTGATATATAGTTAATATATATA 5 109 1 GATTTTTATTATTTTTACTATATCTGTAGTAAAAAAG 2 79 1 TGTTGCATGATTTATTAATTTTTATGTTCTCTTCTGC 6 187 0 TAAAAATAATAAAAATCTTATTTCGCTAAAAAAATAT 2 59 0 TGTATTCTATTTAAATTATTTATTATTAAACTTATTA 5 150 0 TTATTTTTGCTTAAATAATATATGTATTAGAGTAATA 5 267 1 CTGTTGTACAAATTTTCATTTTTAATTAAACTATTTA 0 96 0 ATTGAAGTAGATTTTTTCTCTTTTCTTTTTTCTTTTT 5 203 0 TACTAAGATGTTGTTTCGTATATTGATAAAATCTAAC 6 78 1 AAATACAAGTATTTTTATTGTTTTTATTATGGAATGC 6 138 0 GACTTTCTGATACAATAATCTTTGCTTGAAATAACAT 6 256 1 TTAAAACTTATAGAATGCTTTTTTACTACAGATATAG 2 96 0 TGTTTTAAAAATGTATTTTATATCAATTATTAACTTT 0 138 1 CAATTATATGATTATTATTTATTATTTGCTAAATATC 0 19 1 TCGCTAAAAAAATATTTCTCTAATTATCAATTTAAAT 2 37 0 ATTCTTGCATAAAATTAGTGTAATTCTACTGTACAAT 4 19 0 AAAATTGTTAAAAATTCGTAGATCTATCATCACTAAA 4 138 1 GAAATGATTTAAGATTCGAATTTTTATTGTTAGAATA 2 161 1 ATCAATTATTAACTTTATTGAATTCGTAAATTT 0 159 1 AGCAAAAATAATTTTAATGAATTATTTGTTATGTTG 5 9 1 ATACATTAATTATTGTGTGCTATAAGAA 6 1 1 ACGATTACCTTATATTAGAGTTTGTTTATTCGAATAA 0 62 1 ** *** * *** * MAP Score: 26.8275 Motif 3 ATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAAATTTGTACAACAGCTTTTT 0 95 1 TAAATTCTTGTGTTTAAAGGAAATAATTTGTATATTTATACTTA 1 15 1 TTTGATATTCTTATAGCACACAATAATTAATGTAT 6 1 0 ATTTCTCTAATTATCAATTTAAATAACTAATACAGATAACCTTT 2 17 0 GCTTTTTTACTACAGATATAGTAAAAATAATAAAAATCTTATTT 2 73 0 GGCAAATTGATAGACAAATTTTACAATTCTTGCATAAAATTAGT 4 37 0 ATTTACGAATTCAATAAAGTTAATAATTGATATAAAATACATTT 0 146 0 ATTTGTTATGTTGTAATAATAAAGAATTGAAAAAGAAATTTTTA 5 33 1 TGTTTATTTTTGCTTAAATAATATATGTATTAGAGTAATAAAAC 5 264 1 GCAAGCTAGATCATGATACGTTAGATTTTATCAATATACGAAAC 6 90 0 GCAGAAGAGAACATAAAAATTAATAAATCATGCAACAATGCATA 6 187 1 TAAGCAAAAATAAACACTTATGAAAAGTTTTCAATACTATATTG 5 236 0 TTTTTGAGTATTAAAATTGTTAAAAATTCGTAGATCTATCATCA 4 126 1 CTACTAGTTATTGTACAGTAGAATTACACTAATTTTATGCA 4 7 1 ATAGTTAATATATATATAATTAATAAGTTTAATAATAAATAATT 5 130 1 ATACACAAGATCCTGAATTTTGATATATAGTTAATATATATATA 5 104 1 GTAATCGTTTTATTGATATTTAGCAAATAATAAATAATAATCAT 0 26 0 CTTTATAAATTAATAATTATATAATAATATTCTAACAATAAAAA 2 181 0 ATCTGTAGTAAAAAAGCATTCTATAAGTTTTAAAGTACCTGATA 2 100 1 TTATACTTAATTTTAAGTCTTAAAATCTATAATAT 1 50 1 AAAAGAAAAAAGAAAAGAGAAAAAATCTACTTCAATATAGTATT 5 204 1 * * * * * ** * * * MAP Score: 26.284 Motif 4 ATGATAAATCAATTATATGATTATTATTTATTATT 0 6 1 AAATAGTTTAATTAAAAATGAAAATTTGTACAACAGCTT 0 97 1 TTAATAATTGATATAAAATACATTTTTAAAACAAAAAGC 0 132 0 AAATTTACGAATTCAATAAAGTTAATAATTGATATAAAA 0 153 0 TGTTTAAAGGAAATAATTTGTATATTTATACTTAATTTT 1 25 1 TGTATTAGTTATTTAAATTGATAATTAGAGAAATATTTT 2 27 1 TTTTTTAGCGAAATAAGATTTTTATTATTTTTACTATAT 2 63 1 CTATATCTGTAGTAAAAAAGCATTCTATAAGTTTTAAAG 2 96 1 GATAGAAATGATTTAAGATTCGAATTTTTATTGTTAGAA 2 157 1 GAATATTATTATATAATTATTAATTTATAAAGTT 2 193 1 TTAAAATAATAAGGAGATTTATAGAGATTAAA 3 3 1 CAATTCTTGCATAAAATTAGTGTAATTCTACTGTACAAT 4 19 0 GCAAATTGATAGACAAATTTTACAATTCTTGCATAAAAT 4 41 0 AATACTATATAAAGAACATCATGAATTAATTGAATGCAA 4 89 0 CAAGCAACGTAATAAAGTTTGGAATTAGTTTTATTAGAG 4 182 0 TTCTTTATTATTACAACATAACAAATAATTCATTAAAAT 5 20 0 ATAATAAAGAATTGAAAAAGAAATTTTTATTAATGATGA 5 48 1 GACTTTAGATACACAAGATCCTGAATTTTGATATATAGT 5 96 1 ATTATTTATTATTAAACTTATTAATTATATATATATTAA 5 134 0 TAAGTTTAATAATAAATAATTTAAATAGAATACAGTAAA 5 153 1 AAAAAAGAAAAGAGAAAAAATCTACTTCAATATAGTATT 5 209 1 ATATTATTTAAGCAAAAATAAACACTTATGAAAAGTTTT 5 249 0 ATTTTTGCTTAAATAATATATGTATTAGAGTAATAAAAC 5 269 1 TCCATAATAAAAACAATAAAAATACTTGTATTTTTCTAC 6 142 1 CAAGCGCAGAAGAGAACATAAAAATTAATAAATCATGCA 6 182 1 * * ** ** * ** * MAP Score: 25.5555 Motif 5 TTAATAAAAATTTCTTTTTCAATTCTTTATTATTACAACATAA 5 38 0 GAAAAATACAAGTATTTTTATTGTTTTTATTATGGAATGCATG 6 135 0 TTAGCGAAATAAGATTTTTATTATTTTTACTATATCTGTAGTA 2 67 1 GAAGTAGATTTTTTCTCTTTTCTTTTTTCTTTTTCAAGTTGCT 5 194 0 ACTAATTCCAAACTTTATTACGTTGCTTGGTTTAGTAACTGGT 4 192 1 ATACTTAATTTTAAGTCTTAAAATCTATAATAT 1 52 1 AACTCTAATATAAGGTAATCGTTTTATTGATATTTAGCAAATA 0 41 0 TTATGCATTGTTGCATGATTTATTAATTTTTATGTTCTCTTCT 6 189 0 TTGCATTCAATTAATTCATGATGTTCTTTATATAGTATTTTTG 4 89 1 AGCAAAAATAATTTTAATGAATTATTTGTTATGTTGTAATAA 5 9 1 AAGTTTTATTACTCTAATACATATATTATTTAAG 5 276 0 TTTAATCTCTATAAATCTCCTTATTATTTTAA 3 5 0 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AAATGTATTTTATATCAATTATTAACTTTATTGAATTCG 0 146 1 TTCTTGTGTTTAAAGGAAATAATTTGTATATTTATACTT 1 19 1 AAATTGATAATTAGAGAAATATTTTTTTAGCGAAATAAG 2 41 1 TTTAGCGAAATAAGATTTTTATTATTTTTACTATATCTG 2 66 1 TAGAATATTATTATATAATTATTAATTTATAAAGTT 2 191 1 ATTCATGATGTTCTTTATATAGTATTTTTGAGTATTAAA 4 102 1 AAAAATAATTTTAATGAATTATTTGTTATGTTGTAATAA 5 13 1 GATCCTGAATTTTGATATATAGTTAATATATATATAATT 5 112 1 TAGTTAATATATATATAATTAATAAGTTTAATAATAAAT 5 131 1 TACTGTATTCTATTTAAATTATTTATTATTAAACTTATT 5 151 0 GTGTTTATTTTTGCTTAAATAATATATGTATTAGAGTAA 5 263 1 TATGCATTGTTGCATGATTTATTAATTTTTATGTTCTCT 6 192 0 * ***** ** * * MAP Score: 8.64901 Motif 8 AATTATATGATTATTATTTATTATTTGCTAAATA 0 20 1 TATTATTTGCTAAATATCAATAAAACGATTACCT 0 38 1 TTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAA 0 86 1 TCAATAAAGTTAATAATTGATATAAAATACATTT 0 146 0 AAATTAAGTATAAATATACAAATTATTTCCTTTA 1 29 0 TTATACTTAATTTTAAGTCTTAAAATCTATAATA 1 50 1 TTATCTGTATTAGTTATTTAAATTGATAATTAGA 2 22 1 TTTAAATTGATAATTAGAGAAATATTTTTTTAGC 2 38 1 GAGAAATATTTTTTTAGCGAAATAAGATTTTTAT 2 54 1 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AATTAATTCATGATGTTCTTTATATAGTATTTTTGAGTATTAA 4 97 1 GAATTATTTGTTATGTTGTAATAATAAAGAATTGAAAAAGAAA 5 28 1 AACTTATTAATTATATATATATTAACTATATATCAAAATTCAG 5 116 0 GCTCTTTTACTGTATTCTATTTAAATTATTTATTATTAAACTT 5 154 0 TCTCTTTTCTTTTTTCTTTTTCAAGTTGCTCTTTTACTGTATT 5 181 0 AAGTGTTTATTTTTGCTTAAATAATATATGTATTAGAGTAATA 5 261 1 ATACAAGTATTTTTATTGTTTTTATTATGGAATGCATGAGCAA 6 130 0 TGTTGCATGATTTATTAATTTTTATGTTCTCTTCTGCGCTTGT 6 181 0 GTTGTTAGTTTTATGTTATTTCAAGCAAAGATTATTGTATCAG 6 262 0 *** *** ** ** MAP Score: 2.1326