AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_profile002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239146
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP055	162	NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE (ndk)
#1	RP379	300	3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE (kdsB)
#2	RP384	141	PROLYL-TRNA SYNTHETASE (proS)
#3	RP425	150	unknown
#4	RP478	103	unknown
#5	RP479	77	OCTAPRENYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE (ispB)
#6	RP504	154	POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE (pnp)
#7	RP746	52	ENDONUCLEASE III (nth)

Motif 1
TTTTATAGGCTCAAGATATAAATTTTAACACAGAGATT	0	10	0
AAATTCCTCTTTATAAGATAGTTTATGCAGTAAATCTA	0	105	1
TTTATGCAGTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGG	0	126	1
TGTAGCAATATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGA	1	98	1
AATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATCAATTGAGGAAT	1	116	1
TTAACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAGACAACGTA	1	159	1
ATATTCAAAAATATGTTTTACTTTATCGCCGAAAAAGG	1	227	1
GGCTAATCTGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATAT	1	263	1
CAATCTCATGAAATAATAAAATTTATTAGATTGCTTCA	2	55	1
TTTCCTTATAATAATAGGAAAATTATTAAACTAAAACA	2	108	1
GCATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAGTTGTTAT	3	44	1
CTACTATATGATACCAGGTACATTTTTGATCTATAAAG	3	101	1
TATAATTGCAAGAAAAATTAGATTTTAGTAAAACAAGT	4	42	0
CATTGATGTATGATTTGCTAGTTTATAATTGCAAGAAA	4	65	0
GATATCTTTAATAGAATATAAATTATGAAATGAGATAA	6	122	1
AAAACCTGATATAAATATTATTTTCTAAAATACACTTT	7	12	1
          * *  *   * ***** *
MAP Score: 15.2383

Motif 2
CTTATATCTATGTACTGCAGTATGAGGTATGTGATGTCTC	0	59	1
AACCTTTATATATAATAAATTATTAGATTTACTGCATAAA	0	126	0
GCTACGTTGTCTTAATAAAGTTTGTAGTTTTTTGTGTTAA	1	159	0
GAATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTTACTTTATCGC	1	216	1
TGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATATAGGCAGTTT 	1	271	1
GATGAAGCAATCTAATAAATTTTATTATTTCATGAGATTG	2	55	0
TAATAATGTTTTTTGTTTATTTTTATGCATAAAATTATAC	3	32	0
TGCTACTTGTTTTACTAAAATCTAATTTTTCTTGCAATTA	4	38	1
         TTTAAATTAACATTGATGTATGATTTGCTAG	4	82	0
TTTTTATTGCTAAATTCCAGTATTAGTTGTCATACTATAG	5	42	0
TCTCATTATATATATTGCAATATGAGATTAAGTGTTTGAT	6	71	1
GAATGATATCTTTAATAGAATATAAATTATGAAATGAGAT	6	118	1
ATAGAAAGTGTATTTTAGAAAATAATATTTATATCAGGTT	7	14	0
          * ** *  * * * *  * *
MAP Score: 13.5915

Motif 3
ATTCCTCTTTATAAGATAGTTTATGCAGTAAATCTAATAATT	0	107	1
TATGCAGTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAA	0	128	1
CGGCGATAAAGTAAAACATATTTTTGAATATATTCAATATTC	1	216	0
 AAACTGCCTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGACAGA	1	269	0
AGTAACACAATTTAGCAATCTCATGAAATAATAAAATTTATT	2	40	1
AACCATTAGTTTTGATGAAGCAATCTAATAAATTTTATTATT	2	66	0
CCTTATAATAATAGGAAAATTATTAAACTAAAACAATTTT  	2	111	1
     CTTTTATTTGCCATATCATTCCGTATAATTTTATGCA	3	5	1
AATAATGTTTTTTGTTTATTTTTATGCATAAAATTATACGGA	3	29	0
AAAAAACATTATTAAAGTTGTTATTCTGTATACCGTGGTCAA	3	58	1
    TATTTTATATTTTAGATGTTGCTTTATAGATCAAAAAT	3	122	0
GTGGATAATCATATGCTACTTGTTTTACTAAAATCTAATTTT	4	25	1
ATTAGTTGTCATACTATAGCTTAACCGCTATATCCATATTTT	5	19	0
TTCAGTAATCATCAAACACTTAATCTCATATTGCAATATATA	6	79	0
TTTATATTCTATTAAAGATATCATTCAGTAATCATCAAACAC	6	102	0
      CTATTTATCTCATTTCATAATTTATATTCTATTAAA	6	128	0
          **     *  * **    ****
MAP Score: 11.9162

Motif 4
CTTATATCTATGTACTGCAGTATGAGGTATGTG	0	59	1
AACCTTTATATATAATAAATTATTAGATTTACT	0	133	0
TACAAACTTTATTAAGACAACGTAGCCATTCTT	1	173	1
CTCTAGTATGAGTAACACAATTTAGCAATCTCA	2	30	1
AATCTCATGAAATAATAAAATTTATTAGATTGC	2	56	1
AAATTATTAAACTAAAACAATTTT         	2	127	1
ATTTTTGATCTATAAAGCAACATCTAAAATATA	3	122	1
      TAGTATTACTGCATTGTGGATAATCAT	4	4	1
TGCTACTTGTTTTACTAAAATCTAATTTTTCTT	4	38	1
TATGACAACTAATACTGGAATTTAGCAATAAAA	5	48	1
GTATTATACTTATACCGCAACTTAAATTAGTGT	6	15	1
TCTCATTATATATATTGCAATATGAGATTAAGT	6	71	1
GAATGATATCTTTAATAGAATATAAATTATGAA	6	118	1
AAATACACTTTCTATAGCAATAT          	7	39	1
          * *** ***** *
MAP Score: 8.45854

Motif 5
GTGGATAATCATATGCTACTTGTTTTACTAAAATCTAATTT	4	25	1
CCCTTTGATTAAAAGTCAAATGCTCTACCAACTGAGCTACG	1	45	1
CCTTATAATAATAGGAAAATTATTAAACTAAAACAATTTT 	2	111	1
TCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATCAATTGAGGAATG	1	114	1
GCTTAACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAGACAACGTAG	1	157	1
ATATATTGCAATATGAGATTAAGTGTTTGATGATTACTGAA	6	80	1
ATTATTTTCTAAAATACACTTTCTATAGCAATAT       	7	28	1
TATCGCCGAAAAAGGCTAATCTGTCAACAATTATTTTTTAA	1	250	1
ATTCCTCTTTATAAGATAGTTTATGCAGTAAATCTAATAAT	0	107	1
TTTTTGATCTATAAAGCAACATCTAAAATATAAAATA    	3	123	1
TATAACCTTTATATATAATAAATTATTAGATTTACTGCATA	0	128	0
AATATATTCAATATTCGATCTGTTTAAAGAATGGCTACGTT	1	191	0
TGTCTCTAGTATGAGTAACACAATTTAGCAATCTCATGAAA	2	27	1
CAATCTCATGAAATAATAAAATTTATTAGATTGCTTCATCA	2	55	1
TTTCGGCGATAAAGTAAAACATATTTTTGAATATATTCAAT	1	220	0
TCTTGCAATTATAAACTAGCAAATCATACATCAATGTTAAT	4	67	1
ATGCATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAGTTGTTATT	3	42	1
GATATCTTTAATAGAATATAAATTATGAAATGAGATAAATA	6	122	1
          *** *  *     * **  **
MAP Score: 7.10115

Motif 6
GGCTCAAGATATAAATTTTAACACAGAGATT	0	10	0
CAGTACATAGATATAAGTTATGATTCGATTT	0	45	0
TTTATATATAATAAATTATTAGATTTACTGC	0	131	0
TTTATTATATATAAAGGTTATAAAA      	0	147	1
CAATATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAA	1	103	1
CGTTGTCTTAATAAAGTTTGTAGTTTTTTGT	1	164	0
ATTTTTGAATATATTCAATATTCGATCTGTT	1	208	0
   AATCTTGATAATCGATTTGTCTCTAGTA	2	7	1
TCATGAAATAATAAAATTTATTAGATTGCTT	2	60	1
AACAACTTTAATAATGTTTTTTGTTTATTTT	3	49	0
ATAAAGCAACATCTAAAATATAAAATA    	3	133	1
TTTTACTAAAATCTAATTTTTCTTGCAATTA	4	47	1
CAAATCATACATCAATGTTAATTTAAA    	4	86	1
         GATATTTTTTATTGCTAAATTC	5	65	0
CGGTATAAGTATAATACTTATA         	6	1	0
ATTTGATCTCATTATATATATTGCAATATGA	6	65	1
TTTATATTCTATTAAAGATATCATTCAGTAA	6	113	0
ATCTCATTTCATAATTTATATTCTATTAAAG	6	127	0
ATTTTAGAAAATAATATTTATATCAGGTTTT	7	12	0
          ***** *****
MAP Score: 4.44309

Motif 7
TTTATAACCTTTATATATAATAAATTATTAGATTTACT	0	133	0
AATATGTAGCAATATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCA	1	94	1
TTTTCGGCGATAAAGTAAAACATATTTTTGAATATATT	1	224	0
AAAAGGCTAATCTGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAA	1	259	1
TTTAGCAATCTCATGAAATAATAAAATTTATTAGATTG	2	50	1
GGTTTTTCCTTATAATAATAGGAAAATTATTAAACTAA	2	104	1
AGGAAAATTATTAAACTAAAACAATTTT          	2	123	1
ATGCATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAGTTGTT	3	42	1
CTATAAAGCAACATCTAAAATATAAAATA         	3	131	1
TGCTACTTGTTTTACTAAAATCTAATTTTTCTTGCAAT	4	38	1
AATACTGGAATTTAGCAATAAAAAATATC         	5	58	1
CTTAATCTCATATTGCAATATATATAATGAGATCAAAT	6	65	0
ATGATATCTTTAATAGAATATAAATTATGAAATGAGAT	6	120	1
AGAAAGTGTATTTTAGAAAATAATATTTATATCAGGTT	7	14	0
          * *   ** *   *****
MAP Score: 2.58544

Motif 8
TATGCAGTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAAA	0	128	1
GAGTTTATCAATTGAGGAATGCAGCTTAACACAAAAAACTACA	1	134	1
TATTGAATATATTCAAAAATATGTTTTACTTTATCGCCGAAAA	1	219	1
TATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGACAGATTAGCCTTTT	1	259	0
TAGCAATCTCATGAAATAATAAAATTTATTAGATTGCTTCATC	2	52	1
GTTTTTCCTTATAATAATAGGAAAATTATTAAACTAAAACAAT	2	105	1
TATTATACTTATACCGCAACTTAAATTAGTGTAAGCACGTAAC	6	16	1
TGACCATTTGATCTCATTATATATATTGCAATATGAGATTAAG	6	60	1
AATGATATCTTTAATAGAATATAAATTATGAAATGAGATAAAT	6	119	1
GAAAGTGTATTTTAGAAAATAATATTTATATCAGGTTTTGA  	7	8	0
          **   * ***     ***    *
MAP Score: 1.21473

Motif 9
AGTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAA	0	133	1
AAAGTAAAACATATTTTTGAATATATTCAATATTCGA	1	214	0
CTAATCTGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATATA	1	265	1
AATCTTGATAATCGATTTGTCTCTAGTATGAGTAACA	2	10	1
CATCAAAACTAATGGTTTTTCCTTATAATAATAGGAA	2	91	1
        AAAATTGTTTTAGTTTAATAATTTTCCTA	2	122	0
ATCATTCCGTATAATTTTATGCATAAAAATAAACAAA	3	24	1
CAACTTTAATAATGTTTTTTGTTTATTTTTATGCATA	3	41	0
ACATTATTAAAGTTGTTATTCTGTATACCGTGGTCAA	3	63	1
TAATTGCAAGAAAAATTAGATTTTAGTAAAACAAGTA	4	41	0
AACTTGACCATTTGATCTCATTATATATATTGCAATA	6	56	1
ATCTCATTTCATAATTTATATTCTATTAAAGATATCA	6	121	0
AACCTGATATAAATATTATTTTCTAAAATACACTTTC	7	14	1
          **   *** * * ** *
MAP Score: 1.20015