AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_profile003_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239209 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP031 300 SCO2 PROTEIN PRECURSOR (sco2) #1 RP038 300 ACYL-COA DESATURASE 1 (aco1) #2 RP190 134 UBIQUINONE BIOSYNTHESIS PROTEIN COQ7 (coq7) #3 RP257 300 CYTOCHROME C OXIDASE ASSEMBLY PROTEI (coxW) #4 RP272 300 CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN PRECURSOR (fbcH) #5 RP322 300 unknown #6 RP374 248 PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC7 (sec7) Motif 1 TTAATTTAGTTACATAAATTTAATTAGATACTAACA 1 226 0 AGCTATAAGATTTAAATTTTTACTTTATTATAGATC 0 120 1 TAATAAAAATTCTAAATTTTTATTTTATAGTAGCAT 5 80 1 TATTGCTTAGTCAAAAAGTTTAATTTTGCCTCCACA 4 247 1 TCAATTCTAATTGATAAATGTATTTTCTAATGTTTA 6 25 1 TAATTATTCTTGCAAAAATCTTATTAATTAGTCTCT 6 80 1 GCACTATGAATCAAGATTTATTATTTTTGATTTGTA 5 46 1 TTTACTTTATTATAGATCTATTGTTTCATCAATATA 0 138 1 TATCTAAACTTATATAAGTTTTTTTTGTTCCCGAAG 3 124 1 ATCTAGTAATTAAAGATCTTTTATAAACTTAACACA 6 209 0 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ACAAATTAATTGTATTATTATTGTATT 4 1 0 GAGGTTATCTATAAATCAATTCTAATTGATAAATG 6 9 1 TTGTCTTATATTTTTTATTATTGATA 3 284 0 * * ** * ** *** MAP Score: 35.4301 Motif 2 AATAGATCTATAATAAAGTAAAAATTTAAATCTTATAGCTA 0 119 0 ACTATATGACTAATATACCAATAACGTAACTTACTATAAAA 5 117 0 GTTTTTATTATAAATAAATATTAATATAATTACT 0 276 1 GATTTTAAGATATTTGAATTACAAGATAATTTCACGATACA 4 190 0 ATTATAGATCTATTGTTTCATCAATATAAGTTAATAATATT 0 146 1 TTATATTTTTTATTATTGATAGAAGCTAAATAATTTAAAAT 3 264 0 GTATATGAGGTACTGAAGGAGTATATTAAGTGAGTACTGTA 2 54 1 ATATTAGTCATATAGTTTTAATATTGTAATTACTTATTGAT 5 142 1 TATATAAGTTTAGATATAGATTATCATAATTTCACGGTAAA 3 99 0 GAATTTTTATTACAAATCAAAAATAATAAATCTTGATTCAT 5 51 0 AGCTAAATAATTTAAAATACTTAACGTAAATTCATTTTTAC 3 241 0 ATAAACTTAATTTAGTTACATAAATTTAATTAGATACTAAC 1 227 0 TATCAATAATTATTCTTGCAAAAATCTTATTAATTAGTCTC 6 74 1 GTATACAAAGTTTAATTTAGGAAAAGTAAGTATATGAGGTA 2 25 1 GTCTCTATAATAATGATTTGTCAAAATTATTTTTTTAAAAT 6 110 1 TTCAAATATCTTAAAATCTTATAATATAATTATATATTGCT 4 213 1 AATGTATACTCATTGAACTTGAAAATTAACTACGTTATCTT 2 103 0 AGCAAGTATGCAAATCAATTTGAATATAAATAGATCTTTAA 1 38 1 ACATACTTAATACATAAATACAAAGAAAATTTTGATAACAC 1 188 0 CAGCAATCAATAGAGAAAGAAAAATTAAAATCAACTTAAGA 4 106 1 CAAGAATAATTATTGATATTTTAAAAAAACTTAAACATTAG 6 51 0 TATTTATTTATAATAAAAACTTATTCTTATTATATATGCAA 0 255 0 TTGTTTAGTATTGTTTAGTTAAATCTTAATTACTAAATTTT 4 33 1 TGATTTGTAATAAAAATTCTAAATTTTTATTTTATAGTAGC 5 73 1 AAGAAAAGAGCACTTGATTTTTAAATTTACTAGTTTTATCT 1 119 1 GGATGAATTTCATAACATACTAAAATTTAGTAATTAAGATT 4 54 0 CATTACATTATTGTGGAGGCAAAATTAAACTTTTTGACTAA 4 253 0 TTTTTATCGATATTTCTAAGTCAAAAATAATAGTTATT 5 272 1 CATGATTTAATAGTGAAAGTACAAGATATTTCTTATTGCAT 0 220 1 ATTTAAATCTTATAGCTACTCATAACTAATTTTCTAGAAAG 0 96 0 ATAAAAGATCTTTAATTACTAGATATTTAATTAATTT 6 221 1 CAATACTAAACAAATTAATTGTATTATTATTGTATT 4 5 0 ** * * ** *** * MAP Score: 29.2038 Motif 3 AAATATACAATGCGGTAACGATAAACTTAATTTAGTTACATAAA 1 244 0 TTAGTGGTGATTATGTAAAAATGAATTTACGTTAAGTATTTTAA 3 227 1 GATAGTAATATGCACTATGAATCAAGATTTATTATTTTTGATTT 5 35 1 ATGCTTATATTTACTTAAGTATTGAGGTGATATATCGCATGTTC 3 173 0 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ATAACACTTGTTATCTTTAATTTAAACAATAAGCTA 1 159 0 TATCGTGAAATTATCTTGTAATTCAAATATCTTAAA 4 192 1 TCAAGATTTATTATTTTTGATTTGTAATAAAAATTC 5 56 1 TTCTAAATTTTTATTTTATAGTAGCATATTTTATAG 5 89 1 AATAACTATTATTTTTGACTTAGAAATATCGATA 5 276 0 TGTAATTCAAATATCTTAAAATCTTATAATATAATT 4 208 1 GCAATAAGAAATATCTTGTACTTTCACTATTAAATC 0 223 0 TAAGTTAATAATATTTTCTATTAACATTATTTCTTC 0 172 1 ATTAACTACGTTATCTTATAATTGATACAGTACTCA 2 84 0 TGACGTTCTTATATTTTACAATTCTTTGAGCGGTCT 0 42 1 AATTAATTAAATATCTAGTAATTAAAGATCTTTTAT 6 221 0 TTTACGTTAAGTATTTTAAATTATTTAGCTTCTATC 3 252 1 ATTGATAAATGTATTTTCTAATGTTTAAGTTTTTTT 6 34 1 GAGGTTATCTATAAATCAATTCTAATTGAT 6 4 1 TTGTCTTATATTTTTTATTATTGATAGAAGCTA 3 277 0 CTCAGTTTTCATATCTATGACTTTCTAGAAAATTAG 0 76 1 AGTTATCTTGTTATTTTTTACCGTGAAATTATGATA 3 83 1 TTTAAGTCTGATATTTAGGATTCATTAAAATGAAGG 1 74 1 TTGTAAGATTTTATTTTAAAAAAATAATTTTGACAA 6 127 0 ATAACGTAGTTAATTTTCAAGTTCAATGAGTATACA 2 106 1 AATGTTTAAGTTTTTTTAAAATATCAATAATTATTC 6 53 1 ATATTAATATTTATTTATAATAAAAACTTATTCTTA 0 267 0 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