AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_profile004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239327
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP090	124	unknown
#1	RP103	300	VIRB4 PROTEIN PRECURSOR (virB4)
#2	RP288	300	unknown
#3	RP289	50	unknown
#4	RP291	82	VIRB10 PROTEIN (virB10)
#5	RP293	300	VIRD4 PROTEIN (virD4)
#6	RP674	196	unknown
#7	RP784	254	VIRB4 PROTEIN PRECURSOR (virB4)
#8	RP883	25	unknown
#9	RP885	300	UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE (hemE)

Motif 1
TAATATAGCAAATATTTAAAATTTTACTTGC	6	124	0
TTATGTGAATAATAATTAAAATACTGATTTT	9	165	1
CTAAATATTCAATAGTTAAAAACTATAGCAA	6	163	0
ATAACAATGTAATAATAAAAATACCTTTGAT	3	29	1
CGAATGCAGTAATAATAAAAAAAAGTTTAAA	5	165	1
ATAGAAAAAAAATATTAAAAAGATTGTAAAT	2	185	0
GGTGCAATAATATAGTAAAAAATCTATAATT	7	218	1
TAAATCAAAAAATAGTTAAATTAGGTGCGGT	1	278	1
ATAAATAATATATATTTAAATCTTTTAGTAG	9	276	1
TTTATAGAGTTATATTTAAATAAAATGTCAA	1	39	1
GTGTTGTGGATATACATAAAATAACCTTCCA	6	83	1
TATCAATATAAATATTTATAATTATTCATAT	0	64	0
TCTATTTATAAATAGAAAAAAAATATTAAAA	2	196	0
AAAAACGCTGTAAATTAAAAATTTTTACTGG	7	149	1
TAGTCTTTTCTAAACTAAAAATGAATCTTGC	9	99	1
TTTTTTTAAGAAAATTTAAATGAAAATTTTG	9	192	1
ATTAAACTATTATACAAAAAACTTTACCTTA	7	31	0
        AAAATATATAAATATATATAATA	2	2	1
TGTTTATAACAATATATAAATAATATATATT	9	261	1
CAATTCGTATAATATATAAATTTGAATTTTT	1	107	1
TTAACTATTGAATATTTAGATAACATAATAA	6	175	1
AAATATTTGCTATATTAATAATAGCTTGCTA	6	138	1
CGTGGTAGCTAAAAATAAAATAATATGAATA	0	42	1
TTTAATCCAGTATATTTAAACTTTTTTTTAT	5	179	0
TAAAGTGTTTTAGATTTAAAATTGTCATACT	4	44	0
AATCCAGGAAAAGAATAAAAACGCTGTAAAT	7	133	1
       TATAAAATTAAGAAAATCTAGTAC	9	3	1
TAACAATGCGTATATTAAAACACGTAGCTAC	2	104	0
ATTATTCACATAAATTTATAATTAATTTATA	9	147	0
AGCAACGGCGAAAATTTAGATTGTTATTATC	1	215	0
TTCTTTATTAAATATAAATAATAAGGTAAAG	7	10	1
TTTTTCTATTTATAAATAGATTTTGCAAAAA	2	207	1
ATACTGGATTAAAATTAAGATAATTTTGCTT	5	197	1
TAGGCTCTTTAAAACATATAATATAAG    	1	6	0
          **** ******
MAP Score: 37.7249

Motif 2
AAATCTAGGCTCTTTAAAACATATAATATAAG	1	10	0
ATAATATTGCTATTTAAAAAATAACGCTTATA	5	122	0
GACTAAAGTGTATTTATAAGATCGTAATAGGT	2	70	1
AAAAAATCAGTATTTTAATTATTATTCACATA	9	166	0
CAATTTACAATCTTTTTAATATTTTTTTTCTA	2	183	1
  ATCAAAGGTATTTTTATTATTACATTGTTA	3	30	0
TATTTAAACTTTTTTTTATTATTACTGCATTC	5	166	0
ACAAACTGTTTCTTTAAAAGAAAATGTACTAG	9	27	0
TATAGAGTTATATTTAAATAAAATGTCAAGAA	1	41	1
TTTATAACAATATATAAATAATATATATTTAA	9	263	1
ATATAGCAAATATTTAAAATTTTACTTGCTCT	6	121	0
TACATAATTCTGTTTATAACAATATATAAATA	9	251	1
AATATATAAATATATATAATATCAACTTCTGA	2	12	1
AAATAATATATATTTAAATCTTTTAGTAGAAT	9	278	1
AAAATTCAAATTTATATATTATACGAATTGGC	1	105	0
       TTCTTTATTAAATATAAATAATAAG	7	3	1
AAATATTTGCTATATTAATAATAGCTTGCTAT	6	138	1
ATCTTGTGACTATTTTAAAATTACCTTACTAT	2	256	0
AAAATACTGATTTTTTTAAGAAAATTTAAATG	9	182	1
ATTATCCACTTGTATAAATTAATTATAAATTT	9	135	1
TCAATATAAATATTTATAATTATTCATATTAT	0	61	0
ATTTTTTTTCTATTTATAAATAGATTTTGCAA	2	203	1
ATTATATATATTTATATATTTT          	2	0	0
GTAAATTAAATGTTTCAAACATAGTTATCAAC	9	222	0
GGTAGCTACGTGTTTTAATATACGCATTGTTA	2	103	1
TAAATATAACTCTATAAATCTAGGCTCTTTAA	1	25	0
          * ******* **
MAP Score: 25.2359

Motif 3
TTGCAGAGTATAACAATTTACAATCTTTTTAATA	2	170	1
CAAGATAATTTAATAATGTATAATTAGA      	2	282	1
ATTCTGTTTATAACAATATATAAATAATATATAT	9	257	1
GCGAATGCAGTAATAATAAAAAAAAGTTTAAATA	5	164	1
AGGAGGATAATAACAATCTAAATTTTCGCCGTTG	1	210	1
  AAAATATATAAATATATATAATATCAACTTCT	2	8	1
AGTATCAATATAAATATTTATAATTATTCATATT	0	63	0
  TTCTTTATTAAATATAAATAATAAGGTAAAGT	7	8	1
AAAATCTATTTATAAATAGAAAAAAAATATTAAA	2	197	0
AATAACAATGTAATAATAAAAATACCTTTGAT  	3	28	1
TTTATGTGAATAATAATTAAAATACTGATTTTTT	9	164	1
ACGTGGTAGCTAAAAATAAAATAATATGAATAAT	0	41	1
TATCCACTTGTATAAATTAATTATAAATTTATGT	9	137	1
ATAATATAGTAAAAAATCTATAATTTAAATCAGG	7	224	1
AGAAAAGTGATATTTATTCACAATTTTATCCACA	9	56	0
CTATAGTTTTTAACTATTGAATATTTAGATAACA	6	166	1
TTTTCTAAACTAAAAATGAATCTTGCACTTAATT	9	104	1
ATTACGATCTTATAAATACACTTTAGTCAAATTG	2	64	0
GGTATGACATAAAAAATTCAAATTTATATATTAT	1	115	0
AGCAAGCTATTATTAATATAGCAAATATTTAAAA	6	134	0
ATACTGGTACAATAAATCAAAAAATAGTTAAATT	1	266	1
AGTAATCCAGTAAAAATTTTTAATTTACAGCGTT	7	152	0
          *** ***  * ***
MAP Score: 21.3882

Motif 4
ATAAAATAATATGAATAATTATAAATATTTA	0	56	1
CGCAGTATCAATATAAATATTTATAATTATT	0	69	0
TTGACATTTTATTTAAATATAACTCTATAAA	1	39	0
ATTGGCTCCGTAGTAAAATTTATTAGGACAT	1	80	0
AAAAATTCAAATTTATATATTATACGAATTG	1	107	0
GATAATAACAATCTAAATTTTCGCCGTTGCT	1	215	1
TATTATATATATTTATATATTTT        	2	2	0
TTACAATCTTTTTAATATTTTTTTTCTATTT	2	187	1
TTTTTTTTCTATTTATAAATAGATTTTGCAA	2	204	1
CTTGTGACTATTTTAAAATTACCTTACTATA	2	255	0
AAATAGTCACAAGATAATTTAATAATGTATA	2	273	1
TAATTTAATAATGTATAATTAGA        	2	287	1
AACAATGTAATAATAAAAATACCTTTGAT  	3	31	1
AGTGTTTTAGATTTAAAATTGTCATACTATG	4	41	0
ACACTTTAACTAATATAATTTAGAT      	4	67	1
AATATTGCTATTTAAAAAATAACGCTTATAT	5	121	0
AAGCAAAATTATCTTAATTTTAATCCAGTAT	5	197	0
GTAAAAGAGCAAGTAAAATTTTAAATATTTG	6	116	1
TAGCAAGCTATTATTAATATAGCAAATATTT	6	138	0
TTATTATGTTATCTAAATATTCAATAGTTAA	6	175	0
       TTCTTTATTAAATATAAATAATAA	7	3	1
TAATAGTTTAATGTAAAATTAGCTATGTAGT	7	50	1
TCCAGTAAAAATTTTTAATTTACAGCGTTTT	7	150	0
ATACCTAGTCATCAAAAATTATCAGTTTTGA	7	186	0
ATAGTAAAAAATCTATAATTTAAATCAGGTT	7	229	1
GTACTAGATTTTCTTAATTTTATA       	9	3	0
ATTCACATAAATTTATAATTAATTTATACAA	9	144	0
AATTTATGTGAATAATAATTAAAATACTGAT	9	162	1
TGATTTTTTTAAGAAAATTTAAATGAAAATT	9	189	1
CATAGTTATCAACAAAATTTTCATTTAAATT	9	204	0
TTCTGTTTATAACAATATATAAATAATATAT	9	258	1
TATATAAATAATATATATTTAAATCTTTTAG	9	273	1
          ** ********
MAP Score: 6.35591

Motif 5
GTCCACAGTTAGCTGCGGTATAGCAATTTA	0	13	0
TTTATATTGATACTGCGGTCAAACTGCGGT	0	83	1
ACTGCGGTCAAACTGCGGTATTGCGCTGGC	0	94	1
TAGTTAAATTAGGTGCGGTA          	1	290	1
          **********
MAP Score: 1.1196