AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_profile004_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239351 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP090 124 unknown #1 RP091 174 ASPARTATE AMINOTRANSFERASE A (aatA) #2 RP103 300 VIRB4 PROTEIN PRECURSOR (virB4) #3 RP288 300 unknown #4 RP289 50 unknown #5 RP291 82 VIRB10 PROTEIN (virB10) #6 RP293 300 VIRD4 PROTEIN (virD4) #7 RP674 196 unknown #8 RP780 245 unknown #9 RP782 175 unknown #10 RP784 254 VIRB4 PROTEIN PRECURSOR (virB4) #11 RP883 25 unknown #12 RP885 300 UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE (hemE) Motif 1 AATCCAGTATATTTAAACTTTTTTTTATTAT 6 176 0 CAAAATTTTCATTTAAATTTTCTTAAAAAAA 12 192 0 TATAGCAAATATTTAAAATTTTACTTGCTCT 7 121 0 AAATTATTTTATTTAAAAATTTATTAAGATA 1 53 0 ATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAAAA 8 23 0 TATTATATATATTTATATATTTT 3 2 0 AATATATATTATTTATATATTGTTATAAACA 12 261 0 AAAAATTCAAATTTATATATTATACGAATTG 2 107 0 CGAATTCAGTATTTTAAGATTCTCAAAGCTC 1 148 1 TCTTGTGACTATTTTAAAATTACCTTACTAT 3 256 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AAATATTTGCTATATTAATAATAGCTTGCTATA 7 138 1 ATACTGGATTAAAATTAAGATAATTTTGCTTTT 6 197 1 TTAACTATTGAATATTTAGATAACATAATAA 7 175 1 GTTTGTGGATAAAATTGTGAATAAATATCACTT 12 53 1 TAAAGTGTTTTAGATTTAAAATTGTCATACTAT 5 42 0 AAAAACGCTGTAAATTAAAAATTTTTACTGGAT 10 149 1 ATTATTCACATAAATTTATAATTAATTTATACA 12 145 0 TTTATAGAGTTATATTTAAATAAAATGTCAAGA 2 39 1 TATGACATAAAAAATTCAAATTTATATATTATA 2 114 0 AAAGGTTTATAATATTCAGATATACTTGTTTAA 9 21 1 GTTTAATTACTAAATTCATATTATTTACACTAT 1 11 1 AAATATTAAAAAGATTGTAAATTGTTATACTCT 3 174 0 ATTCTACTAAAAGATTTAAATATATATTATTTA 12 277 0 TTCTTTATTAAATATAAATAATAAGGTAAAGTT 10 10 1 AAAATATATAAATATATATAATATCAACTTCTG 3 10 1 TCTAATTATACATTATTAAATTATCTTGTGA 3 279 0 ATTTTTATATTAAATTTTTAAATTATACGTTAT 8 21 1 CATATCTTAATAAATTTTTAAATAAAATAATTT 1 51 1 GGCGAAAATTTAGATTGTTATTATCCTCCTGTA 2 207 0 AGTTATCAACAAAATTTTCATTTAAATTTTCTT 12 199 0 ATATTATTTATATATTGTTATAAACAGAATTAT 12 254 0 AATCTATTTATAAATAGAAAAAAAATATTAAAA 3 196 0 TCGGTGCAATAATATAGTAAAAAATCTATAATT 10 216 1 TTATGTGAATAATAATTAAAATACTGATTTTTT 12 165 1 ATAACAATGTAATAATAAAAATACCTTTGAT 4 29 1 CGAATGCAGTAATAATAAAAAAAAGTTTAAATA 6 165 1 AATTTAATATAAAAATCACAAAAAATT 8 4 0 TGAGAATCTTAAAATACTGAATTCGGATTCTTA 1 140 0 AATAAATCAAAAAATAGTTAAATTAGGTGCGGT 2 276 1 AATAAGTAAATAATGAAAAGTAGATAGGT 9 156 0 CGTGGTAGCTAAAAATAAAATAATATGAATAAT 0 42 1 AGAGTGAGTCAAGAATGAGATAAAGAAACAAAA 6 261 1 ATAAGGATTAAACAAACACAATACAACGACACT 6 22 0 ** *** * **** MAP Score: 33.1788 Motif 3 CACTATAATAAAGCATATCTTAATAAATTTTTAAATAAA 1 38 1 GCAATAATATAGTAAAAAATCTATAATTTAAATCAGGTT 10 221 1 CTTCAGAAAGAACCAAAGATCCATAATATAAAAAGCTGA 8 101 1 AAAATATATAAATATATATAATATCAACTTCTGA 3 5 1 TTCTGTTTATAACAATATATAAATAATATATATTTAAAT 12 258 1 AGATTTATAGAGTTATATTTAAATAAAATGTCAAGAACT 2 36 1 CGCAGTATCAATATAAATATTTATAATTATTCATATTAT 0 61 0 AATATACTGGATTAAAATTAAGATAATTTTGCTTTTTTT 6 194 1 GGTACAATAAATCAAAAAATAGTTAAATTAGGTGCGGTA 2 271 1 TCTAATTATACATTATTAAATTATCTTGTGAC 3 278 0 TATAATATTCAGATATACTTGTTTAATATGAAAAATTGA 9 28 1 CAATTATTAAAAAAGGTTTATAATATTCAGATATAC 9 7 1 TTTTTAACTATTGAATATTTAGATAACATAATAA 7 172 1 TTCTATACTCAGATAGAACTCCAAAAATTTGCTAAGTCA 8 180 0 TTGGAATATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAAAAA 8 22 0 TATAAATAGAAAAAAAATATTAAAAAGATTGTAAATTGT 3 182 0 ATATTGTTATAAACAGAATTATGTAAATTAAATGTTTCA 12 237 0 TAATTATTATTCACATAAATTTATAATTAATTTATACAA 12 144 0 TATAATTAATTTATACAAGTGGATAATTAAGTGCAAGAT 12 123 0 CCTCAAATAAATGAAGAGTAGTATAAGAATCAACTTCAG 8 68 1 CCATGATCGTAGCTACAGGAGGATAATAACAATCTAAAT 2 194 1 CAAAATTTTCATTTAAATTTTCTTAAAAAAATCAGTATT 12 184 0 TTCTTTATTAAATATAAATAATAAGGTAAAGTTT 10 5 1 AAAGAAAATGTACTAGATTTTCTTAATTTTATA 12 4 0 AAAATTTAATATAAAAATCACAAAAAATT 8 0 0 ATTATTAATATAGCAAATATTTAAAATTTTACTTGCTCT 7 121 0 GAAGTAATAATTTGATACAATAACAATGTAA 4 2 1 ACAATTTTAAATCTAAAACACTTTAACTAATATAATTTA 5 50 1 TGCAGTAATAATAAAAAAAAGTTTAAATATACTGGATTA 6 169 1 AATAAGTAAATAATGAAAAGTAGATAGGTGGA 9 153 0 * * * * **** ** MAP Score: 31.2321 Motif 4 GAAAAAAAATATTAAAAAGATTGTAAATTGTTATACT 3 176 0 CAATTATTAAAAAAGGTTTATAATATTCAGAT 9 5 1 CCAGGAAAAGAATAAAAACGCTGTAAATTAAAAATTT 10 136 1 ACAATATATAAATAATATATATTTAAATCTTTTAGTA 12 269 1 TAAATTTTTAAATAAAATAATTTTATTGAGATTAAAA 1 61 1 TTTTATTGAGATTAAAATTGCTGTATTATCGTTTATT 1 81 1 GCAATAATATAGTAAAAAATCTATAATTTAAATCAGG 10 221 1 TTATAGTGTAAATAATATGAATTTAGTAATTAAACT 1 9 0 AAATTATATTAGTTAAAGTGTTTTAGATTTAAAATTG 5 51 0 TAATATGAATAATTATAAATATTTATATTGATACTGC 0 62 1 ATTCAATTTGACTAAAGTGTATTTATAAGATCGTAAT 3 61 1 GCTTTATTGAATTAAACGTCATCTACAGTTTTGTATG 6 79 1 GAAGTAATAATTTGATACAATAACAATGT 4 2 1 TTGCTATATTAATAATAGCTTGCTATAGTTTTTAACT 7 144 1 AAGAGCCTAGATTTATAGAGTTATATTTAAATAAAAT 2 28 1 AATATACTGGATTAAAATTAAGATAATTTTGCTTTTT 6 194 1 ATCGTTTATTATTAATGTTATTCTAAAGTATATAAGA 1 108 1 ATTGAAATATGATAAAAGCTTTCTATACTCAGATAGA 8 202 0 TTTGGAAAATAGTAATCAGTCTATAATACGAGGAGTA 9 110 0 TGCAGTAATAATAAAAAAAAGTTTAAATATACTGGAT 6 169 1 GACATAAAAAATTCAAATTTATATATTATACGAATTG 2 107 0 GCTACAGGAGGATAATAACAATCTAAATTTTCGCCGT 2 205 1 ATTTATAATTATTCATATTATTTTATTTTTAGCTACC 0 45 0 CTTAGCATGACCTAAAAAAGGTATACTGGTACAATAA 2 244 1 TCTTGCACTTAATTATCCACTTGTATAAATTAATTAT 12 124 1 TATAAAATTAAGAAAATCTAGTACATTTTCTT 12 5 1 GCTAATTTTACATTAAACTATTATACAAAAAACTTTA 10 36 0 ACATAATTCTGTTTATAACAATATATAAATAATATAT 12 252 1 AAAATATATAAATATATATAATATCAACTT 3 3 1 TTTATTAAATATAAATAATAAGGTAAAGTTTTTTGTA 10 13 1 TATAATATTCAGATATACTTGTTTAATATGAAAAATT 9 28 1 * ***** * ** * MAP Score: 26.667 Motif 5 AATATTTATAATTATTCATATTATTTTATTTT 0 53 0 GTTTAATTACTAAATTCATATTATTTACACTA 1 11 1 TATTTAAAAATTTATTAAGATATGCTTTATTA 1 43 0 TCTTAATAAATTTTTAAATAAAATAATTTTAT 1 55 1 ATAAAATAATTTTATTGAGATTAAAATTGCTG 1 72 1 CCGAATTCAGTATTTTAAGATTCTCAAAGCTC 1 147 1 AGAGCCTAGATTTATAGAGTTATATTTAAATA 2 29 1 TTCTTGACATTTTATTTAAATATAACTCTATA 2 41 0 GCCAATTCGTATAATATATAAATTTGAATTTT 2 105 1 ATTATATATATTTATATATTTT 3 0 0 TCAGAAGTTGATATTATATATATTTATATATT 3 12 0 ATTTTTTTTCTATTTATAAATAGATTTTGCAA 3 203 1 TTATAAATAGATTTTGCAAAAAATACTTGTGC 3 216 1 CTTGTGCACTATTTTATAGTAAGGTAATTTTA 3 241 1 TCTTGTGACTATTTTAAAATTACCTTACTATA 3 255 0 TAGTCACAAGATAATTTAATAATGTATAATTA 3 276 1 CATATTGCGCTTTATTGAATTAAACGTCATCT 6 71 1 ATAATATTGCTATTTAAAAAATAACGCTTATA 6 122 0 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* *** MAP Score: 10.5947