AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_profile005_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239368
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP008	190	(3R)-HYDROXYMYRISTOYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] DEHYDRATASE (fabZ)
#1	RP009	300	UDP-3-O-[3-HYDROXYMYRISTOYL] GLUCOSAMINE N-ACYLTRANSFERASE (lpxD)
#2	RP116	169	SIGNAL PEPTIDASE I (lepB)
#3	RP408	148	LIPOPROTEIN SIGNAL PEPTIDASE (lspA)
#4	RP849	40	GLYCYL-TRNA SYNTHETASE BETA CHAIN (glyS)
#5	RP850	186	GLYCYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA SUBUNIT (glyQ)

Motif 1
GAGAAATTTAAATTAATAATATTGATTTAT	1	89	0
AATAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGAGA	0	161	1
TGATATTTAAAATTAACAATTTCATTTACA	5	38	1
TACAAAATATAATAAATAATTTTT      	2	155	1
ATATTATGTGAATAAATAATATTGATATTT	5	16	1
GGGTCCCGTGAATAAATAATTGAATAACAG	0	95	1
ACAAAACATCAATTTATAAAATTGA     	3	5	0
ATAATTACAGAACTTATATTTCATTATTAA	5	79	1
ACTCATTAAATATTAATAATGAAATATAAG	5	91	0
CCATTTTGATAATTAACATTCCTTTTTTGT	3	105	1
      AGATAATTAATATATTTATAAATA	3	134	0
GTTCTACTTCAATTAATAACTTGAATCTCA	1	128	1
TGCCATATAAAACTTACAATTTTATTGCAT	1	226	1
ATAAAAGCATAACTTATATAATATCGCTAG	1	257	1
TCCTTTTTTGTATTTATAAATATATTAATT	3	124	1
ACTATAAAAATACTAATATAGTAATTTTAA	1	166	0
          **********
MAP Score: 16.3364

Motif 2
TATAACTTTATTGTTGTATGAATCAATTTTTATTGTTATCTCAT	0	15	1
CGTGAATAAATAATTGAATAACAGAGATAAAATTGCTCTATGCA	0	101	1
CAACGCGTTCTCGTAATAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGAGA	0	147	1
GTGTAGTTCTTTTATTTAGAGATTACTTAGTATTCATAGATACG	1	13	0
AGAACATGTAATGTGAGAAATTTAAATTAATAATATTGATTTAT	1	89	0
ATTTTAAACTAAATTTGAGATTCAAGTTATTAATTGAAGTAGAA	1	129	0
CTGAACACGTTTTTGCCATATAAAACTTACAATTTTATTGCATA	1	213	1
TCGTACTTTTTTATATCATACCGTATAATATATTGTGTCCTGTG	2	40	1
TGAGTGATAAAGTTGCCATATGACATTAAAGATTATTCGATGCA	2	82	1
TTTAATTGAGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT      	2	141	1
CTTTTTGGAATGATTAGACTTACTATTGTCCATTTTGATAATTA	3	76	1
ATATATTTATAAATACAAAAAAGGAATGTTAATTATCAAAATGG	3	105	0
TATCTCCATATCTTTGTAAATGAAATTGTTAATTTTAAATATCA	5	38	0
GATATGGAGATAATTACAGAACTTATATTTCATTATTAATATTT	5	70	1
TGCCTTTTGATCTTCGAACATCTAATTCATTATCTAATACTCAT	5	115	0
      AAAAAGTTAATATATTAGAACTAAAATTGTCTAGCTTT	5	158	0
          *  *   * *    * * *  ***
MAP Score: 15.2828

Motif 3
CTATATTAGTATTTTTATAGTCAAGTCACTGTAT	1	175	1
ACTATTGTCCATTTTGATAATTAACATTCCTTTT	3	97	1
TGAATAAATAATATTGATATTTAAAATTAACAAT	5	24	1
TACTCATTAAATATTAATAATGAAATATAAGTTC	5	88	0
ATACAACAATAAAGTTATAGTAAA          	0	0	0
TAATAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGAGACCT	0	160	1
AAATACTAATATAGTAATTTTAAACTAAATTTGA	1	155	0
TTAGATCCAGAAAAATATATTTAATTGGGTCCCG	0	69	1
TTTTAAACTAAATTTGAGATTCAAGTTATTAATT	1	138	0
GTATGAATCAATTTTTATTGTTATCTCATGGTTT	0	30	1
TTTTGTATTTATAAATATATTAATTATCT     	3	129	1
GTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT     	2	150	1
TATCTTTGTAAATGAAATTGTTAATTTTAAATAT	5	40	0
GAAATTTAAATTAATAATATTGATTTATTTGAGA	1	83	0
TCTAATTCATTATCTAATACTCATTAAATATTAA	5	105	0
ATGCAATAAAATTGTAAGTTTTATATGGCAAAAA	1	222	0
AAAATGGACAATAGTAAGTCTAATCATTCCAAAA	3	78	0
          *** * *** * **
MAP Score: 12.2755

Motif 4
TGCAGATTTTAGCTAGGAATTTAATTGAGTGCTTAC	2	122	1
TGATATTTAAAATTAACAATTTCATTTACAAAGATA	5	38	1
       AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCAC	2	150	0
TTAGATCCAGAAAAATATATTTAATTGGGTCCCGTG	0	69	1
TGTTAATTTTAAATATCAATATTATTTATTCACATA	5	20	0
TGAATCTCAAATAAATCAATATTATTAATTTAAATT	1	79	1
TTGAGATTCAAGTTATTAATTGAAGTAGAACATGTA	1	123	0
TGCCATATAAAACTTACAATTTTATTGCATAATAAA	1	226	1
GCAACAAAACATCAATTTATAAAATTGA        	3	2	0
          AGATAATTAATATATTTATAAATACA	3	132	0
          AAAAAGTTAATATATTAGAACTAAAA	5	170	0
CCATGAGATAACAATAAAAATTGATTCATACAACAA	0	25	0
GGGTCCCGTGAATAAATAATTGAATAACAGAGATAA	0	95	1
TTAAATATTAATAATGAAATATAAGTTCTGTAATTA	5	80	0
ATTTAGTTTAAAATTACTATATTAGTATTTTTATAG	1	159	1
AGAAACTCGTACTTTTTTATATCATACCGTATAATA	2	34	1
          *  **  ****  ***
MAP Score: 10.5017

Motif 5
CCAGAAAAATATATTTAATTGGGTCCCGTG	0	75	1
GGTCCCGTGAATAAATAATTGAATAACAGA	0	96	1
ATAAATCAATATTATTAATTTAAATTTCTC	1	89	1
TTCTACTTCAATTAATAACTTGAATCTCAA	1	129	1
ACAAAATATAATAAATAATTTTT       	2	156	1
GTCCATTTTGATAATTAACATTCCTTTTTT	3	103	1
TATTATGTGAATAAATAATATTGATATTTA	5	17	1
ATTGATATTTAAAATTAACAATTTCATTTA	5	36	1
CTTATATTTCATTATTAATATTTAATGAGT	5	91	1
          **********
MAP Score: 6.42995

Motif 6
TTATCTCTGTTATTCAATTATTTATTCACGGGACCC	0	95	0
TCTCGTAATAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGAGA	0	155	1
TAGCTATTCAAAGATGAATCTCAAATAAATCAATAT	1	65	1
ATAAATCAATATTATTAATTTAAATTTCTCACATTA	1	89	1
TTATTAATTGAAGTAGAACATGTAATGTGAGAAATT	1	111	0
TTCAATTAATAACTTGAATCTCAAATTTAGTTTAAA	1	135	1
TAAAACTTACAATTTTATTGCATAATAAAAGCATAA	1	233	1
CCTAGCTAAAATCTGCATCGAATAATCTTTAATGTC	2	103	0
AGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT      	2	149	1
TCTGCAACAAAACATCAATTTATAAAATTGA     	3	5	0
AAAAGGAGAAAAACAGATCCTTTAATAAGTGTACAC	3	45	0
ATAAATACAAAAAAGGAATGTTAATTATCAAAATGG	3	105	0
AACTGCATATTATGTGAATAAATAATATTGATATTT	5	10	1
TGTAAATGAAATTGTTAATTTTAAATATCAATATTA	5	32	0
CTTATATTTCATTATTAATATTTAATGAGTATTAGA	5	91	1
TTCGAACATCTAATTCATTATCTAATACTCATTAAA	5	111	0
          **    *** * ****
MAP Score: 5.8671

Motif 7
GAGATAACAATAAAAATTGATTCATACAAC	0	27	0
GATCCAGAAAAATATATTTAATTGGGTCCC	0	72	1
TCCCGTGAATAAATAATTGAATAACAGAGA	0	98	1
TAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGAGACC	0	163	1
ATTTAAATTAATAATATTGATTTATTTGAG	1	84	0
AGATTCAAGTTATTAATTGAAGTAGAACAT	1	126	0
TAAAAATACTAATATAGTAATTTTAAACTA	1	162	0
GTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT 	2	150	1
   TCAATTTTATAAATTGATGTTTTGTTG	3	7	1
  AGATAATTAATATATTTATAAATACAAA	3	130	0
TTATTAGAGCTATTTAGTGAAGAAATACCT	4	14	1
ATGTGAATAAATAATATTGATATTTAAAAT	5	21	1
TAATACTCATTAAATATTAATAATGAAATA	5	95	0
TTTTAGTTCTAATATATTAACTTTTT    	5	170	1
          **********
MAP Score: 5.59317

Motif 8
TGTATGAATCAATTTTTATTGTTATCTCAT	0	29	1
TAGATCCAGAAAAATATATTTAATTGGGTC	0	70	1
GTAATAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGA	0	159	1
TCAAATAAATCAATATTATTAATTTAAATT	1	85	1
ACTTGAATCTCAAATTTAGTTTAAAATTAC	1	146	1
ATAAAACTTACAATTTTATTGCATAATAAA	1	232	1
GAAACTCGTACTTTTTTATATCATACCGTA	2	35	1
ATCATACCGTATAATATATTGTGTCCTGTG	2	54	1
          AAAAATTATTTATTATATTT	2	159	0
         TCAATTTTATAAATTGATGTT	3	1	1
TTTGTATTTATAAATATATTAATTATCT  	3	130	1
TTAAAATTAACAATTTCATTTACAAAGATA	5	44	1
ATAATTACAGAACTTATATTTCATTATTAA	5	79	1
CAAAGCTAGACAATTTTAGTTCTAATATAT	5	157	1
AATTTTAGTTCTAATATATTAACTTTTT  	5	168	1
          **********
MAP Score: 5.09889

Motif 9
AATAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGAGACCTAGATAA    	0	161	1
ATCTCAAATAAATCAATATTATTAATTTAAATTTCTCACATTA	1	82	1
TTGAATCTCAAATTTAGTTTAAAATTACTATATTAGTATTTTT	1	148	1
TTACAATTTTATTGCATAATAAAAGCATAACTTATATAATATC	1	239	1
GCCATATGACATTAAAGATTATTCGATGCAGATTTTAGCTAGG	2	96	1
TAATTGAGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT       	2	143	1
CCTTTTTTGTATTTATAAATATATTAATTATCT          	3	125	1
TTTAAATATCAATATTATTTATTCACATAATATGCAGTT    	5	6	0
TAATATTGATATTTAAAATTAACAATTTCATTTACAAAGATAT	5	32	1
TCTAATACTCATTAAATATTAATAATGAAATATAAGTTCTGTA	5	84	0
          ***  * ****        *  *
MAP Score: 4.84157