AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_profile006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239441
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP090	124	unknown
#1	RP254	225	UDP-3-O-[3-HYDROXYMYRISTOYL] N-ACETYLGLUCOSAMINE DEACETYLASE (lpxC)
#2	RP321	300	LIPID-A-DISACCHARIDE SYNTHASE  (lpxB)
#3	RP379	300	3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE (kdsB)
#4	RP505	184	KPSF PROTEIN (kpsF)
#5	RP719	300	unknown

Motif 1
GTATCAATATAAATATTTATAATTATTCATATTA	0	62	0
TCACAATGGTGATTATGTAATATTTTGTAACAAA	1	141	1
GAGGTTGTTTAAATATATTTAAATGTTAATATTT	1	199	0
AAAAAAGATCGATTATATCAGATTACTGAATTGT	2	214	1
ACGAGCTCTTAAATATGTAGCAATATGAAGATCA	3	83	1
ACATATTTTTGAATATATTCAATATTCGATCTGT	3	209	0
ATATATTCAAAAATATGTTTTACTTTATCGCCGA	3	225	1
ATCTGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATATA	3	268	1
CAATTCCTAAGATTATGTGTTACTCAGTGCGTAA	4	63	1
TCCTAATACTAAATATGTACTAGATATAGTTAAT	4	133	1
AGCAGTGTAGATATATGTCCCAGTTAGTGAAATT	5	33	1
AAATTCTTGAAAAGATGTAAGAGTTAATAATTAT	5	62	1
TGCATTTTACGATTATATTAGATAATAAAGCAAT	5	233	1
ATAAAGCAATAAATATGTTTGACTTTATTTTTAA	5	257	1
          ********   * *
MAP Score: 15.9903

Motif 2
CGTGGTAGCTAAAAATAAAATAATATGAATAATT	0	42	1
AAATAATATGAATAATTATAAATATTTATATTGA	0	59	1
GTCTACTGGAAATAATTACAGATACTATATAGTA	1	27	1
TTTTGTTACAAAATATTACATAATCACCATTGTG	1	142	0
AAACATTTTGAATAAAAACATAAAAAAACTTGAT	2	36	1
GCGTGAGGATAACAAGTACAGACTAGGCTATAAA	2	104	1
GAAGCAGGTAAAGAAGAACACAAAGTTGTAAAAA	2	160	1
ACAAAGTTGTAAAAATAGCAAAAAAGATTTTAAT	2	179	1
AAATAGAGCGATTAAAAACAGAAATTAAGAACCT	2	257	1
GATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATCAAT	3	112	1
GCTTAACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAGAC	3	157	1
TTCGGCGATAAAGTAAAACATATTTTTGAATATA	3	226	0
CTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGACAGA	3	269	0
TATTAACTATATCTAGTACATATTTAGTATTAGG	4	134	0
ATTTACAGCAATTAAAAATAAAGTCAAACATATT	5	268	0
          ** ** **** * *
MAP Score: 14.2961

Motif 3
GCTAAAAATAAAATAATATGAATAATTATAAATATTTATATTGA	0	49	1
AGCTTAACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAGACAACGTAGCC	3	156	1
GTATACAAGGAAAAACAGGTAATGATACGGAAGAACATTTGCAT	5	194	1
GCCATTCTTTAAACAGATCGAATATTGAATATATTCAAAAATAT	3	197	1
AGGTATCAACAAATACTCCTAATACTAAATATGTACTAGATATA	4	117	1
GAGGTTGTTTAAATATATTTAAATGTTAATATTTAATTGCAAAT	1	189	0
AAAGTTGTAAAAATAGCAAAAAAGATTTTAATGAAAAAAGATCG	2	181	1
TTTATCGCCGAAAAAGGCTAATCTGTCAACAATTATTTTTTAAT	3	248	1
TTAATGCAGGAAATAAAATTAAGTGAGGTTAATTTATCAGTATA	5	155	1
ATTGTCTATCAAAGAAATAGAGCGATTAAAAACAGAAATTAAGA	2	243	1
TAAAAACATAAAAAAACTTGATATGATTTAAAATTACTTTACAA	2	48	1
ATTTGTTACGAAATATGCTCATTTAAACGAAATATTAGTTAATG	5	117	1
GATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATCAATTGAGGAATGC	3	112	1
TGAAATTCTTGAAAAGATGTAAGAGTTAATAATTATGGGAATTG	5	60	1
ATTTTAATGAAAAAAGATCGATTATATCAGATTACTGAATTGTC	2	205	1
GCTGTGTGGTAATCAAATGAAACCATCATCAATTCCTAAGATTA	4	34	1
CAGCAATTAAAAATAAAGTCAAACATATTTATTGCTTTATTATC	5	253	0
          *** *     **   *    ** *
MAP Score: 11.2412

Motif 4
TTACCGGTCTACTGGAAATAATTACAGATACT	1	21	1
TGTATAATTTGCAATTAAATATTAACATTTAA	1	183	1
TTAAATATTAACATTTAAATATATTTAAACAA	1	197	1
GATGGATTGTTCATGAAAACATTTTGAATAAA	2	20	1
TACAGACTAGGCTATAAAACAACAGGATAGTT	2	120	1
CTCTTAAGAAGCAGGTAAAGAAGAACACAAAG	2	153	1
TGAGCTACGAGCTCTTAAATATGTAGCAATAT	3	77	1
TGCTTTTTTAGCTTGTAATCAATACCT     	5	5	0
TTAGTGAAATTCTTGAAAAGATGTAAGAGTTA	5	56	1
ATTAGTTAATGCAGGAAATAAAATTAAGTGAG	5	150	1
ACAAGGAAAAACAGGTAATGATACGGAAGAAC	5	198	1
ATGATTTACAGCAATTAAAAATAAAGTCAAAC	5	273	0
ATTTTTAATTGCTGTAAATCATAAACT     	5	283	1
          *** ***** **
MAP Score: 8.45562

Motif 5
GTGGTAGCTAAAAATAAAATAATATGAATAATTATAAATATT	0	43	1
TACTGGAAATAATTACAGATACTATATAGTATCTGTAATTGG	1	30	1
TTTGTTACAAAATATTACATAATCACCATTGTGAGCATCAAT	1	133	0
GTTAATATTTAATTGCAAATTATACAAATAATATTTTGTTAC	1	167	0
TTGAATAAAAACATAAAAAAACTTGATATGATTTAAAATTAC	2	43	1
GCAGGTAAAGAAGAACACAAAGTTGTAAAAATAGCAAAAAAG	2	163	1
TAGAGCGATTAAAAACAGAAATTAAGAACCTTTTAAAATAAC	2	260	1
TATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATCAATTG	3	106	1
AATGCAGCTTAACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAGACAA	3	151	1
AAACAGATCGAATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTTACT	3	207	1
 AAACTGCCTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGACAGA	3	269	0
ATCAAATGAAACCATCATCAATTCCTAAGATTATGTGTTACT	4	45	1
TAATTTAGGTATCAACAAATACTCCTAATACTAAATATGTAC	4	111	1
TTATCAGTATACAAGGAAAAACAGGTAATGATACGGAAGAAC	5	188	1
ATTATCTAATATAATCGTAAAATGCAAATGTTCTTCCGTATC	5	217	0
GATTTACAGCAATTAAAAATAAAGTCAAACATATTTATTGCT	5	261	0
          *  *  * *** *   **   *
MAP Score: 8.27575

Motif 6
GTGGACGTGGTAGCTAAAAATAAAATAATATGAATAAT	0	37	1
CTTATGTTCAAGGCAGAACATAACATAAGCTAGACGTC	1	74	1
TAATATTTTGTTACAAAATATTACATAATCACCATTGT	1	143	0
GTTAATATTTAATTGCAAATTATACAAATAATATTTTG	1	171	0
TTAAATATTAACATTTAAATATATTTAAACAACCTCGT	1	197	1
TGAAAACATTTTGAATAAAAACATAAAAAAACTTGATA	2	33	1
AAGAACACAAAGTTGTAAAAATAGCAAAAAAGATTTTA	2	173	1
TATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATCA	3	106	1
AATGCAGCTTAACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAG	3	151	1
AACAGATCGAATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTT	3	208	1
 AAACTGCCTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGA	3	273	0
TAATTTAGGTATCAACAAATACTCCTAATACTAAATAT	4	111	1
TTAATAAACCACGGTGAAAATGAGTAAATTAA      	4	162	1
TATGTCCCAGTTAGTGAAATTCTTGAAAAGATGTAAGA	5	46	1
AATGAGCATATTTCGTAACAAATTTTAATCCCAATACA	5	102	0
ATGCTCATTTAAACGAAATATTAGTTAATGCAGGAAAT	5	131	1
TATTAGTTAATGCAGGAAATAAAATTAAGTGAGGTTAA	5	149	1
TTATCAGTATACAAGGAAAAACAGGTAATGATACGGAA	5	188	1
GTTTATGATTTACAGCAATTAAAAATAAAGTCAAACAT	5	271	0
          *     ***** *  ***
MAP Score: 8.247

Motif 7
TCATGAAAACATTTTGAATAAAAACATAAAAAAACT	2	30	1
AACTGCCTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGA	3	273	0
TGATACCTAAATTATCATTGAAAAGAAATTACGCAC	4	89	0
TAGCAAAAAAGATTTTAATGAAAAAAGATCGATTAT	2	194	1
GGACGTGGTAGCTAAAAATAAAATAATATGAATAAT	0	39	1
TCAAAGAAATAGAGCGATTAAAAACAGAAATTAAGA	2	251	1
TTTATGATTTACAGCAATTAAAAATAAAGTCAAACA	5	272	0
TATTTGTATAATTTGCAATTAAATATTAACATTTAA	1	179	1
TGGGAATTGTATTGGGATTAAAATTTGTTACGAAAT	5	95	1
ATTAGTTAATGCAGGAAATAAAATTAAGTGAGGTTA	5	150	1
AAAAAAACTTGATATGATTTAAAATTACTTTACAAG	2	57	1
GAGGTTGTTTAAATATATTTAAATGTTAATATTTAA	1	197	0
ATCGAATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTTACT	3	213	1
TTTTAAGCTGTGTGGTAATCAAATGAAACCATCATC	4	28	1
GTTTGACCGCAGTATCAATATAAATATTTATAATTA	0	71	0
AGCAATATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAG	3	101	1
          * *   *** **** *
MAP Score: 8.22875

Motif 8
GTGATTATGTAATATTTTGTAACAAAATATTATTTGTAT	1	149	1
AACATTTTGAATAAAAACATAAAAAAACTTGATATGATT	2	37	1
ACAAGTACAGACTAGGCTATAAAACAACAGGATAGTTTC	2	115	1
GTTTCTCTTAAGAAGCAGGTAAAGAAGAACACAAAGTTG	2	149	1
AAAATAGCAAAAAAGATTTTAATGAAAAAAGATCGATTA	2	190	1
AGATTACTGAATTGTCTATCAAAGAAATAGAGCGATTAA	2	233	1
TCAATTGAGGAATGCAGCTTAACACAAAAAACTACAAAC	3	141	1
  AGGTATTGATTACAAGCTAAAAAAGCAGTGTAGATAT	5	8	1
ATTTAAACGAAATATTAGTTAATGCAGGAAATAAAATTA	5	137	1
AGGTTAATTTATCAGTATACAAGGAAAAACAGGTAATGA	5	180	1
TTACGATTATATTAGATAATAAAGCAATAAATATGTTTG	5	239	1
          *  *     *** **** *
MAP Score: 5.08422

Motif 9
GTGGACGTGGTAGCTAAAAATAAAATAATATGAATAATTATAAA	0	37	1
ATAATATGAATAATTATAAATATTTATATTGATACTGCGGTCAA	0	61	1
TTGTATAATTTGCAATTAAATATTAACATTTAAATATATTTAAA	1	182	1
AGATGGATTGTTCATGAAAACATTTTGAATAAAAACATAAAAAA	2	19	1
AACAGGATAGTTTCTCTTAAGAAGCAGGTAAAGAAGAACACAAA	2	140	1
GAAGAACACAAAGTTGTAAAAATAGCAAAAAAGATTTTAATGAA	2	172	1
CAAAAAAGATTTTAATGAAAAAAGATCGATTATATCAGATTACT	2	197	1
AAAGAAATAGAGCGATTAAAAACAGAAATTAAGAACCTTTTAAA	2	253	1
ATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATCAATTGAGG	3	107	1
GAATGCAGCTTAACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAGACAAC	3	150	1
GCCTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGACAGATTAGCCTT	3	261	0
ATAATTTAGGTATCAACAAATACTCCTAATACTAAATATGTACT	4	110	1
AGGTATTGATTACAAGCTAAAAAAGCAGTGTAGATATATGTCCC	5	10	1
GTTAGTGAAATTCTTGAAAAGATGTAAGAGTTAATAATTATGGG	5	55	1
TTTATCAGTATACAAGGAAAAACAGGTAATGATACGGAAGAACA	5	187	1
TTTACGATTATATTAGATAATAAAGCAATAAATATGTTTGACTT	5	238	1
          **  *  *** *     **    *
MAP Score: 1.74281