AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i TH/TH_fusions008_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944243169 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MTH185 125 conserved protein #1 MTH186 26 unknown #2 MTH187 142 conserved protein #3 MTH189 99 unknown #4 MTH1246 30 NADH dehydrogenase I, subunit N #5 MTH1251 147 conserved protein #6 MTH1252 143 conserved protein #7 MTH1253 135 unknown #8 MTH1667 219 unknown #9 MTH1668 84 conserved protein #10 MTH1669 148 conserved protein #11 MTH1672 41 conserved protein #12 MTH1674 151 conserved protein #13 MTH1708 300 carbon monoxide dehydrogenase, alpha subunit #14 MTH1710 21 carbon monoxide dehydrogenase, alpha subunit #15 MTH1740 86 pyruvate oxidoreductase, gamma subunit Motif 1 CATCATAAAAACCCCCAGCTTCCAAACTATTTTTATCATT 0 76 0 TTTTTATGATGTCTTCATATTCCCTTTTAT 0 105 1 TGAGCTGTTCAACAGCGGGTTCCCCTATTTCAGATAGGAG 2 11 0 CCCCCCTCCTAACAGATTTGTCACTGTCATCAAGGGCCTC 2 53 0 TACCCAGGGCTGCTGCGGCCCCCCTCCTAACAGATTTGTC 2 71 0 GAGATCCCAGAGCAGTTGAACCCCTCATAAAGGCT 2 117 1 GGGTTATTACGGCAGCCTCTTCCCCTTCAAGTGTTTAATC 5 20 1 CAAGTGTTTAATCATCGGATCCCCTATTTTATTACGATTT 5 47 1 ACAGCATCAAAACCCTGGAATCCCAGAAATTTAACCTCAA 6 72 0 ACATGAGCGTATCAGAATGATTCCATTTATAAG 7 3 0 CGTAATAGCCATCAGAATGTCCCCTGGAAACTGGGGATAT 8 32 1 GGATTATATTTCCAGGAGATTCCTTGATATCCCCAGTTTC 8 58 0 GAATGTCTGTGTCCCGATTGTCCCAGCTATCCTGATC 8 192 1 AAAGGTAGTAAACATATGAATCCTAATTAATATGGATCCC 12 90 1 ATTATTACTAATCTTCGGTTTCCCTTATATTGTGGTAATA 13 55 1 ACCATTATACACCCTGAGACCCCCGGCAATGGTCATCCCT 13 110 0 TCCTCCGCCTATCTGGCACATCCCCACCATTTATTAAAAA 13 155 1 * * * * **** ** MAP Score: 16.9978 Motif 2 TTGGAAGCTGGGGGTTTTTATGATGTCTTCATA 0 91 1 ATAAAAGGGAATATGAAGACATCATAAAA 0 106 0 CTCATATGGGATGTCCTGATATCTGA 1 6 1 GGGTAACATTGGAGATCCCAGAGCAGTTGAACC 2 106 1 ATGGGGTGAAGGGTTTACCATGGCCGGACCTTC 3 24 1 AGGACTCATGGGGTTATTACGGCAGCCTCTTC 5 9 1 TAATAAAATAGGGGATCCGATGATTAAACACTT 5 48 0 GTTAAATTTCTGGGATTCCAGGGTTTTGATGCT 6 77 1 GCCCTGGAGACTTAAAGGGCTTCGTAAT 8 5 1 CCAGTTTCCAGGGGACATTCTGATGGCTATTAC 8 33 0 CCTGGAAACTGGGGATATCAAGGAATCTCCTGG 8 54 1 GTTTATTGTTGTGGTTTTTATGGAGCCGAATCT 9 16 0 GACCATTGCCGGGGGTCTCAGGGTGTATAATGG 13 116 1 AATAAATGGTGGGGATGTGCCAGATAGGCGGAG 13 157 0 ****** * * ** MAP Score: 15.8139 Motif 3 ATAAAAGGGAATATGAAGACATC 0 112 0 CTCCTATCTGAAATAGGGGAACCCGCTGTTGA 2 11 1 GGGGTTACTGAAAGATGGAAGGAAATGACCTC 3 77 0 TAAAATGAGGAATCTAACAGGTGA 4 2 1 AATCGTAATAAAATAGGGGATCCGATGATTAA 5 54 0 TTGGTACTAAAGAGAAGGGAGCTATAAA 5 129 1 CTTATAAATGGAATCATTCTGATAC 7 3 1 CTATAGATATTAATATGGGATAAGTTATAAGT 7 56 1 AAACTGGGGATATCAAGGAATCTCCTGGAAAT 8 59 1 CTAACTCTGTAAAAAAGGAAACCACTTTAACC 8 102 1 ATATAAACAGAAAAACGGAATGTCTGTGTCCC 8 175 1 AATCAGGAGTATATACGGGAAGTTTATTGTTG 9 38 0 TTGAGTCAGAAATAACGGGATCCATATTAATT 12 114 0 ATTACCACAATATAAGGGAAACCGAAGATTAG 13 62 0 ATGTTTTTAATTTTATGGAATCTATATATAAA 13 233 0 *** * ****** MAP Score: 12.1981 Motif 4 AATAGTTTGGAAGCTGGGGGTTTTTATGATG 0 85 1 CTCCTATCTGAAATAGGGGAACCCGCTGTTG 2 11 1 ACAAATCTGTTAGGAGGGGGGCCGCAGCAGC 2 72 1 GATTAAACACTTGAAGGGGAAGAGGCTGCCG 5 29 0 AATCGTAATAAAATAGGGGATCCGATGATTA 5 55 0 TGTCCCCTGGAAACTGGGGATATCAAGGAAT 8 49 1 TTTACAGAGTTAGAAGGGGATTATATTTCCA 8 84 0 GTTATTTTTCAAGCTGGAGGATTTCAA 10 131 1 AGGTATATATAAGTAGGTGGTGTTTTC 12 6 0 GGGATGACCATTGCCGGGGGTCTCAGGGTGT 13 111 1 ATGTGCCAGATAGGCGGAGGATTATTACCAT 13 145 0 TTTTTAATAAATGGTGGGGATGTGCCAGATA 13 164 0 TCAGGATAATGGAGGAATTCA 14 5 1 TCAACTAAAATTAATGGGGGTAACGAA 15 6 0 TTAACAATGAGAAATGGAGGTAAACT 15 70 1 *** ******* MAP Score: 11.0566 Motif 5 AAAAATAGTTTGGAAGCTGGGGGTTTTTATGATGTCTTCAT 0 82 1 GCTCCTATCTGAAATAGGGGAACCCGCTGTTGAACAGCT 2 8 1 AGATTTGTCACTGTCATCAAGGGCCTCAATGAGCTGTTCAA 2 39 0 AGTGACAAATCTGTTAGGAGGGGGGCCGCAGCAGCCCTGGG 2 68 1 CAGCAGCCCTGGGTAACATTGGAGATCCCAGAGCAGTTGAA 2 96 1 TTCAGTGTGATGGGGTGAAGGGTTTACCATGGCCGGACCTT 3 15 1 AGGACTCATGGGGTTATTACGGCAGCCTCTTCCCCTTCAAG 5 10 1 GTTAAATTTCTGGGATTCCAGGGTTTTGATGCTGTATTCTG 6 77 1 ATGCTGTATTCTGACTTGAGGTTAATTGATGCCTGCGGAGG 6 105 1 CGTATACCTGCGGCAGGTGGGACATACACTTATAACTTATC 7 74 0 TTGATATCCCCAGTTTCCAGGGGACATTCTGATGGCTATTA 8 34 0 CTGGAAACTGGGGATATCAAGGAATCTCCTGGAAATATAAT 8 55 1 CCTTCTAACTCTGTAAAAAAGGAAACCACTTTAACCAGTAT 8 98 1 AACAGAAAAACGGAATGTCTGTGTCCCGATTGTCCCAGCTA 8 180 1 ATATCGCACCCTGAGCGGAGGGATGACCATTGCCGGGGGTC 13 92 1 ACCATTGCCGGGGGTCTCAGGGTGTATAATGGTAATAATCC 13 117 1 *** *** * *** MAP Score: 9.73929 Motif 6 TAATATTTTAAGGCTGTAATGATAAAAATAGTT 0 59 1 TGGAAGCTGGGGGTTTTTATGATGTCTTCATAT 0 92 1 CTCATATGGGATGTCCTGATATCTGA 1 7 1 GTTCAACAGCGGGTTCCCCTATTTCAGATAGGA 2 12 0 CCTTTATGAGGGGTTCAACTGCTCTGGGATCTC 2 117 0 TCAGTGTGATGGGGTGAAGGGTTTACCATGGCC 3 16 1 GAAGGGGAAGAGGCTGCCGTAATAACCCCATGA 5 15 0 AATAAAATAGGGGATCCGATGATTAAACACTTG 5 47 0 TCATTGGCGCCGGCCTTACTGGTGAGCAACATC 6 37 0 TTAAATTTCTGGGATTCCAGGGTTTTGATGCTG 6 78 1 CAGTTTCCAGGGGACATTCTGATGGCTATTACG 8 32 0 CCGATTGTCCCAGCTATCCTGATC 8 205 1 AACTGCATACCGGGTATGCTGATCATCAAATTT 10 101 0 TATAATATAAAGGTTGAAGTGATTATTACTAAT 13 34 1 TACTAATCTTCGGTTTCCCTTATATTGTGGTAA 13 60 1 ACCATTGCCGGGGGTCTCAGGGTGTATAATGGT 13 117 1 ATTGTCAATCGGGATTTAGTAATACTG 13 283 1 *** * * ***** MAP Score: 7.49216 Motif 7 TTTATATAGAAAACTTTATATTATCATAAAT 5 84 1 TTTAATACGAAAATTGTTTATCATATGAGTT 10 12 0 ATCTTATTTAAAATTTTATAAAGGGGCCAGT 10 42 0 AGGTATAGGAAAAATTTTTATAAAGGTAGTA 12 69 1 CACTATATCAAACATTCATATAATATAAAGG 13 16 1 TAATCACTTCAACCTTTATATTATATGAATG 13 28 0 GACAATGCACAAAGTTTATATATAGATTCCA 13 219 1 TTAGTTGACCAACATGTATATATATTAAAAA 15 29 1 ATATATATTAAAAATTTATAATGATTAACAA 15 46 1 *** ******* MAP Score: 6.67798 Motif 8 TCATAAAAACCCCCAGCTTCCAAACTATTTTTATCATTAC 0 74 0 AATAGGGGAACCCGCTGTTGAACAGCTCATTGAGGCCCTT 2 22 1 CTCATTGAGGCCCTTGATGACAGTGACAAATCTGTTAGGA 2 47 1 GCCGCAGCAGCCCTGGGTAACATTGGAGATCCCAGAGCAG 2 92 1 AATAGGGGATCCGATGATTAAACACTTGAAGGGGAAGAGG 5 35 0 TCCTTGATATCCCCAGTTTCCAGGGGACATTCTGATGGCT 8 38 0 GAAATATAATCCCCTTCTAACTCTGTAAAAAAGGAAACCA 8 86 1 TTAAACTGGCCCCTTTATAAAATTTTAAATAAGATTAGGC 10 38 1 TAATATGGATCCCGTTATTTCTGACTCAAACAGAAGGTGA 12 117 1 ATGACCATTGCCGGGGGTCTCAGGGTGTATAATGGTAATA 13 114 1 AGTTTACCTCCATTTCTCATTGTTAATCATTATAAAT 15 59 0 *** * * ** * ** MAP Score: 5.52237 Motif 9 TGGGATAATATTTTAAGGCTGTAATGATAAAAATAGTTT 0 54 1 AAGCTGGGGGTTTTTATGATGTCTTCATATTCCCTTTTA 0 95 1 CTCATATGGGATGTCCTGATATCTGA 1 2 1 GGATCCCCTATTTTATTACGATTTATATAGAAAACTTTA 5 63 1 CTCATGTTTTTATTACAGCACTATAGATATTAATATGGG 7 36 1 GCCCTGGAGACTTAAAGGGCTTCGTAATAGCCATCAGAA 8 10 1 AGGAAACCACTTTAACCAGTATCCACATATTAGGTTACA 8 117 1 AAACTGGCCCCTTTATAAAATTTTAAATAAGATTAGGCA 10 40 1 TGATGATCAGCATACCCGGTATGCAGTTATTTTTCAAGC 10 106 1 CCTACTTATATATACCTGATCTCAAATTATATTTGGATA 12 20 1 AAATTTTTCCTATACCTGCCATAAATATATCCAAATATA 12 47 0 GAAAAATTTTTATAAAGGTAGTAAACATATGAATCCTAA 12 77 1 TCCAATCACTATATCAAACATTCATATAATATAAAGGT 13 9 1 TGTTTTTAATTTTATGGAATCTATATATAAACTTTGTGC 13 225 0 **** * * * *** MAP Score: 5.232 Motif 10 GCATGGGATAATATTTTAAGGCTGTAATGATAAAAAT 0 51 1 ATAAAAGGGAATATGAAGACATCATAAAAACCCCCAG 0 98 0 AAAGTTTTCTATATAAATCGTAATAAAATAGGGGATC 5 64 0 AGCACTATAGATATTAATATGGGATAAGTTATAAGTG 7 52 1 TCTCCTGGAAATATAATCCCCTTCTAACTCTGTAAAA 8 79 1 GGTAGTAAACATATGAATCCTAATTAATATGGATCCC 12 93 1 TCCAATCACTATATCAAACATTCATATAATATAAAGG 13 10 1 TCAGGGTGCGATATTACCACAATATAAGGGAAACCGA 13 69 0 CACAAAGTTTATATATAGATTCCATAAAATTAAAAAC 13 226 1 AAAAACATCATTATAAATCATTAATAATTGTCAATCG 13 257 1 ACATGTATATATATTAAAAATTTATAATGATTAACAA 15 40 1 **** ** * *** MAP Score: 4.66631 Motif 11 TATGTTTACTACCTTTATAAAAATTTTTCCTATAC 12 71 0 AATTAAAAACATCATTATAAATCATTAATAATTGT 13 253 1 CTCATTGTTAATCATTATAAATTTTTAATATATAT 15 46 0 AGCAGTTGAACCCCTCATAAAGGCT 2 127 1 TTAAACTGGCCCCTTTATAAAATTTTAAATAAGAT 10 38 1 TTCTATATAAATCGTAATAAAATAGGGGATCCGAT 5 60 0 GAGGATTATTACCATTATACACCCTGAGACCCCCG 13 125 0 TTCGTTACCCCCATTAATTTTAGTTGACCAA 15 6 1 AAACATATGAATCCTAATTAATATGGATCCCGTTA 12 99 1 GTGCGATATTACCACAATATAAGGGAAACCGAAGA 13 66 0 AAAACTTTATATTATCATAAATAATCATGTTAATT 5 93 1 AATCACTTCAACCTTTATATTATATGAATGTTTGA 13 23 0 CCATAAATATATCCAAATATAATTTGAGATCAGGT 12 33 0 ATTTTATGGAATCTATATATAAACTTTGTGCATTG 13 221 0 *** * ***** * MAP Score: 4.09339 Motif 12 TTCTATATAAATCGTAATAAAATAGGGGATCCGATGA 5 58 0 AAAACTTTATATTATCATAAATAATCATGTTAATTAT 5 93 1 TTACAGCACTATAGATATTAATATGGGATAAGTTATA 7 48 1 TATACTCCTGATTCTGATCAATCATAGTGGTGTCTCC 9 57 1 TAAACTCATATGATAAACAATTTTCGTATTAAACTG 10 9 1 AAACATATGAATCCTAATTAATATGGATCCCGTTATT 12 99 1 GGTTGAAGTGATTATTACTAATCTTCGGTTTCCCTTA 13 45 1 GACATGGACCTTTTTAATAAATGGTGGGGATGTGCCA 13 168 0 AATTAAAAACATCATTATAAATCATTAATAATTGTCA 13 253 1 TAAATCATTAATAATTGTCAATCGGGATTTAGTAATA 13 270 1 CTCATTGTTAATCATTATAAATTTTTAATATATATAC 15 44 0 ** * ** *** * * MAP Score: 2.68593 Motif 13 AAAAATAGTTTGGAAGCTGGGGGTTTTTATGATGTC 0 82 1 CTCATATGGGATGTCCTGATATCTGA 1 6 1 ATGAGGAATCTAACAGGTGAGGAATT 4 14 1 AGGACTCATGGGGTTATTACGGCAGCC 5 1 1 GTTAAATTTCTGGGATTCCAGGGTTTTGATGCTGTA 6 77 1 TGAGGTTAATTGATGCCTGCGGAGGTTTATAA 6 121 1 GCAGGTATACGGATTTTTCCGGAAGTGGGCCAGCAA 7 104 1 GAATGTCCCCTGGAAACTGGGGATATCAAGGAATCT 8 46 1 GGGATATCAAGGAATCTCCTGGAAATATAATCCCCT 8 65 1 TACGGGAAGTTTATTGTTGTGGTTTTTATGGAGCCG 9 21 0 GACCATTGCCGGGGGTCTCAGGGTGTATAATGGTAA 13 116 1 ACCTTTTTAATAAATGGTGGGGATGTGCCAGATAGG 13 162 0 TCATTAATAATTGTCAATCGGGATTTAGTAATACTG 13 274 1 TCAGGATAATGGAGGAATTCA 14 3 1 *** ** **** * MAP Score: 1.15965 Motif 14 TCCTCTTGAAGTGTTCTCATGAAGCTGAATGATCTGCATGGGA 0 16 1 TAATATTTTAAGGCTGTAATGATAAAAATAGTTTGGAAGCTGG 0 59 1 TTATATAGAAAACTTTATATTATCATAAATAATCATGTTAATT 5 85 1 TTGATGCTGTATTCTGACTTGAGGTTAATTGATGCCTGCGGAG 6 102 1 AACTTCCCGTATATACTCCTGATTCTGATCAATCATAGTGGTG 9 46 1 TAAACTCATATGATAAACAATTTTCGTATTAAAC 10 1 1 CCACCTACTTATATATACCTGATCTCAAATTATATTTGGATAT 12 17 1 TATAATATAAAGGTTGAAGTGATTATTACTAATCTTCGGTTTC 13 34 1 CCCGATTGACAATTATTAATGATTTATAATGATGTTTTTAATT 13 253 0 TACCCCCATTAATTTTAGTTGACCAACATGTATATATATTAAA 15 15 1 ATATATTAAAAATTTATAATGATTAACAATGAGAAATGGAGGT 15 48 1 * ** * *** * ** MAP Score: 0.333549 Motif 15 TTTCTATATAAATCGTAATAAAATAGGGGATC 5 64 0 CATGTTAATTATTGGTACTAAAGAGAAGGGAG 5 118 1 TTACAGCACTATAGATATTAATATGGGATAAG 7 48 1 GATAAACAATTTTCGTATTAAACTGGCCCCTT 10 21 1 AAATTTTTATAAAGGTAGTAAACATATGAATC 12 80 1 GAAACCGAAGATTAGTAATAATCACTTCAACC 13 45 0 CAGGGTGTATAATGGTAATAATCCTCCGCCTA 13 134 1 ACCAACATGTATATATATTAAAAATTTATAAT 15 36 1 *** *** **** MAP Score: 0.145785