AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_fusions012_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944243289
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH235	93	riboflavin-specific deaminase
#1	MTH237	158	magnesium chelatase subunit
#2	MTH318	82	cobalamin biosynthesis protein N
#3	MTH319	93	unknown
#4	MTH320	300	unknown
#5	MTH512	240	unknown
#6	MTH513	138	unknown
#7	MTH514	113	cobalamin biosynthesis protein N
#8	MTH515	50	unknown

Motif 1
ATTCCACATTAATTTATAGGATGACATCTATAA	0	49	1
AAAAACTATTATTTTATGGGTGGCCCTGATCCA	1	10	1
 GGCTCGAAGAATTCACAGGCAGAAGCCTCACA	4	9	1
GGTTCACTCTATTTTATGTGAGGCTTCTGCCTG	4	25	0
CCAACAGGCCATTTAATGGGATTATGCAACGTG	4	56	1
ATTTTCAATAATCTCAGGGGAGGCTACCGGCCA	5	69	0
ATTATGAAGAATTTAATAGGCTGATGAATTCAA	5	125	1
TCATACTCAGACTATAAGGGCTGTGCATCTATA	5	200	1
TGCATCTATAATTTCAGAGGTGATGTT      	5	223	1
ATTCAGCTTTACTTTAAGGGAGGCAGTATTTAA	6	66	0
AGCTGAATAAAATTAAAGGGAGGTGAAATTATC	6	91	1
          * ** * ******
MAP Score: 14.1396

Motif 2
      AAAAACTATTATTTTATGGGTGGCCC	1	4	1
TAGCTGTTAGAATGTAATACCTGGGTGTTCTG	1	54	0
AGTATGAACAACTTTAAAAATTAGCTGTTAGA	1	75	0
AGTTGTTCATACTTTTAATCTTTTAATTAAGA	1	94	1
GAGTGCCCGATATTTAAATCTTAATTAAAAGA	1	112	0
AATATCGGGCACTCTAAATTCTTTACGATTTT	1	130	1
AAAAAGGAGGTATATAAATCTTGTTAACAATT	2	12	0
TTTAAGTTTTACTTGAAATATTTTAAAATAAA	2	42	1
    CCCATAAATGTTATTCTATGGTTTCCAT	5	6	1
GTTTCCATCCACTTTTATAGTTTTTCCATTGA	5	30	1
TAATAACTTTAATTTTAATGTTAATGTATTTT	5	97	0
AAAATTATTGAATATAAATTTTTTTATTGAAT	5	152	0
TATATTCAATAATTTTAATGTACATTATTATG	5	168	1
TCACCCAGTTAATATAAATTTTACCTTATAAT	6	20	1
TTTAAAGTTAACTTTAATTATTATAAGGTAAA	6	39	0
ATTAAAGTTAACTTTAAATACTGCCTCCCTTA	6	53	1
          *** ***** **
MAP Score: 13.7031

Motif 3
GACTTAAAATTCCACATTAATTTATAGGATGAC	0	41	1
ATGAACAACTTTAAAAATTAGCTGTTAGAATGT	1	71	0
AATCTTTTAATTAAGATTTAAATATCGGGCACT	1	110	1
TTTAAAATATTTCAAGTAAAACTTAAAAAAGGA	2	36	0
TTGAAATATTTTAAAATAAACCTGAAAAAGGTG	2	54	1
ACTGAAATGATTCAGATTAATCTACTCAGAGCA	4	269	1
AACTTTAATTTTAATGTTAATGTATTTTCAATA	5	92	0
TATTAAATTCTTCATAATAACTTTAATTTTAAT	5	110	0
GCTGATGAATTCAATAAAAAAATTTATATTCAA	5	144	1
CATCACCCAGTTAATATAAATTTTACCTTATAA	6	18	1
CTTATAATAATTAAAGTTAACTTTAAATACTGC	6	44	1
ACTGCCTCCCTTAAAGTAAAGCTGAATAAAATT	6	72	1
          **** *****  *
MAP Score: 9.61748

Motif 4
AAACTATTATTTTATGGGTGGCCCTGATCCATCCGAGCTTTCCAGAA	1	12	1
CCATCCGAGCTTTCCAGAACACCCAGGTATTACATTCTAACAGCTAA	1	40	1
TTTTTTCTAATTCCGTGGACACAGCGCAGGAGGGATGCCTCTTT   	3	7	0
TTCTTATGGGTCGTTGTTATCCCCTGGACTAGCCCACTTCAGCTGTT	3	55	0
        GGCTCGAAGAATTCACAGGCAGAAGCCTCACATAAAATA	4	2	1
ATTCTTATCTTTCATGGATATCCCTGATTTTCGCGTCGGGTACTCCT	4	141	1
    ACCTCCTCGGAGGGACACCCGGCAATGACACCCCCGGTACCAT	7	6	1
       GTTCTCCAGGTTCTCCCTGGCAGCTGTTCCTGATGCAAGG	7	83	0
   GTGACCGCTTCAGGGCATCCGGGGGCTATGAGGCCACTGCAACA	8	7	1
          **   **    *** *      *   *
MAP Score: 4.65211

Motif 5
ATACATTAACATTAAAATTAAAGTTATTAT	5	100	1
AATAATGTACATTAAAATTATTGAATATAA	5	167	0
CCTTATAATAATTAAAGTTAACTTTAAATA	6	43	1
AGTAAAGCTGAATAAAATTAAAGGGAGGTG	6	86	1
          **********
MAP Score: 1.83989

Motif 6
TGATCCATCCGAGCTTTCCAGAACACCCAGG	1	36	1
CCCTGGACTAGCCCACTTCAGCTGTTTTTTT	3	50	0
TAAAACTCTGGACCTCTCCAGTCTCCTCACT	4	241	1
        GTGACCGCTTCAGGGCATCCGGG	8	2	1
          **** ******
MAP Score: 1.55189

Motif 7
AAAACTATTATTTTATGGGTGGCCCTGATCCATCCGAGCTTT	1	11	1
TCCATCCGAGCTTTCCAGAACACCCAGGTATTACATTCTAAC	1	39	1
GATTCTTATCTTTCATGGATATCCCTGATTTTCGCGTCGGGT	4	140	1
CCCTGATTTTCGCGTCGGGTACTCCTGAGCGAAGGATCGACT	4	162	1
AATAACTGCTCTGAGTAGATTAATCTGAATCATTTCAGTGAG	4	266	0
TTTCAATAATCTCAGGGGAGGCTACCGGCCATGAGAATTCAA	5	58	0
      ACCTCCTCGGAGGGACACCCGGCAATGACACCCCCG	7	4	1
TCAGGAACAGCTGCCAGGGAGAACCTGGAGAAC         	7	90	1
     GTGACCGCTTCAGGGCATCCGGGGGCTATGAGGCCAC	8	5	1
          **    ***    ** **   *
MAP Score: 1.00725

Motif 8
CGGGCACTCTAAATTCTTTACGATTTTACA	1	135	1
TTCTGCCTGTGAATTCTTCGAGCC      	4	4	0
ATCGACTCATAAATTCTCCAATTCTATCAT	4	197	1
TAAAACTCTGGACCTCTCCAGTCTCCTCAC	4	241	1
TCAGCCTATTAAATTCTTCATAATAACTTT	5	119	0
TTTTTTTATTGAATTCATCAGCCTATTAAA	5	136	0
        GTGACCGCTTCAGGGCATCCGG	8	2	1
          **********
MAP Score: 0.371907