AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_fusions013_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944243319
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH829	61	3-isopropylmalate dehydratase, LeuD subunit 
#1	MTH831	25	molybdenum cofactor biosynthesis MoaA homolog
#2	MTH1386	300	3-isopropylmalate dehydratase, LeuD subunit
#3	MTH1628	220	unknown
#4	MTH1629	90	conserved protein
#5	MTH1630	191	2-isopropylmalate synthase

Motif 1
TAAGTTATTACTATATATTTAAATCTTATTATCA	2	77	1
CCGGCCCTATAAATACTTTGATAATAAGATTTAA	2	95	0
TGAATTTTACATCTATATTTTCACCCGGCCCTAT	2	119	0
TTAAACCTACATATAAATTTAAATGCACCTATAT	3	30	1
ATTTAAATGCACCTATATTAATATTGACGTAAAA	3	46	1
TATTCATAATAACTAGTTTTTTACGTCAATATTA	3	64	0
TGATAGGCCGCAATAATTTTTCAATTGAGGAATG	3	125	0
CCTATCATCAAACTCTTTTCATATTTTAAGCACC	3	152	1
CACCATCCTTAAATAATTTAACATACTTAATGAA	3	182	1
GGTATGTGCACTCTACTTTATGATTATGTCTGTG	4	41	1
GATGGTCCTCAGATATTTTCAAATTCACTGATGC	5	14	1
ATACTAATATATCTAATTTTAAATAAATGCCAAG	5	132	1
          * *** *** * **
MAP Score: 9.99132

Motif 2
ACGGGGCGTGATATTATTAATCAAGTGAGGGACC   	2	7	0
TAGTAATAACTTATTAGTTTTCAGGAGCTCACCAAGT	2	53	0
AACTAATAAGTTATTACTATATATTTAAATCTTATTA	2	71	1
ATATATTTAAATCTTATTATCAAAGTATTTATAGGGC	2	89	1
TCAGACGAGTTTTTCAGTATGAAGGCGAAAGACAGTT	2	150	1
ATATAGGTGCATTTAAATTTATATGTAGGTTTAACTT	3	27	0
AAATGCACCTATATTAATATTGACGTAAAAAACTAGT	3	50	1
AAACTAGTTATTATGAATAATAACGCGGTTAATATTC	3	79	1
CATCAAACTCTTTTCATATTTTAAGCACCATCCTTAA	3	157	1
GCACTCTACTTTATGATTATGTCTGTGTTAGAGCACT	4	48	1
GCATCAGTGAATTTGAAAATATCTGAGGACCATCAGC	5	11	0
AAAATTAGATATATTAGTATAAAAGGTTTGAGAGTGC	5	115	0
ATACTAATATATCTAATTTTAAATAAATGCCAAGTAT	5	132	1
          ** * * ***  * * *
MAP Score: 9.62783

Motif 3
GGTGAGCTCCTGAAAACTAATAAGTTATTA	2	57	1
ATAAATACTTTGATAATAAGATTTAAATAT	2	91	0
TAGGGCCGGGTGAAAATATAGATGTAAAAT	2	120	1
AGTTATCCAGTGAACATATGGGGACATCAG	2	183	1
GGGCAGTCTGTGAAAATTAGAGCCTCTTTA	2	218	0
CTAGTTATTATGAATAATAACGCGGTTAAT	3	82	1
TGATAAACGCTGAATATTAACCGCGTTATT	3	97	0
ATTCCTCAATTGAAAAATTATTGCGGCCTA	3	126	1
AGGATGGTGCTTAAAATATGAAAAGAGTTT	3	161	0
TCAGTGAATTTGAAAATATCTGAGGACCAT	5	15	0
TGGCATTTATTTAAAATTAGATATATTAGT	5	134	0
TTTATTAAAATGAATACTTGGCATTTATTT	5	152	0
          **********
MAP Score: 6.09806

Motif 4
 GGTCCCTCACTTGATTAATAATATCACGCC	2	9	1
CCTATAAATACTTTGATAATAAGATTTAAAT	2	93	0
TTAAATGCACCTATATTAATATTGACGTAAA	3	48	1
AAGCACCATCCTTAAATAATTTAACATACTT	3	179	1
ATTTAACATACTTAATGAATAGAGGGGGATG	3	197	1
GTGCACTCTACTTTATGATTATGTCTGTGTT	4	46	1
CACCTTAATGCTTTATTAAAATGAATACTTG	5	162	0
          *** *******
MAP Score: 2.87779

Motif 5
GATGTTTTTCATGGACCAGATAGAACACCAGTA	0	27	1
CAAAGTATTTATAGGGCCGGGTGAAAATATAGA	2	109	1
GTTTTTCAGTATGAAGGCGAAAGACAGTTATCC	2	158	1
CAAGTGGTCCATGGGGCAGTCTGTGAAAATTAG	2	228	0
TGAAGGGTTCATAAAGGTTCCAGCAAGTGGTCC	2	251	0
TACTTAATGAATAGAGGGGGATGAA        	3	205	1
TGAAACTGTTTTAGAGCATCCAGGTATGTGCAC	4	19	1
AGACATAATCATAAAGTAGAGTGCACATACCTG	4	39	0
ATTCATTTTAATAAAGCATTAAGGTGGTAATCC	5	167	1
          ******* *  **
MAP Score: 2.83249