AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_fusions018_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944243408
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH225	300	histidinol dehydrogenase
#1	MTH226	93	aspartyl-tRNA synthetase
#2	MTH1348	139	precorrin-2 methyltransferase
#3	MTH1403	78	precorrin-3 methylase
#4	MTH1404	82	unknown
#5	MTH1409	96	cobalamin biosynthesis protein B

Motif 1
GGTCCATTAGATGCCCCCTAATCCAAATTAA	0	65	1
ATGATCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAA	0	229	1
TTATGGAGCCATTCCCTTTTAAGAATTTAGG	0	245	0
AAAACTAACCATTCGCCCTAACTTTTTCACT	0	274	1
GACCTTAAATATTCACTTTAAACTGTTAGAG	1	63	1
      TCAAATCACCTCTAACAGTTTAAAG	1	78	0
TATATAGTTCCACCCCCTTAAATAGGTCC  	2	8	0
       TAGAACACCTTTAATAACTCTGTA	2	125	0
GACTTGATTAAATCCCTCTAAGAAGGACACT	3	38	0
  GAAGCCACCAACCGCCTAAGACTTGATTA	3	59	0
TAATCCTTCACTGCCCTGTAAGGTGGTTTTT	4	12	1
          ** ********
MAP Score: 12.0162

Motif 2
TAATGGACCAAAATTTTTAAATAATAAGTTTAA	0	41	0
CTACCATTTGCAATTTTTATATTAATCTGTGGT	0	102	0
AACCATCAACCAATGTTTAAGTGAAAGCATATA	0	157	1
GCATATAAATAAATGTTTATATTACTGGAATTC	0	183	1
GGAATTCTTCAAATTATTAAATGATCCGGTGTG	0	209	1
TGTGCCCCCTAAATTCTTAAAAGGGAATGGCTC	0	238	1
TATTCACTTTAAACTGTTAGAGGTGATTTGA  	1	72	1
GGGATTTAATCAAGTCTTAGGCGGTTGGTGGCT	3	53	1
TCTAATTCAGAAAGTTTTAAAATGTGTGTGCAG	4	47	1
ATATAGATAAAAATTATTACATGTCTCAGATAT	5	44	1
          ***** *** * *
MAP Score: 11.1281

Motif 3
GTTTAATACACACTTATAAGGAGACTGAGG	0	17	0
TTTAAATAATAAGTTTAATACACACTTATA	0	29	0
GGAATGACCACAGATTAATATAAAAATTGC	0	96	1
TATATGCTTTCACTTAAACATTGGTTGATG	0	160	0
TGAAGAATTCCAGTAATATAAACATTTATT	0	190	0
TGGAGCCATTCCCTTTTAAGAATTTAGGGG	0	243	0
      CCTCCAGTGAAAAAGTTAGGGCGA	0	286	0
TTCATCAGAGACCTTAAATATTCACTTTAA	1	54	1
TCACCTCTAACAGTTTAAAGTGAATATTTA	1	68	0
TAGTTCCACCCCCTTAAATAGGTCC     	2	5	0
GCACTCTCTAAACTTATATAGTTCCACCCC	2	23	0
TAGAGAGTGCCACAGAAAAATAATGATAAT	2	43	1
    TAGAACACCTTTAATAACTCTGTAGA	2	123	0
CTAATTCAGAAAGTTTTAAAATGTGTGTGC	4	48	1
AATGTGTGTGCAGTAAAATATTTTA     	4	67	1
TTACATGTCTCAGATATATAACAGAGCACA	5	60	1
TAACAGAGCACAGTTAAAAGAGGAGTAC  	5	78	1
          **********
MAP Score: 8.91974

Motif 4
   TTACCAGCCTCAGTCTCCTTATAAGTGTGTATTAAACTTA	0	7	1
TAAGGAATGACCACAGATTAATATAAAAATTGCAAATGGTAGT	0	93	1
AAGGGAATGGCTCCATAAAACTAACCATTCGCCCTAACTTTTT	0	258	1
TATCAGAGTTCAGCAGATTAATCTGCCTTCATCAA        	1	2	0
TGCATGGTTTCATCAGAGACCTTAAATATTCACTTTAAACTGT	1	46	1
ATCATCATGTCTACAGAGTTATTAAAGGTGTTCTA        	2	114	1
CTGTCATTTGCGACAGCTTCATGATCAGTGTCCTTCTTAGAGG	3	12	1
     GAAGCCACCAACCGCCTAAGACTTGATTAAATCCCTCT	3	50	0
   TTTAATCCTTCACTGCCCTGTAAGGTGGTTTTTAACATCT	4	7	1
AAATATTTTACTGCACACACATTTTAAAACTTTCTGAATTAGA	4	47	0
          *  **    *** * *  *   *
MAP Score: 8.19205

Motif 5
AAACCATGCATTATCAGAGTTCAGCAGATTAATCTGCCTTCAT	1	13	0
AATGTTTATATTACTGGAATTCTTCAAATTATTAAATGATCCG	0	194	1
CTTTTAAGAATTTAGGGGGCACACCGGATCATTTAATAATTTG	0	218	0
CAACCAATGTTTAAGTGAAAGCATATAAATAAATGTTTATATT	0	163	1
CTCTCTAAACTTATATAGTTCCACCCCCTTAAATAGGTCC   	2	7	0
ACTATATAAGTTTAGAGAGTGCCACAGAAAAATAATGATAATA	2	31	1
          TTACCAGCCTCAGTCTCCTTATAAGTGTGTATT	0	0	1
  TAAAATATTTTACTGCACACACATTTTAAAACTTTCTGAAT	4	51	0
CTAATCCAAATTAAGGAATGACCACAGATTAATATAAAAATTG	0	82	1
CCCTAAATTCTTAAAAGGGAATGGCTCCATAAAACTAACCATT	0	244	1
AAAAACCACCTTACAGGGCAGTGAAGGATTAAA          	4	0	0
CTGTGCTCTGTTATATATCTGAGACATGTAATAATTTTTATCT	5	48	0
TTAATTTGGATTAGGGGGCATCTAATGGACCAAAATTTTTAAA	0	53	0
          ***   *    *  *   * ***
MAP Score: 3.8963

Motif 6
TCCATTAGATGCCCCCTAATCCAAATTAAG	0	67	1
GATCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAAG	0	231	1
AAAGGGAATGGCTCCATAAAACTAACCATT	0	257	1
GATTAATCTGCCTTCATCAA          	1	0	0
TATAGTTCCACCCCCTTAAATAGGTCC   	2	7	0
ATTTGCGACAGCTTCATGATCAGTGTCCTT	3	17	1
TGATCAGTGTCCTTCTTAGAGGGATTTAAT	3	33	1
TAACTATCTCCCTTCATGAATATATAGATA	5	23	1
          **********
MAP Score: 3.52077

Motif 7
TTACAGGGCAGTGAAGGATTAAA        	4	2	0
       TTGATGAAGGCAGATTAATCTGCT	1	3	1
CTATATATTCATGAAGGGAGATAGTTATAGC	5	19	0
GATATTTCCAGAGAAGGATGACCAGACCATC	2	86	1
CAATGTTTAAGTGAAAGCATATAAATAAATG	0	167	1
AAAAGTTAGGGCGAATGGTTAGTTTTATGGA	0	269	0
ACAGTTTAAAGTGAATATTTAAGGTCTCTGA	1	58	0
          ******* ***
MAP Score: 2.94688