AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_fusions018_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944243418
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH225	300	histidinol dehydrogenase
#1	MTH226	93	aspartyl-tRNA synthetase
#2	MTH1348	139	precorrin-2 methyltransferase
#3	MTH1403	78	precorrin-3 methylase
#4	MTH1404	82	unknown
#5	MTH1409	96	cobalamin biosynthesis protein B

Motif 1
GGTCCATTAGATGCCCCCTAATCCAAATTAA	0	65	1
ATGATCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAA	0	229	1
TTATGGAGCCATTCCCTTTTAAGAATTTAGG	0	245	0
AAAACTAACCATTCGCCCTAACTTTTTCACT	0	274	1
GACCTTAAATATTCACTTTAAACTGTTAGAG	1	63	1
      TCAAATCACCTCTAACAGTTTAAAG	1	78	0
TATATAGTTCCACCCCCTTAAATAGGTCC  	2	8	0
       TAGAACACCTTTAATAACTCTGTA	2	125	0
GACTTGATTAAATCCCTCTAAGAAGGACACT	3	38	0
  GAAGCCACCAACCGCCTAAGACTTGATTA	3	59	0
TAATCCTTCACTGCCCTGTAAGGTGGTTTTT	4	12	1
          ** ********
MAP Score: 12.0162

Motif 2
TAATGGACCAAAATTTTTAAATAATAAGTTTAA	0	41	0
CTACCATTTGCAATTTTTATATTAATCTGTGGT	0	102	0
AACCATCAACCAATGTTTAAGTGAAAGCATATA	0	157	1
GCATATAAATAAATGTTTATATTACTGGAATTC	0	183	1
GGAATTCTTCAAATTATTAAATGATCCGGTGTG	0	209	1
TGTGCCCCCTAAATTCTTAAAAGGGAATGGCTC	0	238	1
TATTCACTTTAAACTGTTAGAGGTGATTTGA  	1	72	1
GGGATTTAATCAAGTCTTAGGCGGTTGGTGGCT	3	53	1
TCTAATTCAGAAAGTTTTAAAATGTGTGTGCAG	4	47	1
ATATAGATAAAAATTATTACATGTCTCAGATAT	5	44	1
          ***** *** * *
MAP Score: 11.1281

Motif 3
TTTAAATAATAAGTTTAATACACACTTATA	0	29	0
TTAAACTTATTATTTAAAAATTTTGGTCCA	0	41	1
GGAATGACCACAGATTAATATAAAAATTGC	0	96	1
TAAGTGAAAGCATATAAATAAATGTTTATA	0	174	1
TGAAGAATTCCAGTAATATAAACATTTATT	0	190	0
      CCTCCAGTGAAAAAGTTAGGGCGA	0	286	0
TTGATGAAGGCAGATTAATCTGCTGAACTC	1	10	1
TCACCTCTAACAGTTTAAAGTGAATATTTA	1	68	0
GAGAGTGCCACAGAAAAATAATGATAATAA	2	45	1
ACTGCACACACATTTTAAAACTTTCTGAAT	4	51	0
AATGTGTGTGCAGTAAAATATTTTA     	4	67	1
CATGAATATATAGATAAAAATTATTACATG	5	37	1
TTACATGTCTCAGATATATAACAGAGCACA	5	60	1
TAACAGAGCACAGTTAAAAGAGGAGTAC  	5	78	1
          **********
MAP Score: 10.3402

Motif 4
AATAATAAGTTTAATACACACTTATAAGGAGACTGAG	0	18	0
AATTAAGGAATGACCACAGATTAATATAAAAATTGCA	0	90	1
AATGTTTAAGTGAAAGCATATAAATAAATGTTTATAT	0	168	1
TAAAAGGGAATGGCTCCATAAAACTAACCATTCGCCC	0	255	1
CATTATCAGAGTTCAGCAGATTAATCTGCCTTCATCA	1	11	0
TAATGCATGGTTTCATCAGAGACCTTAAATATTCACT	1	43	1
AGTTTAGAGAGTGCCACAGAAAAATAATGATAATAAA	2	39	1
GGTCTGGATATTTCCAGAGAAGGATGACCAGACCATC	2	80	1
ACCATCATCATGTCTACAGAGTTATTAAAGGTGTTCT	2	111	1
 GTCTGTCATTTGCGACAGCTTCATGATCAGTGTCCT	3	9	1
 TAAAATATTTTACTGCACACACATTTTAAAACTTTC	4	56	0
          ** *  ****   ** *
MAP Score: 9.87353

Motif 5
CCTAATCCAAATTAAGGAATGACCACAGATTAATA	0	81	1
AATTCCAACCATCAACCAATGTTTAAGTGAAAGCA	0	151	1
GTGAAAGCATATAAATAAATGTTTATATTACTGGA	0	177	1
AATTCTTCAAATTATTAAATGATCCGGTGTGCCCC	0	211	1
CTAAATTCTTAAAAGGGAATGGCTCCATAAAACTA	0	246	1
CTGAACTCTGATAATGCATGGTTTCATCAGAGACC	1	32	1
GTTTAAAGTGAATATTTAAGGTCTCTGATGAAACC	1	51	0
ATAGATAAAAATTATTACATGTCTCAGATATATAA	5	46	1
          ** *   **** ***
MAP Score: 1.43533