AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_operons007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944244225
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH1062	134	N5-methyl-tetrahydromethanopterin:coenzyme M methyltransferase, subunit A homolog
#1	MTH1132	300	methyl coenzyme M reductase II, beta subunit 
#2	MTH1163	83	N5-methyl-tetrahydromethanopterin:coenzyme M methyltransferase, subunit E 
#3	MTH1167	31	methyl coenzyme M reductase I, D protein 
#4	MTH1169_MTH1170	203	MTH1169: unknown, MTH1170: conserved protein

Motif 1
     ATCCTTTTTTCTTATTCAATAGAGT	1	5	1
ACCCCATCAGTTTTATTAATAAAATAGTAA	1	249	1
AAATAGTAAATTTTATTAATAAATAAATAA	1	270	1
  ACCTCTTGTTTTATTTATTTATTAATAA	1	282	0
ATGCACCTAATTTTTTTTATTCAAAAAAAT	2	47	1
TTCTTCCTCCTTTTATTTTTTTGAATAAAA	2	61	0
GTTTTCTGGATTTTTTATATGGTGGCGTTG	4	147	0
AAAAAGGTGTTTTTACATATAAAGCTTTCG	4	181	1
          **********
MAP Score: 10.9887

Motif 2
          ACCTCTTGTTTTATTTATTTATTAAT	1	284	0
   CTCTTTAACCGTCAGTTAATTTTTAACTTTCGG	0	111	0
CTTCGGTATAACCTGAAGGTCCATTTCGAGACATTG	1	153	1
AACATTTTGCACCGGAAGATTTATATGTCATTAACT	0	59	1
ACTGTGAATGACCAGAGGATGATTATTATTACTCCC	4	74	1
AGTGTAATGCACCTAATTTTTTTTATTCAAAAAAAT	2	41	1
TATGTCATTAACTACAAGTTAAATTTTAACCGAAAG	0	82	1
ATGTAAAAACACCTTTTTTTGGGTTTTCTGGATTTT	4	163	0
    ATTTCTTCCTCCTTTTATTTTTTTGAATAAAA	2	61	0
          ***  * ***   ***
MAP Score: 5.87838

Motif 3
GTATAACCTGAAGGTCCATTTCGAGACATT	1	158	1
TCACCTCATGAAGGAGCTATCCATCACCAA	1	186	0
   ATTAACGAAGGTGCATTGCACAAACTT	2	7	1
TAAAAAAAATTAGGTGCATTACACTTAAAA	2	36	0
AACCCAAAAAAAGGTGTTTTTACATATAAA	4	174	1
          **********
MAP Score: 3.8577

Motif 4
    ATCCTTTTTTCTTATTCAATAGAGTCATA	1	6	1
ACCCCATCAGTTTTATTAATAAAATAGTAAATT	1	249	1
AAATAGTAAATTTTATTAATAAATAAATAAAAC	1	270	1
TGCACCTAATTTTTTTTATTCAAAAAAATAAAA	2	48	1
          **** *** * **
MAP Score: 3.65175

Motif 5
TCTTCCGGTGCAAAATGTTTTAAAATACCGGAACAG	0	42	0
CATTTTGCACCGGAAGATTTATATGTCATTAACTAC	0	61	1
ATGTCATTAACTACAAGTTAAATTTTAACCGAAAGT	0	83	1
TAAATTTTAACCGAAAGTTAAAAATTAACTGACGGT	0	101	1
          ATCCTTTTTTCTTATTCAATAGAGTC	1	0	1
CCCATAACCCCATCAGTTTTATTAATAAAATAGTAA	1	243	1
TTAATAAAATAGTAAATTTTATTAATAAATAAATAA	1	264	1
AGGTGCATTGCACAAACTTTTTAAGTGTAATGCACC	2	18	1
GTGTAATGCACCTAATTTTTTTTATTCAAAAAAATA	2	42	1
        GTCGAAAGCTTTATATGTAAAAACACCT	4	185	0
          *  **  *** *** *
MAP Score: 2.93598

Motif 6
AATGTTTTAAAATACCGGAACAGATATTCATAGAGA	0	29	0
TAAAACATTTTGCACCGGAAGATTTATATGTCATTA	0	56	1
AAGTTAAATTTTAACCGAAAGTTAAAAATTAACTGA	0	97	1
AAGTTAAAAATTAACTGACGGTTAAAGAG       	0	115	1
TAATGAGCTGTGCTCTGGAGGTTGGAGGATGAACTT	1	120	1
GAACTTCGGTATAACCTGAAGGTCCATTTCGAGACA	1	150	1
TTTTATTAATAAAACTGATGGGGTTATGGGATTGCC	1	237	0
ATAATCTCTCAGAACTGGGGGCAAAAAACCA     	3	10	1
TTTAGAGCTCTCCACAGAGAGAGTGAC         	4	1	0
          *  ***** ** *  *
MAP Score: 0.317701