AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_operons007_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944244238
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH1062	134	N5-methyl-tetrahydromethanopterin:coenzyme M methyltransferase, subunit A homolog
#1	MTH1132	300	methyl coenzyme M reductase II, beta subunit 
#2	MTH1163	83	N5-methyl-tetrahydromethanopterin:coenzyme M methyltransferase, subunit E 
#3	MTH1167	31	methyl coenzyme M reductase I, D protein 
#4	MTH1169_MTH1170	203	MTH1169: unknown, MTH1170: conserved protein

Motif 1
     ATCCTTTTTTCTTATTCAATAGAGT	1	5	1
ACCCCATCAGTTTTATTAATAAAATAGTAA	1	249	1
AAATAGTAAATTTTATTAATAAATAAATAA	1	270	1
  ACCTCTTGTTTTATTTATTTATTAATAA	1	282	0
ATGCACCTAATTTTTTTTATTCAAAAAAAT	2	47	1
TTCTTCCTCCTTTTATTTTTTTGAATAAAA	2	61	0
GTTTTCTGGATTTTTTATATGGTGGCGTTG	4	147	0
AAAAAGGTGTTTTTACATATAAAGCTTTCG	4	181	1
          **********
MAP Score: 10.9887

Motif 2
AAATGTTTTAAAATACCGGAACAGATATTCAT	0	34	0
GAAAGTTAAAAATTAACTGACGGTTAAAGAG 	0	113	1
CATAGATGTCAAAAAACTGAAGCATAAGCGGT	1	35	1
AATACTGGATAATAACGAGATGTACAGTATGG	1	79	1
TGAACTTCGGTATAACCTGAAGGTCCATTTCG	1	149	1
TATTTTATTAATAAAACTGATGGGGTTATGGG	1	243	0
AATAAATAAATAAAACAAGAGGT         	1	287	1
TTTTTGAATAAAAAAAATTAGGTGCATTACAC	2	42	0
TATTCAAAAAAATAAAAGGAGGAAGAAAT   	2	64	1
AGTGACTGTGAATGACCAGAGGATGATTATTA	4	70	1
          ******* ** *
MAP Score: 6.63865

Motif 3
GTTAAAATTTAACTTGTAGTTAATGACATATAA	0	79	0
GTTAATTTTTAACTTTCGGTTAAAATTTAACTT	0	97	0
GTTAAAAATTAACTGACGGTTAAAGAG      	0	117	1
GATGTCAAAAAACTGAAGCATAAGCGGTTATAT	1	39	1
TTGGAGGATGAACTTCGGTATAACCTGAAGGTC	1	141	1
AATCTCTCAGAACTGGGGGCAAAAAACCA    	3	12	1
          *****  ** ***
MAP Score: 6.211

Motif 4
CCGGAAGATTTATATGTCATTAACTACAAGTTAAAT	0	70	1
     ATCCTTTTTTCTTATTCAATAGAGTCATAGA	1	5	1
ACTGTACATCTCGTTATTATCCAGTATTAATCTGAA	1	71	0
CATAACCCCATCAGTTTTATTAATAAAATAGTAAAT	1	245	1
AATAAAATAGTAAATTTTATTAATAAATAAATAAAA	1	266	1
ATGCACCTAATTTTTTTTATTCAAAAAAATAAAAGG	2	47	1
TGGAGAGCTCTAAATATAATTTATTACCGGCTCTGG	4	23	1
          *   * ***** * **
MAP Score: 5.41002

Motif 5
ATGACTCTATTGAATAAGAAAAAAGGAT    	1	6	0
ATTTACTATTTTATTAATAAAACTGATGGGGT	1	249	0
TTTTATTTATTTATTAATAAAATTTACTATTT	1	270	0
TATTAATAAATAAATAAAACAAGAGGT     	1	283	1
TTTATTTTTTTGAATAAAAAAAATTAGGTGCA	2	48	0
TGCTTTGGGATGATCACAAAAATCAACGCCAC	4	124	1
          * ***** ****
MAP Score: 4.03271

Motif 6
CTCGTTATTATCCAGTATTAATCTGAATAT	1	68	0
GAATATCTGTTCCGGTATTTTAAAACATTT	0	36	1
GAGGATGAACTTCGGTATAACCTGAAGGTC	1	144	1
CCGCTTATGCTTCAGTTTTTTGACATCTAT	1	36	0
GGATTCACCATTCAGTATCTCTATGAATAT	0	12	1
TGGGTCCAGAGCCGGTAATAAATTATATTT	4	34	0
ATTTTTAACTTTCGGTTAAAATTTAACTTG	0	96	0
CCATAACCCCATCAGTTTTATTAATAAAAT	1	244	1
CTCTTTAACCGTCAGTTAATTTTTAACTTT	0	114	0
          **********
MAP Score: 1.55481