AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_operons008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944244251
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH536	132	2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductase, alpha subunit 
#1	MTH700	110	conserved protein
#2	MTH702	27	acetyl-CoA synthetase related protein
#3	MTH855	172	inosine-5'-monophosphate dehydrogenase related protein VIII
#4	MTH1032	229	ferredoxin (putative 2-oxoglutarate oxidoreductase, delat subunit)
#5	MTH1133	21	polyferredoxin (MvhB)
#6	MTH1136	171	methyl viologen-reducing hydrogenase, delta subunit 
#7	MTH1740	86	pyruvate oxidoreductase, gamma subunit 
#8	MTH1851	105	unknown

Motif 1
ACTTAAACATTTAAGATGAGAAACTTTATTAAGG	1	25	1
ACCTACAGAATTAATAAGAGAAACTTTTGAAGGC	3	19	0
ACTCAAAATATTTAAATGAACATCCATATACCAG	3	109	1
CCCCATTAATTTTAGTTGACCAACATGTATATAT	7	18	1
TATTAAAAATTTATAATGATTAACAATGAGAAAT	7	51	1
     GCTGACTCATATGAAAAACTTCAGAATGA	8	5	1
TGAACTGAATTTTAATTGTTTATCAACACATATT	8	36	1
AGATTATCAGTTAAAATCACAAACCTTAATATGT	8	63	0
GTCTGTATTGTTTAAAAGATTATCAGTTAAAATC	8	79	0
          ** * ****  ***
MAP Score: 8.97661

Motif 2
   TCCAGTGAAGATCAATGATGATGCTTCAATC	0	7	1
ATTAATAATGATTATTAATGATAAATGTCTCTTC	1	59	0
AGCGTCAGGAAAAATTAATAATGATTATTAATGA	1	72	0
AGTGTGACATCAAAAGAATCATAAGCACCCACCT	3	49	0
AACTCAGATTATAATAAATTATCAGGGTGTTCCC	4	134	0
CAGAATTTAAATAATTAATCAAGAATAATATTAT	4	172	0
GGGGAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAAC	6	35	1
ATATATATTAAAAATTTATAATGATTAACAATGA	7	46	1
ATTTATAATGATTAACAATGAGAAATGGAGGTAA	7	59	1
ATATGTGTTGATAAACAATTAAAATTCAGTTCAT	8	35	0
          ** ** *** ** *
MAP Score: 8.51729

Motif 3
     TCCAGTGAAGATCAATGATGATGCTTCA	0	5	1
ACATTTAAGATGAGAAACTTTATTAAGGGAAGA	1	31	1
TTAATAATGATTATTAATGATAAATGTCTCTTC	1	59	0
AGGTGGGTGCTTATGATTCTTTTGATGTCACAC	3	49	1
AATATTTAAATGAACATCCATATACCAGTAATC	3	115	1
GGGAACACCCTGATAATTTATTATAATCTGAGT	4	134	1
ATCTGAGTTCTGAATAATATTATTCTTGATTAA	4	159	1
ATATTATTCTTGATTAATTATTTAAATTCTGAA	4	175	1
GGGAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAAC	6	36	1
TTGTTAATCATTATAAATTTTTAATATATATAC	7	44	0
AAATTTATAATGATTAACAATGAGAAATGGAGG	7	57	1
TAATATGTGTTGATAAACAATTAAAATTCAGTT	8	38	0
TGATTTTAACTGATAATCTTTTAAACAATACAG	8	78	1
          **** *** ** *
MAP Score: 8.02524

Motif 4
     TCCAGTGAAGATCAATGATGATGCTTCAA	0	5	1
ATGTGGAACTTAAACATTTAAGATGAGAAACTTT	1	18	1
GAAGAGACATTTATCATTAATAATCATTATTAAT	1	59	1
TCAGCGTCAGGAAAAATTAATAATGATTATTAAT	1	74	0
GGGAACACCCTGATAATTTATTATAATCTGAGTT	4	134	1
AAATAATTAATCAAGAATAATATTATTCAGAACT	4	164	0
TATTCTTGATTAATTATTTAAATTCTGAAGGCAA	4	179	1
GTTAAAATTTTTATTATTTTTAATACCACTCCCC	6	35	0
GGAAATTGTTTCATAAGTAACCTTTATACTTACC	6	87	1
TTAATCATTATAAATTTTTAATATATATACATGT	7	40	0
TAAAAATTTATAATGATTAACAATGAGAAATGGA	7	54	1
TATGTGTTGATAAACAATTAAAATTCAGTTCATT	8	34	0
GTTTAAAAGATTATCAGTTAAAATCACAAACCTT	8	70	0
          * ** *****  **
MAP Score: 5.99579

Motif 5
TTCAATCGTCCTCTGCGGTGAGGCAGGGCAGGG	0	34	1
CTACCACATATTCTCCTGCAAGGAGTAC     	0	114	1
CTCTTATTAATTCTGTAGGTGGGTGCTTATGAT	3	33	1
CACACTGAAGTTCACATGCAGTGGTTCTGTGAA	3	77	1
TGCTGAAAACCTCTGGTGAAGGGAACACCCTGA	4	114	1
         TTTCACCAGAAAGGTGGTAAA   	5	1	1
CATAGGAGCCTTCTGGTGGAAGGGGAGTGGTAT	6	14	1
          *****  * ****
MAP Score: 5.66529

Motif 6
   ATTTAATTATGTGGAACTTAAACATTTAAGATGAGAAACTTT	1	7	1
GGAAGAGACATTTATCATTAATAATCATTATTAATTTTTCCTGAC	1	58	1
ATTCTGTAGGTGGGTGCTTATGATTCTTTTGATGTCACACTGAAG	3	42	1
ATGCAGTGGTTCTGTGAACTCAAAATATTTAAATGAACATCCATA	3	92	1
CTGAATAATATTATTCTTGATTAATTATTTAAATTCTGAAGGCAA	4	168	1
AAATTTTATATGTGTGGTTAAAATTTTTATTATTTTTAATACCAC	6	40	0
TTTCGGAAATTGTTTCATAAGTAACCTTTATACTTACCACTCCTA	6	83	1
          TTCGTTACCCCCATTAATTTTAGTTGACCAACATG	7	0	1
TTGACCAACATGTATATATATTAAAAATTTATAATGATTAACAAT	7	33	1
AATTAAAATTCAGTTCATTCTGAAGTTTTTCATATGAGTCAGC  	8	8	0
CAAACCTTAATATGTGTTGATAAACAATTAAAATTCAGTTCATTC	8	33	0
     ATGTCTGTATTGTTTAAAAGATTATCAGTTAAAATCACAA	8	75	0
          *   *       **  **** *  *
MAP Score: 4.3069

Motif 7
TCCAGTGAAGATCAATGATGATGCTTCAATC	0	10	1
GCCTTGAAGGCCTTATGAGGAGGGCCTCGAC	0	77	0
      ATTTAATTATGTGGAACTTAAACAT	1	4	1
GAACTTAAACATTTAAGATGAGAAACTTTAT	1	23	1
GGGAAGAGACATTTATCATTAATAATCATTA	1	57	1
AGGAAAAATTAATAATGATTATTAATGATAA	1	69	0
AATAAGAGAAACTTTTGAAGGCTGATGGGAA	3	10	0
TTCTCTTATTAATTCTGTAGGTGGGTGCTTA	3	31	1
TAATCAGTTCATTTATGGATAGCACCGGATG	3	143	1
TTTGCTGAAAACCTCTGGTGAAGGGAACACC	4	112	1
GATTATAATAAATTATCAGGGTGTTCCCTTC	4	131	0
TTATAATCTGAGTTCTGAATAATATTATTCT	4	154	1
AATTTAAATAATTAATCAAGAATAATATTAT	4	172	0
TAATTATTTAAATTCTGAAGGCAAAGCTAAG	4	189	1
  TTTACCACCTTTCTGGTGAAA        	5	2	0
TTCATAGGAGCCTTCTGGTGGAAGGGGAGTG	6	12	1
GTCAACTAAAATTAATGGGGGTAACGAA   	7	7	0
GTTTACCTCCATTTCTCATTGTTAATCATTA	7	64	0
CATATGAAAAACTTCAGAATGAACTGAATTT	8	17	1
          * *********
MAP Score: 3.14867

Motif 8
TGCCCTGCCTCACCGCAGAGGACGATTGAAGCA	0	31	0
TCTGCGGTGAGGCAGGGCAGGGCATACAGACCG	0	45	1
AGGGCATACAGACCGTCGAGGCCCTCCTCATAA	0	63	1
GGTAGCCGGTGGCCTTGAAGGCCTTATGAGGAG	0	86	0
       GTACTCCTTGCAGGAGAATATGTGGT	0	116	0
TTTTTCCTGACGCTGATGAGGTGTAATC     	1	92	1
       TACTACCACACAGGGGACACCGCCTG	2	3	1
CTTTACCCCGGGACTGACAGGGCATTTTGCTGA	4	87	1
       TTTCACCAGAAAGGTGGTAAA     	5	3	1
          *****  **** *
MAP Score: 1.20067