AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i TH/TH_operons008_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944244269 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MTH534 41 unknown #1 MTH535 62 peptide methionine sulfoxide reductase #2 MTH536 132 2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductase, alpha subunit #3 MTH700 110 conserved protein #4 MTH702 27 acetyl-CoA synthetase related protein #5 MTH855 172 inosine-5'-monophosphate dehydrogenase related protein VIII #6 MTH1026 222 phosphatidylserine decarboxylase #7 MTH1027 39 CDP-diacylglycerol-serine O-phosphatidyltransferase #8 MTH1029 41 unknown #9 MTH1030 30 unknown #10 MTH1031 59 conserved protein #11 MTH1032 229 ferredoxin (putative 2-oxoglutarate oxidoreductase, delat subunit) #12 MTH1133 21 polyferredoxin (MvhB) #13 MTH1136 171 methyl viologen-reducing hydrogenase, delta subunit #14 MTH1137 116 conserved protein (FlpA) #15 MTH1138 51 methyl viologen-reducing hydrogenase, delta subunit homolog FlpD #16 MTH1141 300 conserved protein (FlpE) #17 MTH1740 86 pyruvate oxidoreductase, gamma subunit #18 MTH1851 105 unknown Motif 1 GAACACCCTGATAATTTATTATAATCTGAGTT 11 136 1 GCAGGAAATTATAATTCATAATAGATGATTAT 16 115 0 TCAATTTTATATAAATAATCATACAATATATA 0 13 1 ATATATATTAAAAATTTATAATGATTAACAAT 17 46 1 AGCGTCAGGAAAAATTAATAATGATTATTAAT 3 74 0 TTAAATATTAAAAAATAATCATCTATTATGAA 16 101 1 AGAGACATTTATCATTAATAATCATTATTAAT 3 61 1 CAGAATTTAAATAATTAATCAAGAATAATATT 11 174 0 TCCAGTGAAGATCAATGATGATGCTTCAATCG 2 10 1 CCAAAACAAAAAATTAATTAATTTCTTATTT 8 9 1 GAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACC 13 38 1 GTGGAACTTAAACATTTAAGATGAGAAACTTT 3 20 1 ****** ** ** MAP Score: 11.9087 Motif 2 TATGTGGAACTTAAACATTTAAGATGAGAAA 3 17 1 GGAAGAGACATTTATCATTAATAATCATTAT 3 58 1 TTAATAATCATTATTAATTTTTCCTGACGCT 3 75 1 GGATGTTCATTTAAATATTTTGAGTTCACAG 5 103 0 AATAAGAAATTAATTAATTTTTTGTTTTGG 8 9 0 TAATTTCTTATTTAATATTTTAT 8 28 1 CACCAACCATTTTTTTATTTTCAGGGAC 9 12 1 ACTCAGATTATAATAAATTATCAGGGTGTTC 11 136 0 TTATTCTTGATTAATTATTTAAATTCTGAAG 11 178 1 GGTTAAAATTTTTATTATTTTTAATACCACT 13 39 0 TAACCACACATATAAAATTTTCGGAAATTGT 13 65 1 ATGATTATTTTTTAATATTTAACGTGGTTTG 16 92 0 ATGGCCATAATTTTAGATTATTGTGGATTTA 16 179 1 AAATCCAATTTTAATCATTTAACCGTTTTAA 16 207 0 TTCACATGCCTTTTAAATTTTAGGAACATTT 16 266 1 TGTATATATATTAAAAATTTATAATGATTAA 17 43 1 CTGTATTGTTTAAAAGATTATCAGTTAAAAT 18 80 0 ***** ***** MAP Score: 11.2142 Motif 3 GCACCTAAACTGAAAACCCATGGCTAAA 1 7 1 CGGGGAATCAGGATGAAAACCTTCAAGGG 1 43 1 TAAACATTTAAGATGAGAAACTTTATTAAGG 3 28 1 TACAGAATTAATAAGAGAAACTTTTGAAGGC 5 19 0 CAAAATATTTAAATGAACATCCATATACCAG 5 112 1 ACTGAAGATTAAATGTAATCCAAGTTAAAAG 6 26 0 GTTCACAGCGATATGAACACCATATGATGAA 6 100 0 ACACCAGATTATAAGTAAAACAGGTGGCGG 7 19 1 TAAATCAGATACCTGAGATTCTCCATTTCAT 11 17 0 GCCCCGGAAAACCTGAAAACCGGAATATACA 11 53 1 CAGGGCATTTTGCTGAAAACCTCTGGTGAAG 11 104 1 GGCAAAGCTAAGATAAGAACCACGATGGAAG 11 208 1 CATTGTAATTACATGAAAATCACAATAAAAT 16 234 0 AATTTAAAAGGCATGTGAACCATTGTAATTA 16 254 0 GAACATTTATATATGTAATAC 16 289 1 GCTGACTCATATGAAAAACTTCAGAATGA 18 8 1 * ********* MAP Score: 11.0549 Motif 4 TATATATTGTATGATTATTTATATAAAATTGAGGT 0 10 0 GGAAGAGACATTTATCATTAATAATCATTATTAAT 3 58 1 ACCCACCTACAGAATTAATAAGAGAAACTTTTGAA 5 22 0 TGGTATATGGATGTTCATTTAAATATTTTGAGTTC 5 107 0 ACTACACCAGATTATAAGTAAAACAGGTGGCGG 7 16 1 ATAAAATATTAAATAAGAAATTAATTAATT 8 21 0 TAAATAATTAATCAAGAATAATATTATTCAGAACT 11 164 0 GGGGAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACC 13 35 1 ACAAACCACGTTAAATATTAAAAAATAATCATCTA 16 91 1 ATAATCATCTATTATGAATTATAATTTCCTGCCAG 16 115 1 TTTAAATTTTAGGAACATTTATATATGTAATAC 16 277 1 ACCAACATGTATATATATTAAAAATTTATAATGAT 17 36 1 TTAAAAATTTATAATGATTAACAATGAGAAATGGA 17 53 1 ATATGTGTTGATAAACAATTAAAATTCAGTTCATT 18 34 0 TGTTTAAAAGATTATCAGTTAAAATCACAAACCTT 18 70 0 ** ** * *** * * MAP Score: 9.31697 Motif 5 CCGCGGGGAATCAGGATGAAAACCTTCAAGG 1 40 1 ACTTAAACATTTAAGATGAGAAACTTTATTA 3 25 1 CATGTGAACTTCAGTGTGACATCAAAAGAAT 5 64 0 GAATGTGATATGCCGGTGAAAGATATATATA 6 64 0 CGCTGTGAACTCCATGTGAAATGTTCATGTC 6 121 1 CACATGGAGTTCACGGTGACATGAACATTTC 6 138 0 CACCGTGAACTCCATGTGAGAAGAAACCTAT 6 151 1 ATTGACAGTACCCTGGAGAAAAGCTTTTAAT 10 31 1 TGCTGAAAACCTCTGGTGAAGGGAACACCCT 11 114 1 AAGATAAGAACCACGATGGAAG 11 217 1 TTTACCACCTTTCTGGTGAAA 12 0 0 CACCAGAAGGCTCCTATGAAAC 13 1 0 CATAGGAGCCTTCTGGTGGAAGGGGAGTGGT 13 14 1 TCACTGTAACTCAGTATGGAAGGGATGCTAA 14 77 0 ACAGTGACTTTGAAGGTGAAACAAT 14 101 1 GCTGACTCATATGAAAAACTTCAGAA 18 5 1 *** ******* MAP Score: 8.97596 Motif 6 AAGCATCATCATTGATCTTCACTGGA 2 1 0 TGAACTTCAGTGTGACATCAAAAGAATCATAAGCA 5 56 0 TTGATGTCACACTGAAGTTCACATGCAGTGGTTCT 5 70 1 GCAGTGGTTCTGTGAACTCAAAATATTTAAATGAA 5 94 1 AACCTCAGAATGTGATATGCCGGTGAAAGATATAT 6 67 0 TTCATATCGCTGTGAACTCCATGTGAAATGTTCAT 6 114 1 TTCATGTCACCGTGAACTCCATGTGAGAAGAAACC 6 144 1 ATAAAGAGTGAAGTTTAAGTGATTGACAGTA 10 6 1 ATCTCAGGTATCTGATTTACATAGGCCCCGGAAAA 11 29 1 TCCCTTCCATACTGAGTTACAGTGACTTTGAAGGT 14 83 1 GCTTCAATCCAGTGATCCTAACTGGAAGGCTGCCC 16 10 1 TGGATTTTATTGTGATTTTCATGTAATTACAATGG 16 231 1 TTCAGAATGAACTGAATTTTAATTGTTTATCAACA 18 29 1 TATTAAGGTTTGTGATTTTAACTGATAATCTTTTA 18 66 1 ***** * ** ** MAP Score: 8.38623 Motif 7 GCACCTAAACTGAAAACCCATGGC 1 1 1 TAAAGTTTCTCATCTTAAATGTTTAAGTTCCAC 3 20 0 AGGGAAGAGACATTTATCATTAATAATCATTAT 3 56 1 AGAACCACTGCATGTGAACTTCAGTGTGACATC 5 72 0 ACTTGGATTACATTTAATCTTCAGTACATGAGT 6 32 1 CTTTCACCGGCATATCACATTCTGAGGTTCATC 6 73 1 GTGACATGAACATTTCACATGGAGTTCACAGCG 6 121 0 GTGAAATGTTCATGTCACCGTGAACTCCATGTG 6 136 1 TGATAGGTTTCTTCTCACATGGAGTTCACGGTG 6 151 0 CCTATCAGATCATATTACCGGTAATGGGAACAG 6 177 1 TACTGTCAATCACTTAAACTTCACTCTTTAT 10 8 0 TTTAACCACACATATAAAATTTTCGGAAATTGT 13 63 1 AAAAAATAATCATCTATTATGAATTATAATTTC 16 110 1 CAATTTTAATCATTTAACCGTTTTAAATCCACA 16 200 0 ACATGTTGGTCAACTAAAATTAATGGGGGTAAC 17 13 0 AGTTTACCTCCATTTCTCATTGTTAATCATTAT 17 63 0 TGTTGATAAACAATTAAAATTCAGTTCATTCTG 18 31 0 *** * ***** * MAP Score: 7.39662 Motif 8 CTACCACATATTCTCCTGCAAGGAGTAC 2 114 1 CACACTGAAGTTCACATGCAGTGGTTCTGT 5 77 1 ATATATATCTTTCACCGGCATATCACATTC 6 65 1 TCACATGGAGTTCACAGCGATATGAACACC 6 110 0 ACATGAACATTTCACATGGAGTTCACAGCG 6 121 0 TAGGTTTCTTCTCACATGGAGTTCACGGTG 6 151 0 CATTTTTTTATTTTCAGGGAC 9 19 1 ATTGTTTCACCTTCAAAGTCACTGT 14 101 0 ATTACAATGGTTCACATGCCTTTTAAATTT 16 256 1 AGTTTACCTCCATTTCTCATTG 17 74 0 ********** MAP Score: 6.93474 Motif 9 TCTGCGGTGAGGCAGGGCAGGGCATACAGA 2 45 1 AGAAACTTTATTAAGGGAAGAGACATTTAT 3 43 1 CAGAAGGGAAGCTACTCTTTT 6 1 1 CCCCGGGACTGACAGGGCATTTTGCTGAAA 11 92 1 AAACCTCTGGTGAAGGGAACACCCTGATAA 11 120 1 GCCTTCTGGTGGAAGGGGAGTGGTATTAAA 13 21 1 TTAATAAAAATGCAGGGAATGGGTTCAGAT 14 22 0 AACTCAGTATGGAAGGGATGCTAATTTAAG 14 71 0 CATTACAGAGTTAAGGGCAGCCTTCCAGTT 16 29 0 TTAATATTCTGGCAGGAAATTATAATTCAT 16 128 0 ********** MAP Score: 6.8131 Motif 10 TGTTCATGTCACCGTGAACTCCATGTGAGAAGAAACCT 6 142 1 ATAAAGAGTGAAGTTTAAGTGATTGACAGTAC 10 4 1 TGTTCATATCGCTGTGAACTCCATGTGAAATGTTCATG 6 112 1 AATGATTAACAATGAGAAATGGAGGTAAACT 17 65 1 TGAACCTCAGAATGTGATATGCCGGTGAAAGATATATA 6 66 0 ATTGGATTTTATTGTGATTTTCATGTAATTACAATGGT 16 229 1 AGGGCATTTTGCTGAAAACCTCTGGTGAAGGGAACACC 11 105 1 AGCCAAAGATAGTGGAATTCTAAGGTGATGGT 15 29 1 AAACCATGAAATGGAGAATCTCAGGTATCTGATTTACA 11 12 1 AAACATTTAAGATGAGAAACTTTATTAAGGGAAGAGAC 3 29 1 ACTCAGTATGGAAGGGATGCTAATTTAAGCTTTGATAA 14 62 0 ATACTCATGTACTGAAGATTAAATGTAATCCAAGTTAA 6 29 0 CCTTCTGGTGGAAGGGGAGTGGTATTAAAAATAATAAA 13 22 1 * * *** * **** MAP Score: 6.54524 Motif 11 AGGGAAGAGACATTTATCATTAATAATCATTAT 3 56 1 AATGAACATCCATATACCAGTAATCAGTTCATT 5 123 1 GGAAGCTACTCTTTTAACTTGGATTACATTTAA 6 16 1 CTTTCACCGGCATATCACATTCTGAGGTTCATC 6 73 1 ATATGGTGTTCATATCGCTGTGAACTCCATGTG 6 106 1 GTGACATGAACATTTCACATGGAGTTCACAGCG 6 121 0 GTGAAATGTTCATGTCACCGTGAACTCCATGTG 6 136 1 TGATAGGTTTCTTCTCACATGGAGTTCACGGTG 6 151 0 ATCACTTAAACTTCACTCTTTAT 10 0 0 ATATACACATCTTTACCCCGGGACTGACAGGGC 11 77 1 GAAGGCTGCCCTTAACTCTGTAATGGCGTGTTG 16 34 1 AGTTTACCTCCATTTCTCATTGTTAATCATTAT 17 63 0 *** ** * **** MAP Score: 6.44468 Motif 12 ACCTCAATTTTATATAAATAATCATACAATA 0 6 1 GAACTTAAACATTTAAGATGAGAAACTTTATTAAG 3 23 1 GGGAAGAGACATTTATCATTAATAATCATTATTAA 3 57 1 ATAAAATATTAAATAAGAAATTAATTAATT 8 21 0 GAACACCCTGATAATTTATTATAATCTGAGTTCTG 11 136 1 ATTATTCTTGATTAATTATTTAAATTCTGAAGGCA 11 177 1 GGGGAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACC 13 35 1 ATAATCATCTATTATGAATTATAATTTCCTGCCAG 16 115 1 ATTTTAGATTATTGTGGATTTAAAACGGTTAAATG 16 188 1 ATGTATATATATTAAAAATTTATAATGATTAACAA 17 42 1 ATTTATAATGATTAACAATGAGAAATGGAGGTAAA 17 59 1 ATATGTGTTGATAAACAATTAAAATTCAGTTCATT 18 34 0 *** * ** * *** MAP Score: 4.82827 Motif 13 CTACCACATATTCTCCTGCAAGGAGTAC 2 114 1 CACACTGAAGTTCACATGCAGTGGTTCTGTG 5 77 1 ACATGAACATTTCACATGGAGTTCACAGCGA 6 120 0 TAGGTTTCTTCTCACATGGAGTTCACGGTGA 6 150 0 TTTACTTATAATCTGGTGTAGTCATCAT 7 7 0 TGACAGGGCATTTTGCTGAAAACCTCTGGTG 11 101 1 TGCTGAAAACCTCTGGTGAAGGGAACACCCT 11 114 1 TTTACCACCTTTCTGGTGAAA 12 0 0 CATAGGAGCCTTCTGGTGGAAGGGGAGTGGT 13 14 1 TTTATTGTGATTTTCATGTAATTACAATGGT 16 236 1 ******** ** MAP Score: 4.02141 Motif 14 TCAGTGTGACATCAAAAGAATCATAAGCAC 5 55 0 CACACTGAAGTTCACATGCAGTGGTTCTGT 5 77 1 ATATTTTGAGTTCACAGAACCACTGCATGT 5 90 0 ATATATATCTTTCACCGGCATATCACATTC 6 65 1 TCCACCAACCATTTTTTTAT 9 0 1 GGGTGTTCCCTTCACCAGAGGTTTTCAGCA 11 114 0 TTTCACCAGAAAGGTGGTAAA 12 1 1 CCACTCCCCTTCCACCAGAAGGCTCCTATG 13 14 0 ATTGTTTCACCTTCAAAGTCACTGT 14 101 0 TGGCTCGAAAATCACCATCAAACT 15 4 0 ACCATCACCTTAGAATTCCACTA 15 38 0 CCGTTTTAAATCCACAATAATCTAAAATTA 16 186 0 TTACATGAAAATCACAATAAAATCCAATTT 16 227 0 ATTACAATGGTTCACATGCCTTTTAAATTT 16 256 1 TTAATTTTAGTTGACCAACATGTATATATA 17 23 1 ATCAGTTAAAATCACAAACCTTAATATGTG 18 62 0 ********** MAP Score: 1.74546 Motif 15 TGCCCTGCCTCACCGCAGAGGACGATTGAA 2 34 0 ACACAGGGGACACCGCCTGG 4 17 1 TTCACAGAACCACTGCATGTGAACTTCAGT 5 80 0 TTATGGATAGCACCGGATGTGGTATAA 5 155 1 ATGATGACTACACCAGATTATAAGTAAAAC 7 10 1 CCGCCACCTGTTTTACTTATA 7 28 0 GTGTTCCCTTCACCAGAGGTTTTCAGCAAA 11 112 0 TTTCACCAGAAAGGTGGTAAA 12 3 1 ACTCCCCTTCCACCAGAAGGCTCCTATGAA 13 12 0 CAGTTAGGATCACTGGATTGAAGC 16 4 0 ********** MAP Score: 0.491641