AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i TH/TH_operons011_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944244396 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MTH179 117 unknown #1 MTH181 49 unknown #2 MTH182 36 glutamate N-acetyltransferase #3 MTH225 300 histidinol dehydrogenase #4 MTH226 93 aspartyl-tRNA synthetase #5 MTH242 231 shikimate 5-dehydrogenase #6 MTH545 194 conserved protein #7 MTH546 93 cationic amino acid transporter related protein #8 MTH747 96 conserved protein #9 MTH766 29 5-enolpyruvylshikimate 3-phosphate synthase #10 MTH767 83 valyl-tRNA synthetase #11 MTH800 52 dihydrodipicolinate reductase #12 MTH802 49 aspartokinase II alpha subunit #13 MTH804 40 chorismate mutase, subunit A #14 MTH805 240 conserved protein (homoserine kinase related) #15 MTH846 170 N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase #16 MTH1337 81 N-acetylornithine aminotransferase Motif 1 AACTTATTATTTAAAAATTTTGGTCCATTA 3 44 1 ACAGATTAATATAAAAATTGCAAATGGTAG 3 105 1 ATGCTTTCACTTAAACATTGGTTGATGGTT 3 157 0 AAGCATATAAATAAATGTTTATATTACTGG 3 181 1 ATCAGAGACCTTAAATATTCACTTTAAACT 4 57 1 ACCATCAGCGATAAATATTGTTGCCATAGG 5 38 0 CTGATGGTAAATAAATATTGTAAGTACCAT 5 60 1 AAACATCTTTATAAAGATTGGGTA 10 69 1 TCACAACCTTTTAAATGTTGGAAAAAATGA 12 23 0 ATAAAAATGGTTAAAAATTTAGGATGGTAC 14 72 0 CTACCACTATATAAATATTGCACTTAGATA 14 114 1 CCATGGACAGTTAAAGGTTGTCCATGAAAT 15 23 1 TGAAATACTTATAAATTTTGGTGGCCACGA 15 47 1 CCACCTCAACATAAATATTTATTATCAGTT 16 14 1 GGGGACCTGTATTAATGTTGAACCTAAACT 16 40 0 AGGTCCCCATATAAATTTTTGGTGATATC 16 62 1 ********** MAP Score: 18.3546 Motif 2 GGAGACGACCCCAGCGAACTTTTTTTACGGGAGA 2 12 1 GGCATCTAATGGACCAAAATTTTTAAATAATAAG 3 46 0 ATCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAAGGGAAT 3 232 1 ACTAACCATTCGCCCTAACTTTTTCACTGGAGG 3 277 1 CCGTTCCAGGCCTCATACCCTTTTTCTCAGCGAG 6 92 1 ACCATAATAACACCATAATTATTTTTATTGCAGC 6 151 1 TAACCTTCACAACCTTTTAAATGTTGGA 12 31 0 ATCCATGTACCATCCTAAATTTTTAACCATTTTT 14 66 1 CCGGTCGTGGCCACCAAAATTTATAAGTATTTCA 15 47 0 TATGGTGGGGCCTCCCACCCATATAATGTCCATC 15 87 0 TTAACCACCTCAACATAAATATTTATTATCAGTT 16 10 1 GATATCACCAAAAATTTATATGGGGACCT 16 62 0 * ** ** ***** MAP Score: 10.4884 Motif 3 GATTCCATGAGAATAGTTCTCAATCAGGTGCAGGGAGAGA 0 84 1 TGTGGTCATTCCTTAATTTGGATTAGGGGGCATCTAATGG 3 68 0 AAGTTAGGGCGAATGGTTAGTTTTATGGAGCCATTCCCTT 3 258 0 TAACCATTCGCCCTAACTTTTTCACTGGAGG 3 279 1 TGTTGCCATAGGTTACCTATAATCCAGGGGAGAGTGTGAC 5 10 0 CGAAGAGATTCTTTGCCTGTAATGCCGGGGTGATAAACTG 5 136 1 TCTGTCCAAACTGTGGCAAGGAGTATGGAGCTGACTCCAA 6 22 0 TAACAAGCTGCAATAAAAATAATTATGGTGTTATTATGGT 6 151 0 TTTTTATGTTCTGTGATCATGAGGATGGCGG 8 1 0 GTCCTGGAGGAACTGGCACTGATCTAGGGGGTGTGATGC 11 23 1 CTCCAGTGACCCTTGAATGGAAGAAAGGGGAATGTAATTT 13 10 1 GTGTTTGAGAGCTTGAGGTGCTCTCTGGAGTGCTTTGCAG 14 171 1 GAAGATATCCCCATGGACAGTTAAAGGTTGTCCATGAAAT 15 13 1 ACCGGGTCAGTGATGGACATTATATGGGTGGGAGGCCCCA 15 76 1 CCCAGGTCAGTGATGGACATTATATAGGTGGGTATAG 15 143 1 * *** * * * ** * MAP Score: 9.98591 Motif 4 TTACCAGCCTCAGTCTCCTTATAAGTGTGTATTAAAC 3 7 1 CCATTAGATGCCCCCTAATCCAAATTAAGGAATGACCACA 3 68 1 TCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAAGGGAATGGCTCCA 3 233 1 CAGTTTATCACCCCGGCATTACAGGCAAAGAATCTCTTCG 5 136 0 CAGGGGATGGCCCATGATTCCGGTTACATGTGTTTTTCCA 5 181 0 TTGGAGTCAGCTCCATACTCCTTGCCACAGTTTGGACAGA 6 22 1 CAGCGAGTCTCCTCTTCATCTCTTCACTCGTAACCATAAT 6 119 1 CCGCCATCCTCATGATCACAGAACATAAAAA 8 1 1 GAACTTGCTTCCCCTTATTTCTCCTACAAGGTTAGAGTAT 10 27 1 GCATCACACCCCCTAGATCAGTGCCAGTTCCTCCAGGAC 11 23 0 AAATTACATTCCCCTTTCTTCCATTCAAGGGTCACTGGAG 13 10 0 CCAGAGAGCACCTCAAGCTCTCAAACACTGCAAAGTGTAT 14 159 0 GGGAAGATATCCCCATGGACAGTTAAAGGTTGTCCATGAA 15 11 1 **** *** ** * MAP Score: 9.88199 Motif 5 CCTCAAACTGAGGGGTAAAGATATTAACTC 0 29 1 AATCAGGTGCAGGGAGAGAGCA 0 105 1 AGATAATATTAAGGGGAATTGAA 1 36 1 ACACACTTATAAGGAGACTGAGGCTGGTAA 3 10 0 TAAATTCTTAAAAGGGAATGGCTCCATAAA 3 247 1 TGAAAAAGTTAGGGCGAATGGTTAGTTTTA 3 273 0 ACCTATAATCCAGGGGAGAGTGTGAC 5 6 0 AAACTGTGGCAAGGAGTATGGAGCTGACTC 6 25 0 TCGCTGAGAAAAAGGGTATGAGGCCTGGAA 6 95 0 GCACTGATCTAGGGGGTGTGATGC 11 38 1 CCAACATTTAAAAGGTTGTGAAGGTTA 12 32 1 GAATGGAAGAAAGGGGAATGTAATTT 13 24 1 GGATAGTCTGCGAGGGTATGGTGGGGCCTC 15 107 0 ********** MAP Score: 9.65967 Motif 6 CGGTCTCATCCCTCAAACTGAGGGGTAAAGATATTAA 0 19 1 GATACTTCAAGATAATATTAAGGGGAATTGAA 1 27 1 CCATAGGTTACCTATAATCCAGGGGAGAGTGTGAC 5 8 0 AGATTCTTTGCCTGTAATGCCGGGGTGATAAACTGAT 5 141 1 ATAATAATCACATCTAAATTGAGGGAAAGATTAAATC 7 43 1 ACTTTTAATTAATATATCATCGGGGTATTGCTGGTTT 8 55 0 GAGGAACTGGCACTGATCTAGGGGGTGTGATGC 11 29 1 ACCTTCACAACCTTTTAAATGTTGGAAAAAATGAAAA 12 20 0 GTGACCCTTGAATGGAAGAAAGGGGAATGTAATTT 13 15 1 TCCATGAAATACTTATAAATTTTGGTGGCCACGACCG 15 43 1 CAGTGATGGACATTATATGGGTGGGAGGCCCCACCAT 15 83 1 ATATAATGTCCATCACTGACCTGGGTACTCTGGATAG 15 131 0 CAGTGATGGACATTATATAGGTGGGTATAG 15 150 1 TACAGGTCCCCATATAAATTTTTGGTGATATC 16 59 1 *** * ****** MAP Score: 8.41698 Motif 7 TTATCTTGAAGTATCCTTAAATAGATTTCT 1 12 0 TTCAATTCCCCTTAATATTATCTTG 1 34 0 ACCAGCCTCAGTCTCCTTATAAGTGTGTAT 3 12 1 GTCCATTAGATGCCCCCTAATCCAAATTAA 3 66 1 TGATCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAA 3 230 1 AAAAGGGAATGGCTCCATAAAACTAACCAT 3 256 1 AAACTAACCATTCGCCCTAACTTTTTCACT 3 275 1 CTCTTCACTCGTAACCATAATAACACCATA 6 138 1 GGTAACCTTATTATAACAAGC 6 183 0 CGGTATTCACCATATGAGAACTTGC 10 5 1 GAGAACTTGCTTCCCCTTATTTCTCCTACA 10 25 1 ATTAATACAGGTCCCCATATAAATTTTTGG 16 54 1 ********** MAP Score: 7.90694 Motif 8 TCATCCCTCAAACTGAGGGGTAAAGATATTAA 0 24 1 ATACATATTACATTGATGAGGATTCCATGAGA 0 64 1 TTCAAGATAATATTAAGGGGAATTGAA 1 32 1 GTTACGAGTGAAGAGATGAAGAGGAGACTCGC 6 121 0 ATCACATCTAAATTGAGGGAAAGATTAAATCC 7 49 1 CTTGTAGGAGAAATAAGGGGAAGCAAGTTCTC 10 25 0 ACAACCTTTTAAATGTTGGAAAAAATGAAAAA 12 19 0 CCTTGAATGGAAGAAAGGGGAATGTAATTT 13 20 1 GATACTATTTAATTGATGAATACACTTTGCAG 14 140 1 ACGACCGGGTCAGTGATGGACATTATATGGGT 15 73 1 GTACCCAGGTCAGTGATGGACATTATATAGGT 15 140 1 ** ******* * MAP Score: 6.72727 Motif 9 TTGATGAGGATTCCATGAGAATAGTTCTCA 0 76 1 AAAAATTTTGGTCCATTAGATGCCCCCTAA 3 56 1 TGGTAGTCATATCCATGGGATGAATTCCAA 3 129 1 GTTACCTATAATCCAGGGGAGAGTGTGAC 5 9 0 ATATTGTAAGTACCATGAGAAAAAAAATCA 5 74 1 GAGAGGCTGTGCCCAGGGGATGGCCCATGA 5 204 0 GCTCATGATGGTCCTGGAGGAACTGGCACT 11 13 1 ACCTTTAACTGTCCATGGGGATATCTTCCC 15 11 0 GTTAAAGGTTGTCCATGAAATACTTATAAA 15 32 1 ********** MAP Score: 6.22663 Motif 10 TTCAAGATAATATTAAGGGGAATTGAA 1 32 1 ATGGTAGTCATATCCATGGGATGAATTCCAACCA 3 128 1 ACTTTAAACTGTTAGAGGTGATTTGA 4 77 1 CATGATTCCGGTTACATGTGTTTTTCCAGTTATC 5 175 0 TTTCCCTCAATTTAGATGTGATTATTATCTACTC 7 37 0 TCTGGAGGTATCTGCAGGTGTTTTT 9 14 1 AACTGGCACTGATCTAGGGGGTGTGATGC 11 33 1 TCCAGTCATGTTTTCAGGAGTTTTTGTTATATCA 14 29 1 GTGTTTGAGAGCTTGAGGTGCTCTCTGGAGTGCT 14 171 1 AACCTTTAACTGTCCATGGGGATATCTTCCCC 15 8 0 TGATGGACATTATATAGGTGGGTATAG 15 153 1 TAAATATTTATGTTGAGGTGGTTAA 16 1 0 * * ***** *** MAP Score: 6.05821 Motif 11 GGACGGTCTCATCCCTCAAACTGAGGGGTAAAGATATT 0 16 1 CATTTGCAATTTTTATATTAATCTGTGGTCATTCCTTA 3 93 0 AGCCATTCCCTTTTAAGAATTTAGGGGGCACACCGGAT 3 232 0 TTGCCATAGGTTACCTATAATCCAGGGGAGAGTGTGAC 5 10 0 AAGAGATTCTTTGCCTGTAATGCCGGGGTGATAAACTG 5 138 1 GTAACTTTTAATTAATATATCATCGGGGTATTGCTGGT 8 57 0 ACTCTAACCTTGTAGGAGAAATAAGGGGAAGCAAGTTC 10 27 0 CTGGAGGAACTGGCACTGATCTAGGGGGTGTGATGC 11 26 1 CCAGTGACCCTTGAATGGAAGAAAGGGGAATGTAATTT 13 12 1 GGGTCAGTGATGGACATTATATGGGTGGGAGGCCCCAC 15 79 1 CTGGATAGTCTGCGAGGGTATGGTGGGGCCTCCCACCC 15 101 0 AGGTCAGTGATGGACATTATATAGGTGGGTATAG 15 146 1 ** * *** **** MAP Score: 4.74049 Motif 12 AATATCTTTACCCCTCAGTTTGAGGGATGAGACCGTCCCGGC 0 12 0 CATCAACCAATGTTTAAGTGAAAGCATATAAATAAATGTTTA 3 160 1 CCCCTAAATTCTTAAAAGGGAATGGCTCCATAAAACTAACCA 3 243 1 TCTCAAATTCCTAAGCAGTTAGAGAGTAGATAATAATCACAT 7 14 1 CTTATTTCTCCTACAAGGTTAGAGTATTCAAACATCTTTATA 10 40 1 GCCTAATAATCTATTCAGTGAACGATCATAGAATCCTGGA 14 210 1 TGGCCACGACCGGGTCAGTGATGGACATTATATGGGTGGGAG 15 68 1 CCAGAGTACCCAGGTCAGTGATGGACATTATATAGGTGGGTA 15 135 1 * ****** * * * MAP Score: 3.89613 Motif 13 CTGCCGGGACGGTCTCATCCCTCAAACTGA 0 6 1 TGGGAGACGACCCCAGCGAACTTTTTT 2 3 1 TTTGGTCCATTAGATGCCCCCTAATCCAAATTAA 3 62 1 TCCAAATTAAGGAATGACCACAGATTAATATAAA 3 86 1 TAAATGATCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAA 3 226 1 TTCTTAAAAGGGAATGGCTCCATAAAACTAACCA 3 251 1 CTGTGCCCAGGGGATGGCCCATGATTCCGGTTAC 5 194 0 AAGGAGTATGGAGCTGACTCCAACTTCTGCGACG 6 11 0 ATTATATGGGTGGGAGGCCCCACCATACCCTCGC 15 94 1 TCAACATTAATACAGGTCCCCATATAAATTTTTG 16 49 1 ** * * ***** * MAP Score: 3.68184