AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_operons014_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944244657
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH216	96	acetyl-CoA synthetase
#1	MTH217	134	acetyl-CoA synthetase
#2	MTH657	96	long-chain-fatty-acid-CoA ligase
#3	MTH659	216	epoxidase
#4	MTH700	110	conserved protein
#5	MTH702	27	acetyl-CoA synthetase related protein
#6	MTH978	95	NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
#7	MTH980	74	conserved protein
#8	MTH981	21	aminopeptidase P
#9	MTH982	104	unknown
#10	MTH1193	146	transcriptional regulator
#11	MTH1194	35	acetylpolyamine aminohydolase
#12	MTH1603	63	acetyl-CoA synthetase
#13	MTH1856	107	sodium/proline symporter (proline permease)
#14	MTH1861	300	molybdenum cofactor biosynthesis MoaB

Motif 1
ATAATATTTATTATAAATTTTTTATTAATAA	1	31	0
  TGTGGTAATTATAAATAATAGGCGCCAGA	7	8	1
GGATGTTCCCTTATAAATGTTTATCTGAAGA	10	37	0
TTAATAATCATTATTAATTTTTCCTGACGCT	4	75	1
TATTTTACTATTATTAATCATGATAGATAAT	1	57	0
TTAATAATGATTATTAATGATAAATGTCTCT	4	61	0
GAAAGTTATATTATAAAGTTTTTTAAGTGAA	10	107	0
ACAGCACTATTTATAAAGTTTTCGTTAGGTT	14	30	0
ACCAGAAGACTTATAAATCACGCCCACATAA	14	240	1
GACCAAATCGTCATAAATTTTTATTACTTTT	14	162	1
TATAAATTTTTTATTAATAACCTCGAAAAAA	1	20	0
ACTGTCATTATCATTAATTATAATTTGATGG	13	67	1
AGATTCAAAATTATAAATCAATCAAAGCCGG	6	18	0
ATCCCCTATCTTATAAAAGTTGATGACTTCT	10	64	1
TTCTCTCAACTTATATATTTTACTATTATTA	1	72	0
          ******** **
MAP Score: 19.1651

Motif 2
       CCCACCTCATTTTTTTCGAGGTTATT	1	3	1
TTTCATACCGCCATCTTTTTCTTGGTTGGTAGT	1	110	0
AGAAGCCTATACCTCCCGAGATAAGGAAGCAGC	2	27	1
   AAATCCACCCTTATAAGTTAATCTTCCTCC	2	76	0
CGAATCCATTACCCCCTCAGATATTACATGGAA	3	12	1
CAGGCGGTGTCCCCTGTGTGGTAGTA       	5	3	0
TCATCATGGCACCCCATGTTCTATATATAAGGA	9	49	1
TTAAGAGTATACCTCCTTATATATAGAACATGG	9	62	0
    TAATTACCCTCCTTTTTTATTTTCCCATC	10	6	1
TTTTATTTTCCCATCTTCAGATAAACATTTATA	10	24	1
AAGGGAACATCCCCTATCTTATAAAAGTTGATG	10	56	1
          CCCCCTTCTGTTAATATTTTTTT	12	50	0
TGATTATAATCCCCTTTCTGACAAGGAGAGAAA	14	190	0
          ***** * ** **
MAP Score: 10.7259

Motif 3
GGTCATAAACTGAACGCCGCCCTCATCGAAGAACTGAAAA	0	40	1
AAAGAAGCCTATACCTCCCGAGATAAGGAAGCAGCTTGAG	2	25	1
TACGAATCCATTACCCCCTCAGATATTACATGGAATGGTT	3	10	1
ATCTCCTAAATGATCTCCGGTTATCTGAAAATATGTCAAT	3	72	0
TGCACATTTTTAAACAGCAATTTTTTTAAACTGAGATTTT	3	146	1
AATTAAGAGTATACCTCCTTATATATAGAACATGGGGTGC	9	57	0
TTATAAGGGAACATCCCCTATCTTATAAAAGTTGATGACT	10	52	1
     ATTATTTATCCCCTGAATCAGAAAATGATAACCAT	11	5	1
TTACTATATATTAACAGCACTATTTATAAAGTTTTCGTTA	14	34	0
ATTGGAATTGAAACCGCCTCCAATCCAATATCAAACCCTA	14	118	1
          * * * **    **   ***
MAP Score: 4.81999

Motif 4
CAAGAAGGGTCATAAACTGAACGCCGCCCTC	0	33	1
CTTCATAGAGCAGAGAAAGAAGCCTATACCT	2	10	1
GTTCGTCATGCATATGCTGATGCTCTGCACA	3	121	1
TTAATTTTTCCTGACGCTGATGAGGTGTAAT	4	88	1
TAGTTAGTAACAGAGCATGATGTTACACTGG	7	39	1
TGTACTGAACCAGGCACTGAAGAACATAACA	9	14	0
TCCCCTGAATCAGAAAATGATAACCAT    	11	18	1
       TCCCAGATGCTGATTTAAATAACC	14	3	1
TTTTAGCTTACCGAAAATGATTATAATCCCC	14	209	0
          **** ******
MAP Score: 4.39113

Motif 5
AAGCAGCTTGAGGAGCACCTCGTGGAGGAAGAT	2	53	1
TACATGGAATGGTTGCATCTCTGCAGGGATGTG	3	36	1
ATATGTCAATGTTCACATCCCTGCAGAGATGCA	3	49	0
          GATTACACCTCATCAGCGTCAGG	4	97	0
CTACCACACAGGGGACACCGCCTGG        	5	12	1
TCCAGAGCAGGGCTACGTCTCTGTGGGCTGATC	6	53	1
        CTGGAAACACCCCGTAAAGGATCAG	6	80	0
CAGATTTCATCATGGCACCCCATGTTCTATATA	9	43	1
GTTTAATTAAGAGTATACCTCCTTATATATAGA	9	68	0
ACATTTATAAGGGAACATCCCCTATCTTATAAA	10	48	1
          **  ******* *
MAP Score: 4.26085

Motif 6
TTTTTCGAGGTTATTAATAAAAAATTTATA	1	21	1
TCTATCATGATTAATAATAGTAAAATATAT	1	61	1
CTCTGCACATTTTTAAACAGCAATTTTTTT	3	143	1
TAAACTGAGATTTTAGATAATAGATACAGC	3	172	1
  TGTGGTAATTATAAATAATAGGCGCCAG	7	8	1
CGCCAGATAGTTAGTAACAGAGCATGATGT	7	32	1
GTATACCTCCTTATATATAGAACATGGGGT	9	59	0
TTAATTCATGATTTAAATAGTTGGCAGAAT	12	22	0
AATTAAAAAAATATTAACAGAAGGGGG   	12	46	1
ATATAAGTCTTTAGAGACAGAAAAAACAAG	13	33	0
ATAATTAATGATAATGACAGTTAACATATA	13	58	0
CCAGATGCTGATTTAAATAACCTAACGAAA	14	12	1
AACGAAAACTTTATAAATAGTGCTGTTAAT	14	35	1
CGTTTACTATATATTAACAGCACTATTTAT	14	47	0
          **********
MAP Score: 1.99665

Motif 7
TCGAGGTTATTAATAAAAAATTTATAATAAATATTA	1	25	1
TTATTAATCATGATAGATAATATTTATTATAAATTT	1	42	0
TTATCTATCATGATTAATAATAGTAAAATATATAAG	1	58	1
ATAAAGTTTCTCATCTTAAATGTTTAAGTTCCACAT	4	18	0
AAATTAATAATGATTATTAATGATAAATGTCTCTTC	4	59	0
CTCATCAGCGTCAGGAAAAATTAATAATGATTATTA	4	76	0
CGGCTTTGATTGATTTATAATTTTGAATCTATAATC	6	19	1
     TGTGGTAATTATAAATAATAGGCGCCAGATA	7	5	1
 ACCATTTAATAAGGTTTAATTAAGAGTATACCTCC	9	79	0
CCAACTATTTAAATCATGAATTAAAAAAATATTAAC	12	28	1
CATCAAATTATAATTAATGATAATGACAGTTAACAT	13	61	0
GAGAGAAAAGTAATAAAAATTTATGACGATTTGGTC	14	162	0
GGTTTTTAGCTTACCGAAAATGATTATAATCCCCTT	14	207	0
 CCGTCTACTTAATACTGAATTATGGATGTAACAAT	14	275	0
          * **  * *** ** *
MAP Score: 0.0282097