AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i TH/TH_operons014_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944244679 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MTH216 96 acetyl-CoA synthetase #1 MTH217 134 acetyl-CoA synthetase #2 MTH218 140 chaperonin #3 MTH219 51 unknown #4 MTH220 227 flavoprotein A homolog (II) #5 MTH221 97 unknown #6 MTH222 51 unknown #7 MTH223 163 unknown #8 MTH224 300 conserved protein #9 MTH657 96 long-chain-fatty-acid-CoA ligase #10 MTH659 216 epoxidase #11 MTH660 119 unknown #12 MTH700 110 conserved protein #13 MTH702 27 acetyl-CoA synthetase related protein #14 MTH978 95 NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase #15 MTH980 74 conserved protein #16 MTH981 21 aminopeptidase P #17 MTH982 104 unknown #18 MTH1192 76 conserved protein #19 MTH1193 146 transcriptional regulator #20 MTH1194 35 acetylpolyamine aminohydolase #21 MTH1603 63 acetyl-CoA synthetase #22 MTH1856 107 sodium/proline symporter (proline permease) #23 MTH1861 300 molybdenum cofactor biosynthesis MoaB Motif 1 GGATGTTCCCTTATAAATGTTTATCTGAAG 19 38 0 TCTACCAACATTATAAATATCATGAGAATA 11 85 1 CGCTACAAAGTTAATAATATCTCGAGCAGG 18 17 0 AAATTGCTGTTTAAAAATGTGCAGAGCATC 10 139 0 TTAATAATGATTATTAATGATAAATGTCTC 12 62 0 TTTTTCGAGGTTATTAATAAAAAATTTATA 1 21 1 AACGAAAACTTTATAAATAGTGCTGTTAAT 23 35 1 ATGTAACAATTTATTTATGTGGGCGTGATT 23 255 0 ATATAAACATTTATTTATATGCTTTCACTT 8 113 1 ACACCTGTTATAAATAACTCTGTTATA 7 146 0 TGTGGTAATTATAAATAATAGGCGCCAG 15 8 1 TCTATCATGATTAATAATAGTAAAATATAT 1 61 1 TTAATAATCATTATTAATTTTTCCTGACGC 12 75 1 ATTGTATAATTTAATAATGAAGTTCAACAT 4 199 1 ATTGGTGCTATTAAAAATAGGCGGCAAGTA 7 108 0 ATAATATTTATTATAAATTTTTTATTAATA 1 32 0 ATTTAATTATGTGGAACTTAAA 12 2 1 ACCGGATCATTTAATAATTTGAAGAATTCC 8 79 1 TCTACACAAATTATTTATAGAACCTTAAAC 2 110 1 AACTTATTATTTAAAAATTTTGGTCCATTA 8 244 0 GTATACCTCCTTATATATAGAACATGGGGT 17 59 0 ATTCAGATGTTTATTAATTAAAAAAAATAG 4 11 0 CTCCAGTCAATTATTTATTTCCAGGAAGAG 2 24 1 GTCATTATCATTAATTATAATTTGATGGAT 22 70 1 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TGTGGTAATTATAAATAATAGGCGCCAGATAGTTA 15 10 1 ACCTCCTTATATATAGAACATGGGGTGCCATGATG 17 50 0 GAAGATGGGAAAATAAAAAAGGAGGGTAATTA 19 7 0 ATCCCCTATCTTATAAAAGTTGATGACTTCTTCTA 19 64 1 TTAAAAAAATATTAACAGAAGGGGG 21 48 1 AATTTGATGGATTTAAAGGAGGATGTTGA 22 88 1 AACGAAAACTTTATAAATAGTGCTGTTAATATATA 23 35 1 TCACGCCCACATAAATAAATTGTTACATCCATAAT 23 257 1 ***** * ** ** MAP Score: 14.1678 Motif 3 CTTTTCAGTTCTTCGATGAGGGCGGCGTTCAGTTTAT 0 44 0 ATAATAGTAAAATATATAAGTTGAGAGAAACTTACTA 1 74 1 CTACTACCAACCAAGAAAAAGATGGCGGTATGAAAA 1 108 1 ATTCGTTCTTCTGGCATAAAGAAAGAGAACATGACCC 4 87 1 ACCGGGCAAACATTCATACGGATAGTGAAAACACATG 5 10 1 GGGATTGGTGCTATTAAAAATAGGCGGCAAGTACTGA 7 104 0 TCCAGTGAAAAAGTTAGGGCGAATGGTTA 8 2 1 GTTTAATACACACTTATAAGGAGACTGAGGCTGGTAA 8 271 1 CCTATACCTCCCGAGATAAGGAAGCAGCTTGAGGAGC 9 32 1 GAGGAAGATTAACTTATAAGGGTGGATTT 9 77 1 ATGTTAGGCACATCCAAAAGGAGAGTGAT 11 2 0 TCTGCAATCACCAATATAAGGATGCCGGTAACCTACT 11 40 1 TATCATGAGAATAAAAAAAGTAGAGAG 11 102 1 AGATGAGAAACTTTATTAAGGGAAGAGACATTTATCA 12 38 1 TTCAGATAAACATTTATAAGGGAACATCCCCTATCTT 19 39 1 AAGTCATCAACTTTTATAAGATAGGGGATGTTCCCTT 19 56 0 CTGTTAATATATAGTAAACGGGTAGGGTCCAGGACTT 23 57 1 ATCCATAATTCAGTATTAAGTAGACGG 23 283 1 * ****** ** * MAP Score: 13.3384 Motif 4 GCCTGAAAAATCAGCACCACAAATTGTATAA 4 130 1 CTCAACACCACATTCCAGTGTA 15 62 0 TCATCACCAGAGGACAGAGAG 16 10 0 TTAATCACCTCAGTTTACATAT 5 85 0 CCCAAAATCAGCACCACCTCACCCCATAAAA 4 169 1 GACTTATAAATCACGCCCACATAAATAAATT 23 247 1 TACGAATCCATTACCCCCTCAGATATTACAT 10 10 1 ATTCAGTGAACCCCCAGAGTAGAGGCAG 6 7 1 CTATTATTTATAATTACCACA 15 0 0 CCAAATTAAGGAATGACCACAGATTAATATA 8 200 0 ATTATTTATCCCCTGAATCAGAAAAT 20 5 1 CTTAAATGTTTAAGTTCCACATAATTAAAT 12 9 0 TTCGGTAAGCTAAAAACCAGAAGACTTATAA 23 225 1 *** ******* MAP Score: 7.57885 Motif 5 ATAAACTGAACGCCGCCCTCATCGAAGAACTGAAAAGACACCT 0 44 1 CCACACGCCACCATCTCCAGTCAATTATTTATTTCCAGGAA 2 8 1 CAAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCACCACCTCACC 4 149 1 AAAATCAGCACCACCTCACCCCATAAAATTGTATAATTTAATA 4 172 1 AATAACCTCCTACATGCCAGCAAGAACCGCCAGTTC 7 3 1 AGTTTTATGGAGCCATTCCCTTTTAAGAATTTAGGGGGCACAC 8 38 1 TGGGATGAATTCCAACCATCAACCAATGTTTAAGTGAAAGCAT 8 131 0 GGTTACCAGCCTCAGTCTCCTTATAAGTGTGTATTAAACTTAT 8 267 0 TACGAATCCATTACCCCCTCAGATATTACATGGAATGG 10 5 1 GGATGCCGGTAACCTACTTCCGAAAATCTACCAACATTATAAA 11 59 1 TTTTTTATTTTCCCATCTTCAGATAAACATTTATAAGGGAACA 19 22 1 ATAAGGGAACATCCCCTATCTTATAAAAGTTGATGACTTCTTC 19 54 1 TCAACATCCTCCTTTAAATCCATCAAATTATAATT 22 82 0 TTGGAATTGAAACCGCCTCCAATCCAATATCAAACCCTACCCA 23 119 1 AATGATTATAATCCCCTTTCTGACAAGGAGAGAAAAGTAATAA 23 182 0 * ** ** ** ** * MAP Score: 7.20207 Motif 6 TCGAGGTTATTAATAAAAAATTTATAATAAATATTATCTA 1 25 1 TTTATTTCCAGGAAGAGGAATCCATCTGCAACTCTTCCAG 2 37 1 AATATAAATATGAACATCCATTCATATGTAAACTGAGGTG 5 62 1 GGGGCACACCGGATCATTTAATAATTTGAAGAATTCCAGT 8 72 1 AATTAAGGAATGACCACAGATTAATATAAAAATTGCAAAT 8 188 0 AATAATAAGTTTAATACACACTTATAAGGAGACTGAGGCT 8 263 1 ACCTCGTGGAGGAAGATTAACTTATAAGGGTGGATTT 9 69 1 TGCAGGGATGTGAACATTGACATATTTTCAGATAACCGGA 10 57 1 CTTTATTAAGGGAAGAGACATTTATCATTAATAATCATTA 12 48 1 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GCTACAAAGTTAATAATATCTCGAGCAGGTGAACTG 18 5 0 ATTATGGATGTAACAATTTATTTATGTGGGCGTGATTTATA 23 251 0 ** * *** **** MAP Score: 4.12456 Motif 8 GAAGGGTCATAAACTGAACGCCGCCCTCATCGAAG 0 36 1 GAAGAACTGAAAAGACACCTTCGCCATGAACTCGG 0 67 1 AGAGGAATCCATCTGCAACTCTTCCAGTAAGTCTG 2 50 1 AAAGAAAGAGAACATGACCCATTCCAGCCTGAAAA 4 104 1 CACAAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCA 4 147 1 CACCCCCCCCAAAATCAGCACCACCTCACCCCATA 4 162 1 CATGCCAGCAAGAACCGCCAGTTCCAGTTAGTCAG 7 22 1 GCCTATTTTTAATAGCACCAATCCCATATCTATAA 7 116 1 TAGAGCAGAGAAAGAAGCCTATACCTCCCGAGATA 9 15 1 ATCCCTGCAGAGATGCAACCATTCCATGTAATATC 10 31 0 TACTACCACACAGGGGACACCGCCTGG 13 9 1 TTAAATTGGAATTGAAACCGCCTCCAATCCAATAT 23 114 1 CTCCAATCCAATATCAAACCCTACCCAGACCAAAT 23 135 1 * * **** ** ** MAP Score: 3.99507 Motif 9 GAGGTGGTGCTGATTTTGGGGGGGGTGATTATACAATTT 4 150 0 AATTATACAATTTTATGGGGTGAGGTGGTGCTGATTTTG 4 171 0 CTCTGTGGGCTGATCCTTTACGGGGTGTTTCCAG 14 71 1 TATAAGTTAATCTTCCTCCACGAGGTGCTCCTCAAGCTG 9 56 0 TCATCAACTTTTATAAGATAGGGGATGTTCCCTTATAAA 19 51 0 AGCATGATGTTACACTGGAATGTGGTGTTGAG 15 52 1 CCCACCTCATTTTTTTCGAGGTTATTAATAAAAAA 1 6 1 AAATATGATGTGATGTGCATTCAGATGTTTATTAATTAA 4 20 0 ATGTAACAATTTATTTATGTGGGCGTGATTTATAAGTCT 23 246 0 CCATTCCATGTAATATCTGAGGGGGTAATGGATTCGTA 10 9 0 ACATCCATTCATATGTAAACTGAGGTGATTAA 5 75 1 TAACAGTTCGTCATGCATATGCTGATGCTCTGCACATTT 10 116 1 AAACAGCAATTTTTTTAAACTGAGATTTTAGATAATAGA 10 157 1 CTCTCTGTCCTCTGGTGATGA 16 0 1 TGGGCGTGATTTATAAGTCTTCTGGTTTTTAGCTTACCG 23 227 0 TTTTCTCTCCTTGTCAGAAAGGGGATTATAATCATTTTC 23 189 1 GGGGTGATTATACAATTTGTGGTGCTGATTTTTCAGGCT 4 129 0 * * * ** **** * MAP Score: 2.91855 Motif 10 TTTTCATACCGCCATCTTTTTCTT 1 120 0 ATGGATTCCTCTTCCTGGAAATAAATAATT 2 32 0 TTTCTGCAGACTTACTGGAAGAGTTGCAGA 2 61 0 TCACATCATATTTACTGGCAGACTAGTTGT 4 46 1 GCTGATTTTTCAGGCTGGAATGGGTCATGT 4 115 0 ACTGGCGGTTCTTGCTGGCATGTAGGAGGT 7 14 0 CCACTGCTGACTAACTGGAACTGGCGGTTC 7 33 0 TAATAAATATGTGGCTGGCACCACTGCTGA 7 53 0 CTTATCAGTACTTGCCGCCTATTTTTAATA 7 100 1 AAATGTTTATATTACTGGAATTCTTCAAAT 8 95 0 TCGGAAGTAGGTTACCGGCATCCTTATATT 11 52 0 GGCACATACCGGCTTTGATTGATT 14 4 1 TGGTTTTTAGCTTACCGAAAATGATTATAA 23 214 0 ********** MAP Score: 1.41446