AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_operons017_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944244780
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH213	32	ferrous iron transport protein B
#1	MTH214	123	iron repressor
#2	MTH231	256	conserved protein
#3	MTH232	76	conserved protein
#4	MTH233	56	conserved protein
#5	MTH587	263	methionyl-tRNA synthetase
#6	MTH858	101	GTP-binding protein, GTP1/OBG family 
#7	MTH936	36	iron repressor
#8	MTH1362	103	unknown
#9	MTH1375	22	isoleucyl-tRNA synthetase
#10	MTH1376	65	conserved protein
#11	MTH1515	125	GTP-binding protein
#12	MTH1621	83	GTP-binding protein, GTP1/OBG family 

Motif 1
CCTAATTCAATATAAGGTTTTCTAAAACAGGCTGAAA	1	68	0
CCTTATATTGAATTAGGTTTAACTAAACTAACAGTAA	1	88	1
GCATAAGAAAATTTAGGTTAACGGAAAAATAATATAA	2	91	0
 TAGGACCGTTAATCGTATTAATTAAATTAATATTAA	3	9	1
TAATATTAACTGACCGGATGAACAAAAATTATGATCA	3	37	1
TTTAAATCTTATACCGGTTGACCCATAAAGGTATCGA	5	11	1
TCCAGTTTAATTTACGGTTTACTTCTATATAAATTTA	5	172	0
TAACTGCTCATGAGGGGATTAAAGATATCTCCGCACA	6	25	1
TCCACAGAAGTTACAGGTTTAATGAGAGTGATTTT  	6	76	1
ATATATAAAGTTTTAGGTTTACCTAAACCATGTTGCA	8	32	0
TTTATATATGATTTAGGTGTAACTAAATTTTAGGATT	8	60	1
TGTAACTAAATTTTAGGATTTCCTAAAGGTGGTATC 	8	77	1
GGTTTATGGTTTTGGGGTGATGATATAAATAAGTATA	10	32	0
AATATGAAGGTTATGGGATATAAAATATAAGGGAAAA	12	26	1
AAAATATTTAATAATGGATAATAGAGAACACTGA   	12	59	1
          ***  **** *   * *
MAP Score: 11.5109

Motif 2
TTTTCAGCCTGTTTTAGAAAACCTTATATTGAATTA	1	67	1
CTTACTGTTAGTTTAGTTAAACCTAATTCAATATAA	1	90	0
GAAAATTTAGGTTAACGGAAAAATAATATAAACATG	2	86	0
TCGAACCGCAGTTTTGGGCATGCTGATCTGGCCTTG	5	62	1
TGGCCTTGAGGTTGTGGTTTCCCTGAATCCAGTACC	5	90	1
TCAGCGGCGTGTTGCCGTGATTATGACCGCAAGACA	5	126	1
TTAATTTACGGTTTACTTCTATATAAATTTATTTGA	5	167	0
CTCATGAGCAGTTAGCTTCAGCATGAACT       	6	3	0
ATCCACAGAAGTTACAGGTTTAATGAGAGTGATTTT	6	75	1
CTGCAACATGGTTTAGGTAAACCTAAAACTTTATAT	8	31	1
TTTATATATGATTTAGGTGTAACTAAATTTTAGGAT	8	60	1
TGTAACTAAATTTTAGGATTTCCTAAAGGTGGTATC	8	77	1
TAATATGAAGGTTATGGGATATAAAATATAAGGGAA	12	25	1
          ***  **  *  ****
MAP Score: 7.72901

Motif 3
TGTTTTAGAAAACCTTATATTGAATTAGGTTTAACTAAACTAA	1	76	1
TCCTTCAGTGATTTTTTTAATGTGTGTCTTTAATGTGTGTCAG	2	20	1
AAAAAATTTCATGTTTATATTATTTTTCCGTTAACCTAAATTT	2	77	1
CGGCGAATAAATATATAAATGTCTTCTGCATAAGAAAATTTAG	2	112	0
TATAAGATTCAGCTTTTTAATAGATGACGGCGAATAAATATAT	2	139	0
GATTCATGGGAGGTATGTAGACGTTATCCATATCAATCACTGA	4	21	1
     GTTTAAATCTTATACCGGTTGACCCATAAAGGTATCGA	5	5	1
ACTCAAATAAATTTATATAGAAGTAAACCGTAAATTAAACTGG	5	165	1
CTCCTCCTTGAATCATGAACCAGATCAGAATAAGACGGGTCGA	5	224	0
         AACCTATTTAAGTTTTGTCATTTATATTCATGAA	7	12	0
      GGCTATTCTTTTATTTTTTAACTGCAACATGGTTTAG	8	4	1
TACACCTAAATCATATATAAAGTTTTAGGTTTACCTAAACCAT	8	38	0
GGATGTATATACTTATTTATATCATCACCCCAAAACCATAAAC	10	25	1
GCACGGAGGCAGATATTCACTGGGTCTCAGCAATCTCTCCATT	11	36	1
TTTTCCCTTATATTTTATATCCCATAACCTTCATATTATATGC	12	20	0
          *  *** **     * **    *
MAP Score: 7.49539

Motif 4
ATTAAAAAATTTCATGTTTATATTATTTTTCCG	2	74	1
TCTTATGCAGAAGACATTTATATATTTATTCGC	2	120	1
GGTCAGTTAATATTAATTTAATTAATACGATTA	3	19	0
TTTACTTCTATATAAATTTATTTGAGTCCATGT	5	159	0
TATTTAAGTTTTGTCATTTATATTCATGAAAG 	7	9	0
       GGCTATTCTTTTATTTTTTAACTGCA	8	3	1
TAGGTAAACCTAAAACTTTATATATGATTTAGG	8	44	1
TGGATGTATATACTTATTTATATCATCACCCCA	10	24	1
ATATTTTCCCTTATATTTTATATCCCATAACCT	12	33	0
          ** *  *******
MAP Score: 5.24652

Motif 5
TTTTCAGCCTGTTTTAGAAAACCTTATATTGAATTAGGTTTA	1	67	1
TATTGAATTAGGTTTAACTAAACTAACAGTAAGGCTTTAG  	1	93	1
GCAGGATCACTAATTAAAAAATTTCATGTTTATATTATTTTT	2	62	1
AAATGTCTTCTGCATAAGAAAATTTAGGTTAACGGAAAAATA	2	97	0
CTCTAAGACCTGATCATGGAATATGGAGATAAGCCTGTGAA 	2	225	1
ACCGTTAATCGTATTAATTAAATTAATATTAACTGACCGGAT	3	14	1
TTAACTGACCGGATGAACAAAAATTATGATCAGGTAGATTTG	3	42	1
GCAAGACATGGACTCAAATAAATTTATATAGAAGTAAACCGT	5	154	1
TATGATTTAGGTGTAACTAAATTTTAGGATTTCCTAAAGGTG	8	66	1
TGAAGGTTATGGGATATAAAATATAAGGGAAAATATTTAATA	12	30	1
          *  * *   **  * * * * *
MAP Score: 5.0935

Motif 6
GTGGGGGATCATCCCCCTCAAATTCCCTAGGGGA	1	19	1
GCCTGTTTTAGAAAACCTTATATTGAATTAGGTT	1	73	1
TGTTAGTTTAGTTAAACCTAATTCAATATAAGGT	1	87	0
TTATTTTTCCGTTAACCTAAATTTTCTTATGCAG	2	96	1
GGCCAGATCAGCATGCCCAAAACTGCGGTTCGAT	5	61	0
TGAGGTTGTGGTTTCCCTGAATCCAGTACCTCAG	5	96	1
TTATATAGAAGTAAACCGTAAATTAAACTGGATT	5	177	1
AACTGGATTTAATTGCCTTAAATCGACCCGTCTT	5	202	1
CATGGTTTAGGTAAACCTAAAACTTTATATATGA	8	37	1
CTAAAATTTAGTTACACCTAAATCATATATAAAG	8	59	0
CCACCTTTAGGAAATCCTAAAATTTAGTTACACC	8	75	0
TATTTATATCATCACCCCAAAACCATAAACCATT	10	38	1
       AAAATTACCCCTATTCCATCAAATCAG	11	3	1
          ** * **  *****
MAP Score: 4.16196

Motif 7
ACCTTCCTTCAGTGATTTTTTTAATGTGTGTCTTT	2	16	1
TAAAATATAAGGGAAAATATTTAATAATGGATAAT	12	46	1
CTTGATGTGCGGAGATATCTTTAATCCCCTCATGA	6	32	0
GTATTATAAGATTCAGCTTTTTAATAGATGACGGC	2	151	0
TAATATAAACATGAAATTTTTTAATTAGTGATCCT	2	64	0
GATCCACAGAAGTTACAGGTTTAATGAGAGTGATT	6	74	1
TGCAGAAGACATTTATATATTTATTCGCCGTCATC	2	125	1
GTCAGTTAATATTAATTTAATTAATACGATTAACG	3	16	0
          GGCTATTCTTTTATTTTTTAACTGC	8	0	1
CCTGAACTGGATGTATATACTTATTTATATCATCA	10	17	1
          **  *  * ******
MAP Score: 3.84689

Motif 8
CCATACCAACATTTTATTATAATATCCCGGCACTACTTAT	11	91	1
TGCAGAAGACATTTATATATTTATTCGCCGTCATCTATTA	2	125	1
CGTATTAATTAAATTAATATTAACTGACCGGATGAACAAA	3	23	1
AAAAAATTTCATGTTTATATTATTTTTCCGTTAACCTAAA	2	77	1
ATATCCCATAACCTTCATATTATATGCAGGTGATTTT   	12	7	0
GTAAACCTAAAACTTTATATATGATTTAGGTGTAACTAAA	8	47	1
GTGTAACTAAATTTTAGGATTTCCTAAAGGTGGTATC   	8	76	1
GGATGTATATACTTATTTATATCATCACCCCAAAACCATA	10	25	1
TAAGGCAATTAAATCCAGTTTAATTTACGGTTTACTTCTA	5	182	0
CAGGCTGAAAAAATAGTGAATGGGTTCCCCTAGGGAATTT	1	38	0
          *  *   ****   *  ***
MAP Score: 3.79966

Motif 9
ACATTAAAGACACACATTAAAAAAATCACT	2	26	0
ATCCTGCTGACACACATTAAAGACACACAT	2	39	0
TACTCATGACCATATATTAATCTTGCTGCC	2	183	1
ATCCCGGCACTACTTATTAAT         	11	114	1
TCAGCAGGATCACTAATTAAAAAATTTCAT	2	59	1
TATTCGCCGTCATCTATTAAAAAGCTGAAT	2	146	1
   AAAATCACTCTCATTAAACCTGTAACT	6	84	0
TGGATGTATATACTTATTTATATCATCACC	10	24	1
ACACCTAAATCATATATAAAGTTTTAGGTT	8	50	0
CCGTTAATCGTATTAATTAAATTAATATTA	3	15	1
AGAAGACATTTATATATTTATTCGCCGTCA	2	128	1
          **********
MAP Score: 3.14147

Motif 10
GGGAATTTGAGGGGGATGATCCCCCACCAT	1	16	0
TACCTTCCTTCAGTGATTTTTTTAATGTGT	2	15	1
CGGCGTGTTGCCGTGATTATGACCGCAAGA	5	130	1
GGTTTAATGAGAGTGATTTT          	6	91	1
TATGGTTTTGGGGTGATGATATAAATAAGT	10	35	0
GATGGAATAGGGGTAATTTT          	11	0	0
TGCTGAGACCCAGTGAATATCTGCCTCCGT	11	38	0
TATTATATGCAGGTGATTTT          	12	0	0
          **********
MAP Score: 2.25825

Motif 11
TGTTAGTTTAGTTAAACCTAATTCAATATAAGG	1	88	0
ATTATTTTTCCGTTAACCTAAATTTTCTTATGC	2	95	1
TAACTGACCGGATGAACAAAAATTATGATCAGG	3	43	1
TTACGGTTTACTTCTATATAAATTTATTTGAGT	5	165	0
   AGTTCATGCTGAAGCTAACTGCTCATGAGG	6	7	1
TATCTCCGCACATCAAGATAAATAGATCCACAG	6	50	1
      CTTTCATGAATATAAATGACAAAACTT	7	4	1
TAAAGTTTTAGGTTTACCTAAACCATGTTGCAG	8	31	0
CTAAAATTTAGTTACACCTAAATCATATATAAA	8	60	0
          * *  ********
MAP Score: 1.82341

Motif 12
AAAAATCACTGAAGGAAGGTAGAACC       	2	3	0
GAGTTACGGCGCAGGCAGCAAGATTAATATATG	2	193	0
TTGATTCATGGGAGGTATGTAGACGTTATCCAT	4	19	1
CATCAAATCAGCACGGAGGCAGATATTCACTGG	11	26	1
          * *** *** ***
MAP Score: 0.705136