AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_operons018_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944244848
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH151	75	methyl coenzyme M reductase system, component A2 homolog
#1	MTH155	228	rubredoxin
#2	MTH220	227	flavoprotein A homolog (II)
#3	MTH221	97	unknown
#4	MTH222	51	unknown
#5	MTH223	163	unknown
#6	MTH224	300	conserved protein
#7	MTH753	292	conserved protein
#8	MTH756	145	rubrerythrin
#9	MTH821	56	histone HMtA1
#10	MTH822	171	rubrerythrin
#11	MTH1350	108	flavoprotein AI
#12	MTH1453	160	6Fe-6S prismane-containing protein

Motif 1
AGTTTTACTGACATAATAACTTTATGCG         	0	1	0
TATGGTGCTTCTAGTATATATTCATGGAGCCGGTGGC	0	46	1
CCATTAAACAAATTATCAGATGTATGCCGGGTCTCTC	1	131	1
TTTTTTAATTAATAAACATCTGAATGCACATCACATC	2	16	1
TCATTATTAAATTATACAATTTTATGGGGTGAGGTGG	2	182	0
AATGGATGTTCATATTTATATTTATGGATATAGTGTC	3	47	0
TAATCACCTCAGTTTACATATGAATGGATGTTCATAT	3	69	0
GGGTATAAGTAATAAATATGTGGCTGGCACCACTGCT	5	55	0
AGTTAGGGCGAATGGTTAGTTTTATGGAGCCATTCCC	6	21	1
CATATAAATAAATGTTTATATTACTGGAATTCTTCAA	6	97	0
ACCATCAACCAATGTTTAAGTGAAAGCATATAAATAA	6	123	0
AATTGCAAATGGTAGTCATATCCATGGGATGAATTCC	6	161	0
TAATAAGTTTAATACACACTTATAAGGAGACTGAGGC	6	265	1
CCCCCTCACCATTATTTATGTTGATGGCGCTTTATTA	7	260	0
GGTACGCTCTAATATTTAAATTTATTGGTTACGG   	9	7	0
        AAAAAAATCACCTCACTGCTTATACCAGT	10	152	0
     ACCTCACTCGTTATATCCCTGGAGTCCCCTCC	12	5	1
TCAGTATAAAATGTAACAGATAGATGGGGAGGGGACT	12	32	0
          * *  ***  *  ****
MAP Score: 16.5447

Motif 2
ATTAACTGTCCCATCAAATTCATGTGTATA	7	29	0
CCACCTCACCCCATAAAATTGTATAATTTA	2	182	1
GAAGTAGAGGCCCTAAAATTAGATTAAAAT	10	55	0
CAACCACGTACCATCAAAATCCATGCCTCA	8	55	1
TTTGCAGTGTCCCTAAAAATAAATAAATAG	10	26	0
GGGAATGGCTCCATAAAACTAACCATTCGC	6	28	0
ATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCACCACC	2	157	1
GGGGAGGCGATCATAAAATTCGAATCCTTT	7	60	0
TTTATTACTCTCCTAAAATTTAAAATTATC	1	200	0
TAATAAAGCGCCATCAACATAAATAATGGT	7	260	1
   AATTTCACCTCCAAATTAAGCTGGTAC	9	39	0
GACACTATATCCATAAATATAAATATGAAC	3	47	1
TTACTGGAATTCTTCAAATTATTAAATGAT	6	84	0
TTAAAATTATCTATAAAATTCACTGCGAAA	1	181	0
TAGTTGTCTGCTACAAAAATTCGTTCTTCT	2	69	1
TCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAAGGG	6	55	0
          **********
MAP Score: 13.1664

Motif 3
AAAGTTATTATGTCAGTAAAACTATTAGAAC	0	15	1
ACAACTAGTCTGCCAGTAAATATGATGTGAT	2	45	0
ACATGACCCATTCCAGCCTGAAAAATCAGCA	2	115	1
ACCTCCTACATGCCAGCAAGAACCGCCAGTT	5	14	1
GAACCGCCAGTTCCAGTTAGTCAGCAGTGGT	5	33	1
TCAGCAGTGGTGCCAGCCACATATTTATTAC	5	53	1
ATTTGAAGAATTCCAGTAATATAAACATTTA	6	95	1
       GGTTACCAGCCTCAGTCTCCTTAT	6	286	0
TGATGATGCATGCCAGTTTTTCATTAAGGGG	7	102	0
CCTCAGCAGCTGCCAGACATAAAATGAAAGG	8	80	1
TATTAGAGCGTACCAGCTTAATTTGGAGGTG	9	30	1
TCACTGCTTATACCAGTAATAATATATTAGC	10	138	0
TTTGTCACTATTTCAGTATAAAATGTAACAG	12	50	0
TATAATTTACTGCCAGTTTTTAATATGGTGA	12	88	1
          ********* *
MAP Score: 12.5604

Motif 4
CTATTAGAACTATGGTGCTTCTAGTATATA	0	36	1
TGCAGGACCCGGAGGTCCTTAAAAAAGAGT	1	11	0
TACAATTTGTGGTGCTGATTTTTCAGGCTG	2	128	0
TGATTTTGGGGGGGGTGATTATACAATTTG	2	149	0
GGGGTGAGGTGGTGCTGATTTTGGGGGGGG	2	164	0
ATATGTAAACTGAGGTGATTAA        	3	85	1
CTCTACTCTGGGGGTTCACTGAAT      	4	4	0
CTGGCATGTAGGAGGTTATT          	5	0	0
TATATTAATCTGTGGTCATTCCTTAATTTG	6	200	1
AGAGGAAGCAGAAGGTGACTGAAGATAATA	7	209	1
TATTAATTGAGGGGTTGACTGTACCTTATT	7	235	0
GTATAAGCAGTGAGGTGATTTTTTT     	10	156	1
AGATAGATGGGGAGGGGACTCCAGGGATAT	12	22	0
CAGTTTTTAATATGGTGATTGAAAATGAAG	12	101	1
          **********
MAP Score: 12.5445

Motif 5
        TCGCCACCGGCTCCATGAATATATAC	0	59	0
TTTTTTAAGGACCTCCGGGTCCTGCAGATATTAT	1	15	1
GAAAGAGAACATGACCCATTCCAGCCTGAAAAAT	2	107	1
AAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCACC	2	150	1
CAAAATCAGCACCACCTCACCCCATAAAATTGTA	2	171	1
GCCAGCAAGAACCGCCAGTTCCAGTTAGTCAGCA	5	25	1
TATTTTTAATAGCACCAATCCCATATCTATAACA	5	119	1
TCCATTAGATGCCCCCTAATCCAAATTAAGGAAT	6	217	0
GAATCCTTTAATTAACTGTCCCATCAAATTCATG	7	35	0
GAATTTTATGATCGCCTCCCCTATTAGCATGGAC	7	69	1
CTGTCTTCTTACTACCGAATCCAGATGAAGTACC	7	171	1
TCCTGATTGTATCTCCATTCCCCTTCTGTATCTG	10	83	1
ATATCCCTGGAGTCCCCTCCCCATCTATCTGTTA	12	22	1
          *** **   *****
MAP Score: 9.78559

Motif 6
        TCGCCACCGGCTCCATGAATATATACTAGAA	0	54	0
ATGTATGCCGGGTCTCTCAACACTATAAAGCTTTCGCAG	1	150	1
ATAAACATCTGAATGCACATCACATCATATTTACTGGCA	2	27	1
AGCCTGAAAAATCAGCACCACAAATTGTATAATCACCCC	2	129	1
CCCCAAAATCAGCACCACCTCACCCCATAAAATTGTATA	2	168	1
CTTAAAAGGGAATGGCTCCATAAAACTAACCATTCGCCC	6	26	0
CCTTTAATTAACTGTCCCATCAAATTCATGTGTATAGAT	7	26	0
TTCGAATTTTATGATCGCCTCCCCTATTAGCATGGACCC	7	66	1
CCCTATTAGCATGGACCCCTTAATGAAAAACTGGCATGC	7	87	1
ATAAGGTACAGTCAACCCCTCAATTAATAAAGCGCCATC	7	236	1
         TGGTTCCCCCTCACCATTATTTATGTTGAT	7	272	0
          AATTTCACCTCCAAATTAAGCTGGTACGC	9	37	0
       AAAAAAATCACCTCACTGCTTATACCAGTAAT	10	149	0
TTATATCCCTGGAGTCCCCTCCCCATCTATCTGTTACAT	12	20	1
          *    * ******    **
MAP Score: 8.71439

Motif 7
CCACCTCACCCCATAAAATTGTATAATTTAATAAT	2	182	1
GACACTATATCCATAAATATAAATATGAACATCCA	3	47	1
GAAAGCATATAAATAAATGTTTATATTACTGGAAT	6	104	0
TAATAAAGCGCCATCAACATAAATAATGGTGAGGG	7	260	1
   CCGTAACCAATAAATTTAAATATTAGAGCGTA	9	7	1
TTTGCAGTGTCCCTAAAAATAAATAAATAGTAGTA	10	21	0
GAAGTAGAGGCCCTAAAATTAGATTAAAATTTGCA	10	50	0
TCTGTATCTGCAATAAAGATATATAACTGATGCTA	10	107	1
ACCATGGAACAGAAAAAATTATATAGAAGTTCGTA	11	51	1
GAAATAGTGACAAAAATTATATATAATTTACTGCC	12	67	1
          * *****  *  ***
MAP Score: 7.3795

Motif 8
TCTTTTTATCAGCAGGTACCCTGCTCCTATGG	1	95	1
AGCCTGAAAAATCAGCACCACAAATTGTATAA	2	129	1
AAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCA	2	150	1
CCCCCCCAAAATCAGCACCACCTCACCCCATA	2	165	1
CCTACATGCCAGCAAGAACCGCCAGTTCCAGT	5	18	1
TATTTTTAATAGCACCAATCCCATATCTATAA	5	119	1
TTAAGAATTTAGGGGGCACACCGGATCATTTA	6	60	1
GAATTTTATGATCGCCTCCCCTATTAGCATGG	7	69	1
CTCCCCTATTAGCATGGACCCCTTAATGAAAA	7	84	1
GTAAGAAGACAGCAACTACCGAGCTGCTTAAT	7	151	0
CCGAATCCAGATGAAGTACCGCACAGAGGAAG	7	185	1
GTGATTGAAAATGAAGTACCGCTGCAAGGTAT	12	115	1
          **** * *****
MAP Score: 5.61863

Motif 9
ACTATGGTGCTTCTAGTATATATTCATGGAGCCGGTGGCGA	0	44	1
GGCATACATCTGATAATTTGTTTAATGGGCTGCCATAGGAG	1	118	0
ATTTTATAGATAATTTTAAATTTTAGGAGAGTAATAAAGAT	1	192	1
ATACAATTTGTGGTGCTGATTTTTCAGGCTGGAATGGGTCA	2	118	0
TGGGGTGAGGTGGTGCTGATTTTGGGGGGGGTGATTATACA	2	154	0
TGGAGCCATTCCCTTTTAAGAATTTAGGGGGCACACCGGAT	6	45	1
CCATTTGCAATTTTTATATTAATCTGTGGTCATTCCTTAAT	6	186	1
TGTGGTCATTCCTTAATTTGGATTAGGGGGCATCTAATGGA	6	210	1
CGATCATCTATACACATGAATTTGATGGGACAGTTAATTAA	7	21	1
ATGATGCATGCCAGTTTTTCATTAAGGGGTCCATGCTAATA	7	90	0
TCCCCCTCACCATTATTTATGTTGATGGCGCTTTATTAATT	7	257	0
TGGTACGCTCTAATATTTAAATTTATTGGTTACGG      	9	4	0
TTATTACTACTATTTATTTATTTTTAGGGACACTGCAAATT	10	17	1
ACACTGCAAATTTTAATCTAATTTTAGGGCCTCTACTTCCT	10	46	1
          *  *  * *  **   *** *
MAP Score: 4.49038

Motif 10
CTATTAGAACTATGGTGCTTCTAGTATATAT	0	36	1
GGTGCTGATTTTTCAGGCTGGAATGGGTCAT	2	117	0
TTATACAATTTGTGGTGCTGATTTTTCAGGC	2	130	0
TGGTGCTGATTTTGGGGGGGGTGATTATACA	2	154	0
TATGGGGTGAGGTGGTGCTGATTTTGGGGGG	2	166	0
GGAACTGGCGGTTCTTGCTGGCATGTAGGAG	5	16	0
AAGTAATAAATATGTGGCTGGCACCACTGCT	5	55	0
CACTTAAACATTGGTTGATGGTTGGAATTCA	6	138	1
TTATAAGGAGACTGAGGCTGGTAACC     	6	284	1
ACTTCATTCATCTGATGATGCATGCCAGTTT	7	114	0
CACCATTATTTATGTTGATGGCGCTTTATTA	7	260	0
CAACATAAATAATGGTGAGGGGGAACCA   	7	274	1
TTGATGGTACGTGGTTGAGGGAATGAAATGT	8	41	0
CTGAGGCATGGATTTTGATGGTACGTGGTTG	8	55	0
GTAACAGATAGATGGGGAGGGGACTCCAGGG	12	26	0
CAGTTTTTAATATGGTGATTGAAAATGAAGT	12	101	1
          * *********
MAP Score: 2.74563

Motif 11
     TCGCCACCGGCTCCATGAATATATACTAGAA	0	54	0
CAGACTAGTTGTCTGCTACAAAAATTCGTTCTTCTG	2	64	1
AGCCTGAAAAATCAGCACCACAAATTGTATAATCAC	2	129	1
AAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCACCAC	2	150	1
CCCCCCCAAAATCAGCACCACCTCACCCCATAAAAT	2	165	1
     ATTCAGTGAACCCCCAGAGTAGAGGCAGAGA	4	5	1
CAGCAGTGGTGCCAGCCACATATTTATTACTTATAC	5	54	1
AAATGATCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAAGGG	6	55	0
GAATTTTATGATCGCCTCCCCTATTAGCATGGACCC	7	69	1
ATAAGGTACAGTCAACCCCTCAATTAATAAAGCGCC	7	236	1
TTAATAAAGCGCCATCAACATAAATAATGGTGAGGG	7	259	1
TATCCCTGGAGTCCCCTCCCCATCTATCTGTTACAT	12	23	1
          ***  * ***  * **
MAP Score: 1.41689