AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_operons020_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944244956
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH738	24	conserved protein
#1	MTH739	286	conserved protein
#2	MTH1136	171	methyl viologen-reducing hydrogenase, delta subunit 
#3	MTH1138	51	methyl viologen-reducing hydrogenase, delta subunit homolog FlpD
#4	MTH1141	300	conserved protein (FlpE)
#5	MTH1300	221	coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit 

Motif 1
AATATGACTTTAGAATAATAATATAATAAATTC	1	235	1
AATAATATAATAAATTCATATCAAACCACTTGT	1	251	1
GAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCA	2	38	1
ACCACACATATAAAATTTTCGGAAATTGTTTCA	2	67	1
ATATACCAAGTACAATTATAGTACGATCCAAAA	2	132	1
ACAAACCACGTTAAATATTAAAAAATAATCATC	4	91	1
GCAGGAAATTATAATTCATAATAGATGATTATT	4	114	0
TTTAAAACGGTTAAATGATTAAAATTGGATTTT	4	206	1
CACATGCCTTTTAAATTTTAGGAACATTTATAT	4	268	1
TACTGAACAAAAAATTAATATTATAAACTCTGT	5	72	1
AAGTGATCTATAAAATGATATAAATAGTTTTCA	5	119	1
TTATAAGTTTTTCAATTATAAAAAAAGTGAAAA	5	146	0
ATAACTATTTTTAAATGTTATAAGTTTTTCAAT	5	163	0
TCAAAAAACCTTCAATATTATAACTATTTTTAA	5	182	0
          ****** ***  *
MAP Score: 12.357

Motif 2
TTATAATTGAAAAACTTATAACATTTAAAAATAGT	5	158	1
AACATTTAAAAATAGTTATAATATTGAAGGTTTTT	5	177	1
GAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCACA	2	38	1
GTGGATTTAAAACGGTTAAATGATTAAAATTGGAT	4	201	1
TAAGTTTTTCAATTATAAAAAAAGTGAAAACTATT	5	141	0
AAACCACGTTAAATATTAAAAAATAATCATCTATT	4	93	1
TATGTGGGTCAAGATATATAACACTCAGTATTACT	5	41	1
ATGACTTTAGAATAATAATATAATAAATTCATATC	1	238	1
TACTGAACAAAAAATTAATATTATAAACTCTGTTT	5	72	1
CAGGATAACAAAGCATAAAAAGATACAGTGATATA	1	41	0
AAATTTTAGGAACATTTATATATGTAATAC     	4	280	1
CAATTTCCGAAAATTTTATATGTGTGGTTAAAATT	2	60	0
TCATACTTCTAATTAATATATCACTGTATCTTTTT	1	25	1
AGGTTTTTTGAACTTTAAAAACAAGAG        	5	204	1
AAGCTAAAAAAAGGTTTAAATATGACTTTAGAATA	1	217	1
AAATGTTCCTAAAATTTAAAAGGCATGTGAACCAT	4	262	0
          **   ****** * *
MAP Score: 10.3742

Motif 3
GAGATCAGAGTACAAACCACGTTAAATATTAAAAAATAATCAT	4	80	1
TTATTGTGGATTTAAAACGGTTAAATGATTAAAATTGGATTTT	4	196	1
  CTCTTGTTTTTAAAGTTCAAAAAACCTTCAATATTATAACT	5	190	0
GTATTACATATATAAATGTTCCTAAAATTTAAAAGGCATGTGA	4	267	0
TTTTTTATAATTGAAAAACTTATAACATTTAAAAATAGTTATA	5	154	1
CAGACAATACTGCAAGCTAAAAAAAGGTTTAAATATGACTTTA	1	204	1
GGGAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCACACATATA	2	36	1
TATTGTGATTTTCATGTAATTACAATGGTTCACATGCCTTTTA	4	238	1
TTTTCAATTATAAAAAAAGTGAAAACTATTTATATCATTTTAT	5	128	0
ACCACACATATAAAATTTTCGGAAATTGTTTCATAAGTAACCT	2	67	1
          *  ***       **   ** **
MAP Score: 9.13222

Motif 4
ACATGAATAATTAACACGACTATTTAAATG	1	155	0
ATAAATTCATATCAAACCACTTGTGGGGTA	1	260	1
TTTATTATTTTTAATACCACTCCCCTTCCA	2	30	0
ATAATAAAAATTTTAACCACACATATAAAA	2	52	1
GTAACCTTTATACTTACCACTCCTAAACCA	2	103	1
        GCTTCAATCCAGTGATCCTAAC	4	2	1
GAGATCAGAGTACAAACCACGTTAAATATT	4	80	1
TTTAACCGTTTTAAATCCACAATAATCTAA	4	191	0
AAATGTGTTGTTAACACCAGGAAGGTGAG 	5	9	0
          **********
MAP Score: 3.37536

Motif 5
AAAGCATAAAAAGATACAGTGATATATTAATTAGAAGTATG	1	26	0
GATGTCGGCACCGGCATAATTGCATAACAATGCCCTCAGGA	1	71	0
ACAATACTGCAAGCTAAAAAAAGGTTTAAATATGACTTTAG	1	207	1
TTTAAATATGACTTTAGAATAATAATATAATAAATTCATAT	1	231	1
GAAGGGGAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCACA	2	32	1
AAGGTTACTTATGAAACAATTTCCGAAAATTTTATATGTGT	2	70	0
TACCACTCCTAAACCATATACCAAGTACAATTATAGTACGA	2	117	1
AGAGTACAAACCACGTTAAATATTAAAAAATAATCATCTAT	4	86	1
AAATATTAAAAAATAATCATCTATTATGAATTATAATTTCC	4	103	1
AACCGTTTTAAATCCACAATAATCTAAAATTATGGCCATGC	4	177	0
GTGGATTTAAAACGGTTAAATGATTAAAATTGGATTTTATT	4	201	1
CATTGTAATTACATGAAAATCACAATAAAATCCAATTTTAA	4	224	0
   GTATTACATATATAAATGTTCCTAAAATTTAAAAGGCA	4	272	0
ACTCAGTATTACTGAACAAAAAATTAATATTATAAACTCTG	5	63	1
AATAATAAGTGATCTATAAAATGATATAAATAGTTTTCACT	5	113	1
AAGTTTTTCAATTATAAAAAAAGTGAAAACTATTTATATCA	5	134	0
CTTTTTTTATAATTGAAAAACTTATAACATTTAAAAATAGT	5	152	1
AAAACTTATAACATTTAAAAATAGTTATAATATTGAAGGTT	5	168	1
          *    * ***     ** ***
MAP Score: 2.5038