AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_operons020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944244977
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH738	24	conserved protein
#1	MTH739	286	conserved protein
#2	MTH1136	171	methyl viologen-reducing hydrogenase, delta subunit 
#3	MTH1137	116	conserved protein (FlpA)
#4	MTH1138	51	methyl viologen-reducing hydrogenase, delta subunit homolog FlpD
#5	MTH1141	300	conserved protein (FlpE)
#6	MTH1300	221	coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit 

Motif 1
CAGGATAACAAAGCATAAAAAGATACAGTGATAT	1	42	0
AAGCTAAAAAAAGGTTTAAATATGACTTTAGAAT	1	217	1
ATGACTTTAGAATAATAATATAATAAATTCATAT	1	238	1
GAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCAC	2	38	1
CAATTTCCGAAAATTTTATATGTGTGGTTAAAAT	2	61	0
CACTTTTATCAAAGCTTAAATTAGCATCCCTTCC	3	57	1
AAACCACGTTAAATATTAAAAAATAATCATCTAT	5	93	1
GTGGATTTAAAACGGTTAAATGATTAAAATTGGA	5	201	1
ATTACATGAAAATCACAATAAAATCCAATTTTAA	5	224	0
AAATTTTAGGAACATTTATATATGTAATAC    	5	280	1
TACTGAACAAAAAATTAATATTATAAACTCTGTT	6	72	1
TCTGTTTTCTACTAATAATAAGTGATCTATAAAA	6	100	1
AAAAGTGAAAACTATTTATATCATTTTATAGATC	6	123	0
TAAGTTTTTCAATTATAAAAAAAGTGAAAACTAT	6	142	0
TTATAATTGAAAAACTTATAACATTTAAAAATAG	6	158	1
AACATTTAAAAATAGTTATAATATTGAAGGTTTT	6	177	1
AGGTTTTTTGAACTTTAAAAACAAGAG       	6	204	1
          **   ****** **
MAP Score: 11.8692

Motif 2
GTTTTCTGCAGACAATACTGCAAGCTAAAAAAAGGTTTAAATA	1	196	1
ACTTTAGAATAATAATATAATAAATTCATATCAAACCACTTGT	1	241	1
GGTGGAAGGGGAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCA	2	28	1
ATTAACCCACCACTTTTATCAAAGCTTAAATTAGCATCCCTTC	3	47	1
TACTGAGTTACAGTGACTTTGAAGGTGAAACAAT         	3	92	1
ATCAGAGTACAAACCACGTTAAATATTAAAAAATAATCATCTA	5	83	1
TAACCGTTTTAAATCCACAATAATCTAAAATTATGGCCATGCG	5	176	0
TACATATATAAATGTTCCTAAAATTTAAAAGGCATGTGAACCA	5	263	0
AGTATTACTGAACAAAAAATTAATATTATAAACTCTGTTTTCT	6	67	1
TACTAATAATAAGTGATCTATAAAATGATATAAATAGTTTTCA	6	109	1
TAAGTTTTTCAATTATAAAAAAAGTGAAAACTATTTATATCAT	6	133	0
TCAATATTATAACTATTTTTAAATGTTATAAGTTTTTCAATTA	6	161	0
TATAATATTGAAGGTTTTTTGAACTTTAAAAACAAGAG     	6	193	1
          **      *  **  * ***  *
MAP Score: 9.07483

Motif 3
TTTTATTATTTTTAATACCACTCCCCTTCCA	2	30	0
AGTAACCTTTATACTTACCACTCCTAAACCA	2	102	1
AATAATAAAAATTTTAACCACACATATAAAA	2	51	1
GGGTTCAGATTTTAATACCCCT         	3	1	0
TACTAAATGTGTTGTTAACACCAGGAAGGTG	6	12	0
GTGGGTCAAGATATATAACACTCAGTATTAC	6	44	1
TATTACATGAATAATTAACACGACTATTTAA	1	158	0
AGAGATCAGAGTACAAACCACGTTAAATATT	5	79	1
TCCCTGCATTTTTATTAACCCACCACTTTTA	3	34	1
AATAAATTCATATCAAACCACTTGTGGGGTA	1	259	1
         AACTATTACCCCACAAGTGGTT	1	274	0
          *** *******
MAP Score: 4.31355

Motif 4
TTAATACCACTCCCCTTCCACCAGAAGGCT	2	20	0
TCTGAACCCATTCCCTGCATTTTTATTAAC	3	23	1
TTAAATTAGCATCCCTTCCATACTGAGTTA	3	72	1
    ATTGTTTCACCTTCAAAGTCACTGTA	3	100	0
GGCTCGAAAATCACCATCAAACT       	4	3	0
TGAATTATAATTTCCTGCCAGAATATTAAC	5	129	1
TTACAATGGTTCACATGCCTTTTAAATTTT	5	257	1
         CTCACCTTCCTGGTGTTAACA	6	1	1
          **********
MAP Score: 4.08686

Motif 5
CGGTGCCGACATCACTGTATCTTTTATCCTCGGGGA	1	99	1
TAGTCGTGTTAATTATTCATGTAATAACCTGTTGTT	1	163	1
CTGCAAGCTAAAAAAAGGTTTAAATATGACTTTAGA	1	213	1
TGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCACACATA	2	41	1
ACCATATACCAAGTACAATTATAGTACGATCCAAAA	2	129	1
AAATATTAAAAAATAATCATCTATTATGAATTATAA	5	103	1
CCAGAATATTAACTCTGGATCTATTAGGGCCGCATG	5	146	1
TTTTAGGAACATTTATATATGTAATAC         	5	283	1
TCCTGGTGTTAACAACACATTTAGTATGTGGGTCAA	6	17	1
TTACTGAACAAAAAATTAATATTATAAACTCTGTTT	6	71	1
TTCTACTAATAATAAGTGATCTATAAAATGATATAA	6	106	1
TATAACATTTAAAAATAGTTATAATATTGAAGGTTT	6	174	1
          ** **   ** ** **
MAP Score: 3.29061

Motif 6
ATATGACTTTAGAATAATAATATAATAAATTCAT	1	236	1
AGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCACA	2	39	1
AATTTTAACCACACATATAAAATTTTCGGAAATT	2	60	1
ATTTCCTGCCAGAATATTAACTCTGGATCTATTA	5	138	1
TAAAACGGTTAAATGATTAAAATTGGATTTTATT	5	208	1
ATGTGGGTCAAGATATATAACACTCAGTATTACT	6	42	1
ATTACTGAACAAAAAATTAATATTATAAACTCTG	6	70	1
CTATAAAATGATATAAATAGTTTTCACTTTTTTT	6	126	1
TATAATTGAAAAACTTATAACATTTAAAAATAGT	6	159	1
ACATTTAAAAATAGTTATAATATTGAAGGTTTTT	6	178	1
          * * ****** * *
MAP Score: 1.00984

Motif 7
TACTGCAAGCTAAAAAAAGGTTTAAATATGACTTTAGAA	1	211	1
GGGAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCACACA	2	36	1
TAACCACACATATAAAATTTTCGGAAATTGTTTCATAAG	2	65	1
     AGGGGTATTAAAATCTGAACCCATTCCCTGCATT	3	5	1
CGTTAAATATTAAAAAATAATCATCTATTATGAATTATA	5	99	1
TTATTGTGGATTTAAAACGGTTAAATGATTAAAATTGGA	5	196	1
TTCACATGCCTTTTAAATTTTAGGAACATTTATATATGT	5	266	1
ATAAGTGATCTATAAAATGATATAAATAGTTTTCACTTT	6	117	1
TTTTTTATAATTGAAAAACTTATAACATTTAAAAATAGT	6	154	1
TTATAACATTTAAAAATAGTTATAATATTGAAGGTTTTT	6	173	1
          ** ****   *  **   *
MAP Score: 0.865152

Motif 8
ACTTTAGAATAATAATATAATAAATTCATATCAAACCA	1	241	1
AGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCACACATA	2	39	1
TCAGAGTACAAACCACGTTAAATATTAAAAAATAATCA	5	84	1
TGTGGATTTAAAACGGTTAAATGATTAAAATTGGATTT	5	200	1
CAATGGTTCACATGCCTTTTAAATTTTAGGAACATTTA	5	260	1
TAGTAGAAAACAGAGTTTATAATATTAATTTTTTGTTC	6	76	0
AAAAAGTGAAAACTATTTATATCATTTTATAGATCACT	6	120	0
TTTATAATTGAAAAACTTATAACATTTAAAAATAGTTA	6	157	1
TAACATTTAAAAATAGTTATAATATTGAAGGTTTTTTG	6	176	1
          **     ** ** *** *
MAP Score: 0.860165

Motif 9
CAGACAATACTGCAAGCTAAAAAAAGGTTTAAATATGACTTTA	1	204	1
AGGGGAGTGGTATTAAAAATAATAAAAATTTTAACCACACATA	2	34	1
AGGTTACTTATGAAACAATTTCCGAAAATTTTATATGTGTGGT	2	67	0
GAGATCAGAGTACAAACCACGTTAAATATTAAAAAATAATCAT	5	80	1
TTATTGTGGATTTAAAACGGTTAAATGATTAAAATTGGATTTT	5	196	1
TCACATGCCTTTTAAATTTTAGGAACATTTATATATGTAATAC	5	267	1
TTTTTTATAATTGAAAAACTTATAACATTTAAAAATAGTTATA	6	154	1
AGTTATAATATTGAAGGTTTTTTGAACTTTAAAAACAAGAG  	6	190	1
          *  **        **   *****
MAP Score: 0.562588