AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TH/TH_operons060_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246156
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MTH744	124	porphobilinogen synthase
#1	MTH874	113	porphobilinogen deaminase
#2	MTH1014	127	conserved protein
#3	MTH1220	101	chorismate mutase

Motif 1
    TCTCCATACATCAACCGTGGTGTTCATGAAG	0	6	1
AGGTAACTGTTGGATTCATTGTGATATTTCTTATT	0	99	0
TATGTGATTTTTAATAAACTGGAGTTTTTGAAAAG	1	30	1
GTTTAATAAATAAATAAATTGTGGTTCCCCTGATT	2	23	0
ATTTATTTATTTATTAAACTGTAATTAAAGCCATT	2	39	1
CATTAAAGTATCTGTTAACCATGATGTTTTATTAA	2	70	1
AAAGTCCTCCTTTATTAACTATATTTACTATTAAT	2	100	0
          *   * ******* *
MAP Score: 4.60031

Motif 2
ACATCAACCGTGGTGTTCATGAAGGGCCCCGGAA	0	17	1
TGGTTATGTTTTTTACCCTTGAGGATGTAATAAG	0	71	1
   AAACCGGTGGTAGCCATAATTATGTGATTTT	1	7	1
AAATAAATTGTGGTTCCCCTGATTAAGAGGGGTC	2	13	0
TTAAAGTATCTGTTAACCATGATGTTTTATTAAT	2	72	1
CCATAGCCTATCTGGGCCCTGAGGGGACATTCAC	3	19	1
          ****  ** *** *
MAP Score: 4.40571

Motif 3
ATCAACCGTGGTGTTCATGAAGGGCCCCGGAATTTATTTTCTGCGC	0	19	1
TACCCTTGAGGATGTAATAAGAAATATCACAATGAATCCAACAGTT	0	84	1
ACCGGTGGTAGCCATAATTATGTGATTTTTAATAAACTGGAGTTTT	1	12	1
TAATAAACTGGAGTTTTTGAAAAGTTATATAATAGGATACAATAAA	1	41	1
  ATAGACCCCTCTTAATCAGGGGAACCACAATTTATTTATTTATT	2	8	1
TACTTTAATGGCTTTAATTACAGTTTAATAAATAAATAAATTGTGG	2	34	0
TAACCATGATGTTTTATTAATAGTAAATATAGTTAATAAAGGAGGA	2	85	1
          *   * ** * *        ***  *
MAP Score: 2.75685

Motif 4
AACCGTGGTGTTCATGAAGGGCCCCGGAATT	0	22	1
TATGTGATTTTTAATAAACTGGAGTTTTTGA	1	30	1
TAGACCCCTCTTAATCAGGGGAACCACAATT	2	11	1
ATTTATTTATTTATTAAACTGTAATTAAAGC	2	39	1
GTAAATATAGTTAATAAAGGAGGACTTTGT 	2	107	1
          ***** *****
MAP Score: 0.595433

Motif 5
     TCTCCATACATCAACCGTGGTGTTC	0	5	1
CAAGGGTAAAAAACATAACCATGTCCCGCG	0	62	0
ATGTAATAAGAAATATCACAATGAATCCAA	0	95	1
CCAGTTTATTAAAAATCACATAATTATGGC	1	22	0
        TGAATCATCTCCAGTAAACGTT	1	101	0
ACTATTAATAAAACATCATGGTTAACAGAT	2	79	0
          **********
MAP Score: 0.133071

Motif 6
AATTCCGGGGCCCTTCATGAACACCACGGTT	0	22	0
ATTGTGATATTTCTTATTACATCCTCAAGGG	0	86	0
AATTATGTGATTTTTAATAAACTGGAGTTTT	1	27	1
ACAGTTTAATAAATAAATAAATTGTGGTTCC	2	30	0
ACAATTTATTTATTTATTAAACTGTAATTAA	2	36	1
ATTTATTAAACTGTAATTAAAGCCATTAAAG	2	47	1
ACTATATTTACTATTAATAAAACATCATGGT	2	87	0
ATAGTAAATATAGTTAATAAAGGAGGACTTT	2	104	1
          ** ********
MAP Score: 0.105914