AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i TH/TH_sum_all015_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944248679 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MTH213 32 ferrous iron transport protein B #1 MTH214 123 iron repressor #2 MTH215 27 FUN34 related protein #3 MTH216 96 acetyl-CoA synthetase #4 MTH217 134 acetyl-CoA synthetase #5 MTH218 140 chaperonin #6 MTH219 51 unknown #7 MTH220 227 flavoprotein A homolog (II) #8 MTH221 97 unknown #9 MTH222 51 unknown #10 MTH223 163 unknown #11 MTH224 300 conserved protein #12 MTH231 256 conserved protein #13 MTH232 76 conserved protein #14 MTH233 56 conserved protein #15 MTH587 263 methionyl-tRNA synthetase #16 MTH856 172 zinc metalloproteinase #17 MTH858 101 GTP-binding protein, GTP1/OBG family #18 MTH936 36 iron repressor #19 MTH1362 103 unknown #20 MTH1363 133 cobalamin biosynthesis protein N #21 MTH1375 22 isoleucyl-tRNA synthetase #22 MTH1376 65 conserved protein #23 MTH1515 125 GTP-binding protein #24 MTH1621 83 GTP-binding protein, GTP1/OBG family #25 MTH1901 300 unknown #26 MTH1903 23 unknown Motif 1 TCGAGGTTATTAATAAAAAATTTATAATAAATATT 4 25 1 AATAATAGTAAAATATATAAGTTGAGAGAAACTTA 4 73 1 CTCTTCCTGGAAATAAATAATTGACTGGAGATGGT 5 19 0 TTTTTTTAATTAATAAACATCTGAATGCACATCAC 7 15 1 TTCATTATTAAATTATACAATTTTATGGGGTGAGG 7 185 0 TTGTATAATTTAATAATGAAGTTCAACATACAGTA 7 200 1 CTATATCCATAAATATAAATATGAACATCCATTCA 8 51 1 CGGGTATAAGTAATAAATATGTGGCTGGCACCACT 10 58 0 AGAATTCCAGTAATATAAACATTTATTTATATGCT 11 101 1 GACCACAGATTAATATAAAAATTGCAAATGGTAGT 11 182 0 CAAAATTTTTAAATAATAAGTTTAATACACACTTA 11 252 1 CAGGATCACTAATTAAAAAATTTCATGTTTATATT 12 63 1 AACGGAAAAATAATATAAACATGAAATTTTTTAAT 12 74 0 GACGGCGAATAAATATATAAATGTCTTCTGCATAA 12 122 0 CGCCGTCATCTATTAAAAAGCTGAATCTTATAATA 12 150 1 CCGTTAATCGTATTAATTAAATTAATATTAACTGA 13 15 1 TGTGAACTCAAAATATTTAAATGAACATCCATATA 16 53 0 CACCTAAATCATATATAAAGTTTTAGGTTTACCTA 19 44 0 TGCTTTAATAAAATATAAAATTTTCTTTAATGAAA 20 71 0 TATTATCCATTATTAAATATTTTCCCTTATATTTT 24 47 0 GGAAAGCCGATTATATAAAACTTCACTTTAAAAAA 25 200 1 ATGAATGCAGAAATAGATAACTGGACTTGTAATTA 25 245 1 ***** * * ** * MAP Score: 21.6521 Motif 2 TTCGAGGTTATTAATAAAAAATTTATAATAAATATTATCTATCATGA 4 24 1 TCTCTCAACTTATATATTTTACTATTATTAATCATGATAGATAATAT 4 55 0 ACACAAATTATTTATAGAACCTTAAACCCATGGATAA 5 113 1 TTTTTTTTAATTAATAAACATCTGAATGCACATCACATCATATTTAC 7 14 1 ATTGTATAATTTAATAATGAAGTTCAACATACAGTAAG 7 199 1 TCCATAAATATAAATATGAACATCCATTCATATGTAAACTGAGGTGA 8 56 1 GTATAAGTAATAAATATGTGGCTGGCACCACTGCTGACTAACTGGAA 10 43 0 CCGCCTATTTTTAATAGCACCAATCCCATATCTATAACAGAGTTATT 10 114 1 TAAATAAATGTTTATATTACTGGAATTCTTCAAATTATTAAATGATC 11 83 0 ATTTGCAATTTTTATATTAATCTGTGGTCATTCCTTAATTTGGATTA 11 188 1 AAATTTCATGTTTATATTATTTTTCCGTTAACCTAAATTTTCTTATG 12 80 1 AGAAGACATTTATATATTTATTCGCCGTCATCTATTAAAAAGCTGAA 12 128 1 ATCCGGTCAGTTAATATTAATTTAATTAATACGATTAACGGTCCTA 13 9 0 CTCAAATAAATTTATATAGAAGTAAACCGTAAATTAAACTGGATTTA 15 166 1 ACTCAAAATATTTAAATGAACATCCATATACCAGTAATCAGTTCATT 16 36 0 ACCTACAGAATTAATAAGAGAAACTTTTGAAGGCTGATGGGAA 16 139 1 AACCTAAAACTTTATATATGATTTAGGTGTAACTAAATTTTAGGATT 19 50 1 AGTTTATGGATTTATATTAAAGTAAATGTTATTTTCATTAAAGAAAA 20 39 1 TATATACTTATTTATATCATCACCCCAAAACCATAAACCATTACT 22 30 1 ATTAATAAGTAGTGCCGGGATATTATAATAAAATGTTG 23 97 0 TCCCTTATATTTTATATCCCATAACCTTCATATTATATGCAGGTGAT 24 13 0 GGGAAAATATTTAATAATGGATAATAGAGAACACTGA 24 56 1 AAAGTGAAGTTTTATATAATCGGCTTTCCATAAGGTAATTCATAAAT 25 182 0 TAAAAAACCTTTTATAAATGAATGCAGAAATAGATAACTGGACTTGT 25 228 1 ******* * * * MAP Score: 17.2067 Motif 3 GTTGAACTTCATTATTAAATTATACAATTTTA 7 195 0 GGAGATATATTGATAAATCAGTATATTTAA 20 8 1 AATTCTTCAAATTATTAAATGATCCGGTGTGC 11 75 0 CCATAAGGTAATTCATAAATCATATGGGTGGA 25 170 0 ATGGACCAAAATTTTTAAATAATAAGTTTAAT 11 246 1 TAAACATGAAATTTTTTAATTAGTGATCCTGC 12 62 0 TTAAAAAACCTTTTATAAATGAATGCAGAAAT 25 227 1 TGAACTCAAAATATTTAAATGAACATCCATAT 16 54 0 ATCCGGTGCTATCCATAAATGAACTGATTACT 16 19 1 ATTATAAATTTTTTATTAATAACCTCGAAAAA 4 21 0 AATATAAAATTTTCTTTAATGAAAATAACATT 20 63 0 ACTATTTTTTTTAATTAATAAACATCT 7 5 1 TCTATTATCCATTATTAAATATTTTCCCTTAT 24 52 0 GTTAATCGTATTAATTAAATTAATATTAACTG 13 17 1 GGGTTTAAGGTTCTATAAATAATTTGTGTAGA 5 110 0 CGGCGAATAAATATATAAATGTCTTCTGCATA 12 123 0 GTGAAAGCATATAAATAAATGTTTATATTACT 11 109 0 TGGACACTATATCCATAAATATAAATATGAAC 8 45 1 CCTTCAGTGATTTTTTTAATGTGTGTCTTTAA 12 21 1 ACTCATGACCATATATTAATCTTGCTGCCTGC 12 184 1 TTTGCAATTTTTATATTAATCTGTGGTCATTC 11 189 1 AAAATAACATTTACTTTAATATAAATCCATAA 20 42 0 *** ****** * MAP Score: 14.7933 Motif 4 AAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCACC 7 150 1 CAATCACAATAACACCACCAAAAAGAAGTATATA 25 90 1 ACTTATTTATATCATCACCCCAAAACCATAAACC 22 35 1 ATGGTGGGGGATCATCCCCCTCAAATTCCCTAGG 1 16 1 CTGAAAAGACACCTTCGCCATGAACTCGGACCC 3 73 1 CCACACGCCACCATCTCCAGTCAATTATTTATT 5 9 1 AGCCTGAAAAATCAGCACCACAAATTGTATAATC 7 129 1 CTCAAACTCCTCCTTGAATCATGAACCA 15 245 0 AAGAATCATAAGCACCCACCTACAGAATTAATAA 16 122 1 AACCCACAGGATCTTCTACACAAATTATTTATAG 5 96 1 CAAAATCAGCACCACCTCACCCCATAAAATTGTA 7 171 1 GATTAAAGATATCTCCGCACATCAAGATAAATAG 17 41 1 ATGAGCAGTTAGCTTCAGCATGAACT 17 2 0 ATCCATCTGCAACTCTTCCAGTAAGTCTGCAGAA 5 56 1 TGTTGAGGTCACCTGCCACATTAAGGGGATTCGT 25 15 1 CATAAAACTAACCATTCGCCCTAACTTTTTCACT 11 13 0 TTAATTAATAAACATCTGAATGCACATCACATCA 7 20 1 AAAATCACCTGCATATAATATGAAGGT 24 3 1 * **** *** ** MAP Score: 12.9642 Motif 5 TCTGCTCTGTTCTATTAGGGGGG 0 0 0 ACCTGAATGGTGGGGGATCATCCCCC 1 3 1 ATATGAAGGGAGGGTATGGGGGCCCAG 2 4 0 TACCGCCATCTTTTTCTTGGTTGGTAGTAGTAA 4 105 0 CTTTCAAAATGAGTAATGCAGGAAACATAGTT 6 9 1 CAGGAAACATAGTTTAAAGGATGCAGTGATTTA 6 28 1 GTGGTGCTGATTTTTCAGGCTGGAATGGGTCAT 7 117 0 GAGGTGGTGCTGATTTTGGGGGGGGTGATTATA 7 156 0 AAATTATACAATTTTATGGGGTGAGGTGGTGCT 7 178 0 GCGAATGGTTAGTTTTATGGAGCCATTCCCTTT 11 28 1 TTCCCTTTTAAGAATTTAGGGGGCACACCGGAT 11 53 1 ACTTAAACATTGGTTGATGGTTGGAATTCATCC 11 139 1 TTCCTTAATTTGGATTAGGGGGCATCTAATGGA 11 218 1 ACTTATAAGGAGACTGAGGCTGGTAACC 11 282 1 ATACCTCCCATGAATCAAGGGGCTGTG 14 4 0 ATCTGGTTCATGATTCAAGGAGGAGTTTGAG 15 242 1 TCTCTTATTAATTCTGTAGGTGGGTGCTTATGA 16 127 0 ATTTTAGGATTTCCTAAAGGTGGTATC 19 86 1 TTTGAGATAAAGTATAATGGAGGTGAAATT 20 113 1 TAATGGTTTATGGTTTTGGGGTGATGATATAAA 22 40 0 ACGAATCCCCTTAATGTGGCAGGTGACCTCAAC 25 16 0 GAGTATATACTTCTTTTTGGTGGTGTTATTGTG 25 94 0 TTCATTGATGATAGTTTTGGATGAATGCGGCCA 25 136 0 TAATTCATAAATCATATGGGTGGATTTCATTGA 25 161 0 ** * ******* MAP Score: 12.7571 Motif 6 TGTTTTAGAAAACCTTATATTGAATTAGGTTTAACTAAACTAA 1 76 1 TAATAGTAAAATATATAAGTTGAGAGAAACTTACTACTACCAA 4 75 1 GTAATGCAGGAAACATAGTTTAAAGGATGCAGTGATTTA 6 22 1 ATGGATGTTCATATTTATATTTATGGATATAGTGTCCATGTGT 8 40 0 AATTCCAGTAATATAAACATTTATTTATATGCTTTCACTTAAA 11 103 1 AATAAGTTTAATACACACTTATAAGGAGACTGAGGCTGGTAAC 11 266 1 CTGCATAAGAAAATTTAGGTTAACGGAAAAATAATATAAACAT 12 87 0 CGTATTAATTAAATTAATATTAACTGACCGGATGAACAAAAAT 13 23 1 ACATGGACTCAAATAAATTTATATAGAAGTAAACCGTAAATTA 15 159 1 TAAGGCAATTAAATCCAGTTTAATTTACGGTTTACTTCTATAT 15 179 0 GATTACTGGTATATGGATGTTCATTTAAATATTTTGAGTTCAC 16 44 1 ATATCTCCGCACATCAAGATAAATAGATCCACAGAAGTTACAG 17 49 1 TCATATATAAAGTTTTAGGTTTACCTAAACCATGTTGCAGTTA 19 28 0 GGAAATCCTAAAATTTAGTTACACCTAAATCATATATAAAGTT 19 57 0 ATAAATCAGTATATTTAAGTTTATGGATTTATATTAAAGTAAA 20 22 1 AATGAAAATAACATTTACTTTAATATAAATCCATAAACTTAAA 20 35 0 AGATGATTTGAGATAAAGTATAATGGAGGTGAAATT 20 107 1 CCTGCATATAATATGAAGGTTATGGGATATAAAATATAAGGGA 24 17 1 * ** * ** * ** * MAP Score: 12.6784 Motif 7 GGTGGGGGATCATCCCCCTCAAATTCCCTA 1 18 1 CTGGGCCCCCATACCCTCCCTTCATAT 2 9 1 ATTTTTTATTAATAACCTCGAAAAAAATGA 4 16 0 TCTGAATGCACATCACATCATATTTACTGG 7 34 1 CAAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCA 7 149 1 CCAAAATCAGCACCACCTCACCCCATAAAA 7 170 1 TTAATCACCTCAGTTTACATAT 8 85 0 AATAACCTCCTACATGCCAG 10 0 1 CGAAGTGTTCCATCACATCGAACCGCAGTT 15 45 1 TCAGGGAAACCACAACCTCAAGGCCAGATC 15 86 0 AGATATCTTTAATCCCCTCATGAGCAGTTA 17 25 0 TTATTTATATCATCACCCCAAAACCATAAA 22 37 1 AAAATCACCTGCATATAATATG 24 2 1 TTTTATATCCCATAACCTTCATATTATATG 24 21 0 GAAAACAACGAATCCCCTTAATGTGGCAGG 25 26 0 TCGCAATCACAATAACACCACCAAAAAGAA 25 87 1 ********** MAP Score: 12.333 Motif 8 CTGTTTTAGAAAACCTTATATTGAATTAGGTT 1 75 1 AAGTCTGCAGAAACCAGAAACCCACAGGATCT 5 78 1 ATTATTTATAGAACCTTAAACCCATGGATAA 5 119 1 GGATTCAGGGAAACCACAACCTCAAGGCCAGA 15 88 0 GGTTTCCCTGAATCCAGTACCTCAGCGGCGTG 15 105 1 ATATAGAAGTAAACCGTAAATTAAACTGGATT 15 179 1 CACTCTCATTAAACCTGTAACTTCTGTGGATC 17 74 0 TGGTTTAGGTAAACCTAAAACTTTATATATGA 19 39 1 ACCTTTAGGAAATCCTAAAATTTAGTTACACC 19 75 0 CTTTAATATAAATCCATAAACTTAAATATACT 20 29 0 CATCACCCCAAAACCATAAACCATTACT 22 47 1 ***** ***** MAP Score: 9.39489 Motif 9 ACTGAAAAGACACCTTCGCCATGAACTCGGACCC 3 72 1 CCACACGCCACCATCTCCAGTCAATTATTTATT 5 8 1 AATCCATCTGCAACTCTTCCAGTAAGTCTGCAGAA 5 55 1 TAAATCACTGCATCCTTTAAACTATGTTTC 6 31 0 ATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCACCACC 7 152 1 AAATCAGCACCACCTCACCCCATAAAATTGTATAA 7 173 1 AACACATGGACACTATATCCATAAATATAAATATG 8 39 1 TATATCATCACCCCAAAACCATAAACCATTACT 22 42 1 AAAATTACCCCTATTCCATCAAATCAGCACGG 23 7 1 TGGGTCTCAGCAATCTCTCCATTAAAGAGAGTGTC 23 56 1 CTGTTGAGGTCACCTGCCACATTAAGGGGATTCGT 25 14 1 ATCGCAATCACAATAACACCACCAAAAAGAAGTAT 25 86 1 **** * *** ** MAP Score: 9.26844 Motif 10 TGAATTAGGTTTAACTAAACTAACAGTAAGGCTTTAG 1 96 1 TTTTTTCGAGGTTATTAATAAAAAATTTATAATAAATAT 4 20 1 ACTATTTTTTTTAATTAATAAACATCTGAATGCACATCA 7 10 1 GGACACTATATCCATAAATATAAATATGAACATCCATTC 8 46 1 AGGGAATGGCTCCATAAAACTAACCATTCGCCCTAACTT 11 20 0 GTTAATCGTATTAATTAAATTAATATTAACTGACCGGAT 13 17 1 TCCGGTGCTATCCATAAATGAACTGATTACTGGTATATG 16 20 1 ACTTCAGTGTGACATCAAAAGAATCATAAGCACCCACCT 16 104 1 CTTTCATGAATATAAATGACAAAACTTAAAT 18 2 1 TTAATATAAATCCATAAACTTAAATATACTGATTTATCA 20 20 0 TTTATGGATTTATATTAAAGTAAATGTTATTTTCATTAA 20 41 1 AAATGTTATTTTCATTAAAGAAAATTTTATATTTTATTA 20 62 1 AATTTTATATTTTATTAAAGCAAAGATGATTTGAGATAA 20 84 1 TATAAAAGGTTTTTTAAAGTGAAGTTTTATATAATCGGC 25 205 0 TTAATCAAGGAAAGAGTGATAGG 26 0 1 ** ** ** ** * * MAP Score: 8.90971 Motif 11 CCCCCCTAATAGAACAGAGCA 0 1 1 GGGGATGATCCCCCACCATTCAGGT 1 5 0 GGGGGATCATCCCCCTCAAATTCCCTAGGG 1 21 1 AACTGAACGCCGCCCTCATCGAAGAACTGA 3 47 1 CCCACCTCATTTTTTTCGAGG 4 1 1 CCACACGCCACCATCTCCAGTCAAT 5 5 1 GTATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCACCA 7 155 1 AAAATCAGCACCACCTCACCCCATAAAATT 7 172 1 ACTAACCATTCGCCCTAACTTTTTCACTGG 11 11 0 ATCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAAGG 11 56 0 CCATTAGATGCCCCCTAATCCAAATTAAGG 11 220 0 TATATTTATTCGCCGTCATCTATTAAAAAG 12 140 1 TTGCTGCCTGCGCCGTAACTCTCTAAGACC 12 205 1 ********** MAP Score: 8.86998 Motif 12 TCCAGCCTGAAAAATCAGCACCACAAATTGTAT 7 126 1 CACAAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCAG 7 147 1 CACCCCCCCCAAAATCAGCACCACCTCACCCCA 7 162 1 GTTATCACCATTCCGGGCGTTCT 9 38 0 AATAACCTCCTACATGCCAGCAAG 10 1 1 GCCTATTTTTAATAGCACCAATCCCATATCTAT 10 116 1 GGTTACCAGCCTCAGTCTCCTTAT 11 286 0 CAAAAGAATCATAAGCACCCACCTACAGAATTA 16 119 1 AAAATCACTCTCATTAAACCTGT 17 88 0 GATACCACCTTTAGGAAATCCTA 19 90 0 AATTTCACCTCCATTATACTTTA 20 120 0 AGACCCAGTGAATATCTGCCTCCGTGCTGATTT 23 30 0 AAAATCACCTGCATATAATATGA 24 0 1 TCGCAATCACAATAACACCACCAAAAAGAAGTA 25 87 1 ATCATCAATGAAATCCACCCATATGATTTATGA 25 157 1 **** **** ** MAP Score: 7.92414 Motif 13 ATGGTGGGGGATCATCCCCCTCAAATTCCC 1 16 1 CCACACGCCACCATCTCCAGTCAATTATT 5 9 1 AGCCTGAAAAATCAGCACCACAAATTGTAT 7 129 1 CACAAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAAT 7 147 1 CCCCCCCAAAATCAGCACCACCTCACCCCA 7 165 1 ATGAATTCCAACCATCAACCAATGTTTAAG 11 140 0 CAAAAGAATCATAAGCACCCACCTACAGAA 16 119 1 ACTTATTTATATCATCACCCCAAAACCATA 22 35 1 ********** MAP Score: 6.07034