AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i TH/TH_sum_all018_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944248888 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MTH151 75 methyl coenzyme M reductase system, component A2 homolog #1 MTH155 228 rubredoxin #2 MTH220 227 flavoprotein A homolog (II) #3 MTH221 97 unknown #4 MTH222 51 unknown #5 MTH223 163 unknown #6 MTH224 300 conserved protein #7 MTH753 292 conserved protein #8 MTH756 145 rubrerythrin #9 MTH821 56 histone HMtA1 #10 MTH822 171 rubrerythrin #11 MTH1350 108 flavoprotein AI #12 MTH1453 160 6Fe-6S prismane-containing protein Motif 1 CGCATAAAGTTATTATGTCAGTAAAA 0 1 1 GCCACCGGCTCCATGAATATATACTAGAAGCACCA 0 48 0 CTATGGCAGCCCATTAAACAAATTATCAGATGTAT 1 121 1 GATGTGATGTGCATTCAGATGTTTATTAATTAAAA 2 18 0 CGTTCTTCTGGCATAAAGAAAGAGAACATGACCCA 2 90 1 CCACCTCACCCCATAAAATTGTATAATTTAATAAT 2 182 1 GACACTATATCCATAAATATAAATATGAACATCCA 3 47 1 ATATGAACATCCATTCATATGTAAACTGAGGTGAT 3 69 1 AGCAGTGGTGCCAGCCACATATTTATTACTTATAC 5 55 1 TCCAGTGAAAAAGTTAGGGCGAATGG 6 1 1 GGGAATGGCTCCATAAAACTAACCATTCGCCCTAA 6 23 0 TTGAAGAATTCCAGTAATATAAACATTTATTTATA 6 97 1 TGAATTCCAACCATCAACCAATGTTTAAGTGAAAG 6 134 0 GGAATTCATCCCATGGATATGACTACCATTTGCAA 6 161 1 TACAGTCAACCCCTCAATTAATAAAGCGCCATCAA 7 242 1 TAATAAAGCGCCATCAACATAAATAATGGTGAGGG 7 260 1 TCAGCAGCTGCCAGACATAAAATGAAAGGATTTAA 8 82 1 CCGTAACCAATAAATTTAAATATTAGAGCGTA 9 7 1 TTTGCAGTGTCCCTAAAAATAAATAAATAGTAGTA 10 21 0 GAAGTAGAGGCCCTAAAATTAGATTAAAATTTGCA 10 50 0 TCTGTATCTGCAATAAAGATATATAACTGATGCTA 10 107 1 TGTTTCAATACCATGGAACAGAAAAAATTATATAG 11 42 1 GGAGGGGACTCCAGGGATATAACGAGTGAGGT 12 7 0 TTAAAAACTGGCAGTAAATTATATATAATTTTTGT 12 76 0 **** ** *** * MAP Score: 18.988 Motif 2 AAAGTTATTATGTCAGTAAAACTATTAGAAC 0 15 1 ACAACTAGTCTGCCAGTAAATATGATGTGAT 2 45 0 ACATGACCCATTCCAGCCTGAAAAATCAGCA 2 115 1 ACCTCCTACATGCCAGCAAGAACCGCCAGTT 5 14 1 GAACCGCCAGTTCCAGTTAGTCAGCAGTGGT 5 33 1 TCAGCAGTGGTGCCAGCCACATATTTATTAC 5 53 1 ATTTGAAGAATTCCAGTAATATAAACATTTA 6 95 1 GGTTACCAGCCTCAGTCTCCTTAT 6 286 0 TGATGATGCATGCCAGTTTTTCATTAAGGGG 7 102 0 CCTCAGCAGCTGCCAGACATAAAATGAAAGG 8 80 1 TATTAGAGCGTACCAGCTTAATTTGGAGGTG 9 30 1 TCACTGCTTATACCAGTAATAATATATTAGC 10 138 0 TTTGTCACTATTTCAGTATAAAATGTAACAG 12 50 0 TATAATTTACTGCCAGTTTTTAATATGGTGA 12 88 1 ********* * MAP Score: 12.5604 Motif 3 ATTTTAGGAGAGTAATAAAGATATAGC 1 211 1 ATTTTTTTTAATTAATAAACATCTGAATGCACAT 2 13 1 CACTATATCCATAAATATAAATATGAACATCCAT 3 49 1 TACGGGTATAAGTAATAAATATGTGGCTGGCACC 5 61 0 GAAGAATTCCAGTAATATAAACATTTATTTATAT 6 99 1 ATGACCACAGATTAATATAAAAATTGCAAATGGT 6 185 0 CCGTAACCAATAAATTTAAATATTAGAGCGTAC 9 9 1 CAGTGTCCCTAAAAATAAATAAATAGTAGTAATA 10 18 0 TATCTGCAATAAAGATATATAACTGATGCTAATA 10 111 1 GTATTGAAACAGTAATATAGTCCTTCAGACATAA 11 19 0 GAACAGAAAAAATTATATAGAAGTTCGTATAGTA 11 57 1 TAGTGACAAAAATTATATATAATTTACTGCCAGT 12 71 1 * ******* * * MAP Score: 10.1864 Motif 4 TATATATTCATGGAGCCGGTGGCGA 0 60 1 TAATATCTGCAGGACCCGGAGGTCCTTAAAAAAGA 1 13 0 GTGCTGATTTTGGGGGGGGTGATTATACAATTTGT 2 148 0 ACAATTTTATGGGGTGAGGTGGTGCTGATTTTGGG 2 169 0 GCTGACTAACTGGAACTGGCGGTTCTTGCTGGCAT 5 23 0 GTTATAGATATGGGATTGGTGCTATTAAAAATAGG 5 117 0 ATATAAAAATTGCAAATGGTAGTCATATCCATGGG 6 170 0 TTCCTTAATTTGGATTAGGGGGCATCTAATGGACC 6 218 1 TCCATGCTAATAGGGGAGGCGATCATAAAATTCGA 7 67 0 GTACTTCATCTGGATTCGGTAGTAAGAAGACAGCA 7 169 0 TGATGGTACGTGGTTGAGGGAATGAAATGTCTAAG 8 36 0 AGATACAGAAGGGGAATGGAGATACAATCAGGAAG 10 81 0 AACAGATAGATGGGGAGGGGACTCCAGGGATATAA 12 20 0 **** ** *** * MAP Score: 9.7406 Motif 5 GCTGATTTTGGGGGGGGTGATTATACAATTT 2 150 0 AATTTTATGGGGTGAGGTGGTGCTGATTTTG 2 171 0 TCATATGTAAACTGAGGTGATTAA 3 83 1 CATGCTAATAGGGGAGGCGATCATAAAATTC 7 69 0 AGATGAATGAAGTGAAGAGATTAAGCAGCTC 7 132 1 CATAAATAATGGTGAGGGGGAACCA 7 277 1 TGGTATAAGCAGTGAGGTGATTTTTTT 10 154 1 ACAGATAGATGGGGAGGGGACTCCAGGGATA 12 23 0 ******* *** MAP Score: 9.42881 Motif 6 CCTGCAGATATTATTTTTTTGAGATTAATCTGG 1 35 1 ACGTATATTATTCTTTGCTTCAGATCTTCTTTT 1 68 1 GCTTCAGATCTTCTTTTTATCAGCAGGTACCCT 1 84 1 AGAAGAACGAATTTTTGTAGCAGACAACTAGTC 2 66 0 CATGTTCTCTTTCTTTATGCCAGAAGAACGAAT 2 87 0 TATACCCGTATTATTCTTATCAGTACTTGCCGC 5 85 1 CACCAATCCCATATCTATAACAGAGTTATTTAT 5 131 1 TATAACAGAGTTATTTATAACAGGTGT 5 146 1 TGACTGTACCTTATTATCTTCAGTCACCTTCTG 7 217 0 TCCTTTCATTTTATGTCTGGCAGCTGCTGAGGC 8 79 0 TCAGTTATATATCTTTATTGCAGATACAGAAGG 10 104 0 CAGTAATAATATATTAGCATCAGTTATATATCT 10 123 0 ****** * *** MAP Score: 9.24145 Motif 7 AATTCCAGTAATATAAACATTTATTTATATGC 6 103 1 GGTCCTGCAGATATTATTTTTTTGAGATTAAT 1 32 1 ACGAACTTCTATATAATTTTTTCTGTTCCATG 11 53 0 ATCTGGACGTATATTATTCTTTGCTTCAGATC 1 62 1 TTTATAGATAATTTTAAATTTTAGGAGAGTAA 1 194 1 TAAACTTATTATTTAAAAATTTTGGTCCATTA 6 244 0 GTACGCTCTAATATTTAAATTTATTGGTTACG 9 11 0 ATGGATGTTCATATTTATATTTATGGATATAG 3 51 0 GCAGTAAATTATATATAATTTTTGTCACTATT 12 69 0 ACACCGGATCATTTAATAATTTGAAGAATTCC 6 77 1 CTGAAGGACTATATTACTGTTTCAATACCATG 11 25 1 CCCTAAAATTAGATTAAAATTTGCAGTGTCCC 10 43 0 CCACAGATTAATATAAAAATTGCAAATGGTAG 6 183 0 TATTACTACTATTTATTTATTTTTAGGGACAC 10 18 1 TCTCTCAACACTATAAAGCTTTCGCAGTGAAT 1 162 1 ******* *** MAP Score: 8.95237 Motif 8 AAATTTTAGGAGAGTAATAAAGATATAGC 1 209 1 ATTAAATTATACAATTTTATGGGGTGAGGTGGTGCTGA 2 176 0 ACCGGGCAAACATTCATACGGATAGTGAAAACACATG 3 9 1 ATGTTCATATTTATATTTATGGATATAGTGTCCATGTG 3 41 0 AGTACTGATAAGAATAATACGGGTATAAGTAATAAATA 5 74 0 AATAACTCTGTTATAGATATGGGATTGGTGCTATTAAA 5 123 0 TCCAGTGAAAAAGTTAGGGCGAATGGTTAGTTTTA 6 7 1 AGTTTAATACACACTTATAAGGAGACTGAGGCTGGTAA 6 270 1 TACTATTTATTTATTTTTAGGGACACTGCAAATTTTAA 10 24 1 TCTTTATTGCAGATACAGAAGGGGAATGGAGATACAAT 10 88 0 ATAAAATGTAACAGATAGATGGGGAGGGGACTCCAGGG 12 26 0 TTACTGCCAGTTTTTAATATGGTGATTGAAAATGAAGT 12 94 1 * * * *** ** * * MAP Score: 7.52666 Motif 9 TAAACATCTGAATGCACATCACATCATATTTAC 2 28 1 CAGCCTGAAAAATCAGCACCACAAATTGTATAA 2 128 1 CAAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCA 2 149 1 CCCCCCCCAAAATCAGCACCACCTCACCCCATA 2 164 1 AATAACCTCCTACATGCCAGCAA 5 0 1 TATTCTTATCAGTACTTGCCGCCTATTTTTAAT 5 96 1 ATTCGAATTTTATGATCGCCTCCCCTATTAGCA 7 65 1 AATAAGGTACAGTCAACCCCTCAATTAATAAAG 7 235 1 GTACCATCAAAATCCATGCCTCAGCAGCTGCCA 8 62 1 AAAAAAATCACCTCACTGCTTATAC 10 156 0 ATATCCCTGGAGTCCCCTCCCCATCTATCTGTT 12 22 1 ***** * ** ** MAP Score: 7.23699 Motif 10 TCGCCACCGGCTCCATGAATATATACTAGAAG 0 53 0 TTATCAGCAGGTACCCTGCTCCTATGGCAGCCC 1 100 1 GTCAGCAGTGGTGCCAGCCACATATTTATTACT 5 52 1 ATGATCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAAGG 6 56 0 TTAATTAACTGTCCCATCAAATTCATGTGTATA 7 29 0 TTCATTAAGGGGTCCATGCTAATAGGGGAGGCG 7 81 0 AATTAATAAAGCGCCATCAACATAAATAATGGT 7 257 1 CCTCAACCACGTACCATCAAAATCCATGCCTCA 8 52 1 ATATTAGAGCGTACCAGCTTAATTTGGAGGTGA 9 29 1 AATTTTTTCTGTTCCATGGTATTGAAACAGTAA 11 38 0 TATCCCTGGAGTCCCCTCCCCATCTATCTGTTA 12 23 1 ** ***** *** MAP Score: 7.03306 Motif 11 ATTCGTTCTTCTGGCATAAAGAAAGAGAACATGACCCA 2 87 1 ACCGGGCAAACATTCATACGGATAGTGAAAACACATGG 3 10 1 ACACTATATCCATAAATATAAATATGAACATCCATTCA 3 48 1 TATGAACATCCATTCATATGTAAACTGAGGTGATTAA 3 70 1 TGAAGAATTCCAGTAATATAAACATTTATTTATATGCT 6 98 1 GTTTAATACACACTTATAAGGAGACTGAGGCTGGTAAC 6 271 1 GCCTCAGCAGCTGCCAGACATAAAATGAAAGGATTTAA 8 79 1 AGCTGGTACGCTCTAATATTTAAATTTATTGGTTACGG 9 10 0 CCTTCTGTATCTGCAATAAAGATATATAACTGATGCTA 10 104 1 TACCATGGAACAGAAAAAATTATATAGAAGTTCGTATA 11 50 1 GAGGGGACTCCAGGGATATAACGAGTGAGGT 12 3 0 ACATTTTATACTGAAATAGTGACAAAAATTATATATAA 12 55 1 *** *** * * ** MAP Score: 6.95962 Motif 12 GTCAGCAGTGGTGCCAGCCACATATTTATTACTTATA 5 52 1 ATTTTTAATAGCACCAATCCCATATCTATAACAGAGT 5 120 1 ATGATCCGGTGTGCCCCCTAAATTCTTAAAAGGGAAT 6 52 0 TTAATTAACTGTCCCATCAAATTCATGTGTATAGATG 7 25 0 AATTAATAAAGCGCCATCAACATAAATAATGGTGAGG 7 257 1 TGGTTCCCCCTCACCATTATTTATGTTGATG 7 271 0 CCTCAACCACGTACCATCAAAATCCATGCCTCAGCAG 8 52 1 ATATTAGAGCGTACCAGCTTAATTTGGAGGTGAAATT 9 29 1 TATCCCTGGAGTCCCCTCCCCATCTATCTGTTACATT 12 23 1 ** *** * *** * MAP Score: 6.54072 Motif 13 TCTTTTTATCAGCAGGTACCCTGCTCCTATGG 1 95 1 AGCCTGAAAAATCAGCACCACAAATTGTATAA 2 129 1 AAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAATCAGCA 2 150 1 CCCCCCCAAAATCAGCACCACCTCACCCCATA 2 165 1 CCTACATGCCAGCAAGAACCGCCAGTTCCAGT 5 18 1 TATTTTTAATAGCACCAATCCCATATCTATAA 5 119 1 TTAAGAATTTAGGGGGCACACCGGATCATTTA 6 60 1 GAATTTTATGATCGCCTCCCCTATTAGCATGG 7 69 1 CTCCCCTATTAGCATGGACCCCTTAATGAAAA 7 84 1 GTAAGAAGACAGCAACTACCGAGCTGCTTAAT 7 151 0 CCGAATCCAGATGAAGTACCGCACAGAGGAAG 7 185 1 GTGATTGAAAATGAAGTACCGCTGCAAGGTAT 12 115 1 **** * ***** MAP Score: 5.61863 Motif 14 GCAGGGTACCTGCTGATAAAAAGAAGATCT 1 89 0 TTGGGGGGGGTGATTATACAATTTGTGGTG 2 144 0 CACATGAATTTGATGGGACAGTTAATTAAA 7 33 1 TTCATTCATCTGATGATGCATGCCAGTTTT 7 113 0 CCATTTTTGTTGCTTAGACATGGAT 8 5 0 AACAAAAATGGGCTTAGACATTTCATTCCC 8 24 1 GTCTGGCAGCTGCTGAGGCATGGATTTTGA 8 68 0 ATATCTTTATTGCAGATACAGAAGGGGAAT 10 99 0 ATCACCTCACTGCTTATACCAGTAATAATA 10 145 0 ********** MAP Score: 2.88046 Motif 15 AATATATACTAGAAGCACCATAGTTCTAAT 0 38 0 AGCCTGAAAAATCAGCACCACAAATTGTAT 2 129 1 CACAAATTGTATAATCACCCCCCCCAAAAT 2 147 1 CCCCCCCAAAATCAGCACCACCTCACCCCA 2 165 1 GTTATCACCATTCCGGGCGT 4 41 0 GCCTATTTTTAATAGCACCAATCCCATATC 5 116 1 GTAATAATATATTAGCATCAGTTATATATC 10 124 0 ********** MAP Score: 2.25378