AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i TM/TM_fusions020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251482
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	TM0290	217	citrate synthase
#1	TM0548	162	acetolactate synthase, large subunit

Motif 1
TCAAAAAAGATTTAACACTTTCGCAGAAAAATTGG	0	52	0
AGGCTGGCATTTTAATGCTTTTCATTTCAAAAAAG	0	78	0
AGCATTAAAATGCCAGCCTGTGCCATGCAGTACTG	0	94	1
CATGCAGTACTGTTTAACTTTACCTTCAAGTTTGT	0	117	1
AGGAGGGCTTTGGGAAATTTTACCATACAAACTTG	0	143	0
CCCTCCTTCATTTTTAATCGTTCCAGTGTATAGTT	0	171	1
ATCGTTCCAGTGTATAGTTATACAACACGGAGGTG	0	187	1
      CTTATCCTAAATTTTACATTTTCATGATA	1	4	1
CACTTTAAAATGTCAAGTTGTTGAATCGAATTTTT	1	57	0
TTAAAGTGAGTGATATACCATTCCTAAAAACCCCC	1	84	1
CCCCCGTGATTTATTTATTATTCCAGGTCTGGTAT	1	115	1
TCTCGGAGATTGAATGATTATACCAGACCTGGAAT	1	134	0
          **  * *** * ***
MAP Score: 9.53893

Motif 2
          TTCAACCCCTCCCCTTGCTTAA	0	0	1
TCAAAAAAGATTTAACACTTTCGCAGAAAAAT	0	55	0
TGCAGTACTGTTTAACTTTACCTTCAAGTTTG	0	119	1
CTTTGGGAAATTTTACCATACAAACTTGAAGG	0	139	0
CTCCTTCATTTTTAATCGTTCCAGTGTATAGT	0	173	1
CTCCGTGTTGTATAACTATACACTGGAACGAT	0	187	0
          AATAACACCTCCGTGTTGTATA	0	205	0
TTATCCTAAATTTTACATTTTCATGATAAAAA	1	11	1
AAAGTGAGTGATATACCATTCCTAAAAACCCC	1	86	1
CCCGTGATTTATTTATTATTCCAGGTCTGGTA	1	117	1
CCAGGTCTGGTATAATCATTCAATCTCCGAGA	1	137	1
          ******  ****
MAP Score: 8.7672

Motif 3
          TTCAACCCCTCCCCTTGCTT	0	0	1
GCTTAATGTCTTCAAAACATATTCTACCAA	0	26	1
TCAAAACATATTCTACCAATTTTTCTGCGA	0	37	1
TGCTTTTCATTTCAAAAAAGATTTAACACT	0	68	0
AAAATGCTACTTCTAACAAAAAATTCGATT	1	39	1
AAAAATTCGATTCAACAACTTGACATTTTA	1	57	1
          **********
MAP Score: 3.06869

Motif 4
CCCCTCCCCTTGCTTAATGTCTTCAAAACATATT	0	15	1
CAGGCTGGCATTTTAATGCTTTTCATTTCAAAAA	0	80	0
CATGCAGTACTGTTTAACTTTACCTTCAAGTTTG	0	117	1
CAAGTTTGTATGGTAAAATTTCCCAAAGCCCTCC	0	143	1
CCTCCTTCATTTTTAATCGTTCCAGTGTATAGTT	0	172	1
      CTTATCCTAAATTTTACATTTTCATGAT	1	4	1
TACATTTTCATGATAAAAATGCTACTTCTAACAA	1	24	1
GATATACCATTCCTAAAAACCCCCCGTGATTTAT	1	95	1
CCCCGTGATTTATTTATTATTCCAGGTCTGGTAT	1	116	1
          *  ****  *****
MAP Score: 1.13597