AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i TP/TP_operons011_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239286 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 TP0884 29 conserved hypothetical integral membrane protein #1 TP0886 147 polyribonucleotide nucleotidyltransferase (pnp) #2 TP0891 175 translation initiation factor 2 (infB) #3 TP0892 49 N utilization substance protein A (nusA) #4 TP0893 174 conserved hypothetical protein #5 TP0895 21 T. pallidum predicted coding region TP0895 #6 TP0900 38 T. pallidum predicted coding region TP0900 #7 TP0901 40 conserved hypothetical integral membrane protein Motif 1 GGGCTTTGCATGGGGAAGTTT 1 0 1 TGGGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGG 1 20 1 TGCCGCCGAGGGGTTGTGCATAGGACGGTTG 1 40 1 GTGCATAGGACGGTTGTCCGTTCTGCTTTCT 1 55 1 CTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATAC 1 106 1 GTGTCTTTAGGCGTATTGTCTCGTAGGGTCA 2 18 0 CTAGCAACACGGGAAGTGTCTTTAGGCGTAT 2 33 0 GCTAGTGAGCAGGCTGTGCGTTCACCGGTGA 2 59 1 CAGACGGGCAGTCTGTAACGTGCACC 4 5 1 ACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCC 4 27 1 GGAGGTGCCGCCCGAGTGCGTTAGCACCCTC 4 46 1 ACCGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGGCGTA 4 83 1 CATTTTTGTGGGCCCTTGTGTGAGAGTTTTA 4 118 1 TGAGCCCCGCGAGGGGTGCGTGC 4 161 1 TCCATGCTCCGTGCCTTACCCGAAGG 6 22 0 TCTACCCAAAAGGGAGTGCGGTGCACGG 7 22 1 **** ****** MAP Score: 21.7031 Motif 2 GGGCTTTGCATGGGGAAGTTTCGCAGTGC 1 2 1 GAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTGCAT 1 24 1 GAGGGGTTGTGCATAGGACGGTTGTCCGTTCTGCTTT 1 47 1 AAGCCCTGGCACAGCCACCTGCGAAGCTAGACAAAGA 1 83 0 CTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATACATTCTG 1 106 1 AGCAGGCTGTGCGTTCACCGGTGACGTCTGGTCAAAC 2 66 1 CTTTACGTCAACATCCGCCCGTGTACGAGAGGTAGTT 2 100 0 GCAGTCTGTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGC 4 17 1 GTGGTGCGGAGGTGCCGCCCGAGTGCGTTAGCACCCT 4 39 1 CCTCACAGTAACCGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGG 4 73 1 ACAAAAATGAGGATACGCCCGCTACACACTACGCGGG 4 90 0 AACATGCTAGAGTGAGCCCCGCGAGGGGTGCGTGC 4 149 1 CCCGCCTACCTCCGCTGCGTG 5 1 0 TACGTGTTACGTCCTTCGGGTAAGGCACGGAGCAT 6 8 1 TCTACCCAAAAGGGAGTGCGGTGCACGG 7 22 1 ** * * *** * ** MAP Score: 20.3449 Motif 3 ACAACCCCTCGGCGGCACGCACTGCGAAACTTCCCCA 1 20 0 GCCGCCGAGGGGTTGTGCATAGGACGGTTGTCCGTTC 1 41 1 CGAAGCTAGACAAAGAAAGCAGAACGGACAACCGTCC 1 62 0 CCTGGCACAGCCACCTGCGAAGCTAGACAAAGAAAGC 1 79 0 AGGTGGCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATAC 1 100 1 CTAGTGAGCAGGCTGTGCGTTCACCGGTGACGTCTGG 2 60 1 AGAAGACAATCAAAGTGCGCGCAAAGAAA 2 156 1 TCTGTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCC 4 21 1 GCCCGCTACACACTACGCGGGCCTCGGTTACTGTGAG 4 74 0 TTTTAAACATGCTAGAGTGAGCCCCGCGAGGGGTGCG 4 144 1 CACGCAGCGGAGGTAGGCGGG 5 0 1 TACGTGTTACGTCCTTCGGGTAAGGCACG 6 2 1 CTACCCAAAAGGGAGTGCGGTGCACGG 7 23 1 ** * *** * *** MAP Score: 18.028 Motif 4 GGGCTTTGCATGGGGAAGTTTCGCAGTGCG 1 2 1 GGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTGCA 1 22 1 CCGCCGAGGGGTTGTGCATAGGACGGTTGTCCGTTCTG 1 42 1 TCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGGCTTG 1 83 1 GCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATACATTCTG 1 105 1 TAGTGAGCAGGCTGTGCGTTCACCGGTGACGTCTGGTC 2 61 1 GCACCTCCGCACCACGCCGGTGCACGTTACAGACTGCC 4 16 0 CCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCCCGAGTGCGTTAGCA 4 34 1 CCCGCTACACACTACGCGGGCCTCGGTTACTGTGAGGG 4 72 0 GGCCCACAAAAATGAGGATACGCCCGCTACACACTACG 4 94 0 CACGCAGCGGAGGTAGGCGGG 5 1 1 ** ** * ** * * * MAP Score: 12.6607 Motif 5 GGGCTTTGCATGGGGAAGTTTCGCAGTGCGTG 1 6 1 AGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTGCATA 1 26 1 AGACAAAGAAAGCAGAACGGACAACCGTCCTATGCA 1 56 0 TGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGGCTTGGT 1 87 1 CAGAATGTATCGCAGGCCGCACCAAGCCCTGGCACA 1 107 0 CACCGGTGAACGCACAGCCTGCTCACTAGCAACACG 2 53 0 CGTCAACATCCGCCCGTGTACGAGAGGTAGTTTGAC 2 96 0 CGCCCAAAATCGCCTAAGGAGCCGCCT 3 32 1 CTCCGCACCACGCCGGTGCACGTTACAGACTGCCCG 4 14 0 ACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCCCGAGTGCGTTA 4 33 1 CTACACACTACGCGGGCCTCGGTTACTGTGAGGGTG 4 70 0 CGTAGTGTGTAGCGGGCGTATCCTCATTTTTGTGGG 4 94 1 ACGCACCCCTCGCGGGGCTCACTCTAGCATGTTTAA 4 146 0 CCCGCCTACCTCCGCTGCGTG 5 3 0 TCCGTGCCTTACCCGAAGGACGTAACACGTA 6 5 0 GTGATGTCTACCCAAAAGGGAGTGCGGTGCACGG 7 16 1 ****** ** * * MAP Score: 11.2607 Motif 6 GGGCTTTGCATGGGGAAGTTTCGCAGTG 1 1 1 GGGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTG 1 21 1 GCCGCCGAGGGGTTGTGCATAGGACGGTTGTCCGTTC 1 41 1 TTCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGGCT 1 82 1 AGGTGGCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATAC 1 100 1 TAGCAACACGGGAAGTGTCTTTAGGCGTATTGTCTCG 2 26 0 CTAGTGAGCAGGCTGTGCGTTCACCGGTGACGTCTGG 2 60 1 CAACATCCGCCCGTGTACGAGAGGTAGTTTGACCAGA 2 92 0 CTCCTTAGGCGATTTTGGGCGAAGGTGCAGACCAAAA 3 16 0 TCCGCACCACGCCGGTGCACGTTACAGACTGCCCGTC 4 12 0 GTGGTGCGGAGGTGCCGCCCGAGTGCGTTAGCACCCT 4 39 1 AGTAACCGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGGCGTATC 4 79 1 ACGCACCCCTCGCGGGGCTCACTCTAGCATGTTTAAA 4 145 0 CACGCAGCGGAGGTAGGCGGG 5 2 1 CTACCCAAAAGGGAGTGCGGTGCACGG 7 23 1 *** **** * * * MAP Score: 7.88527 Motif 7 GGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTGCA 1 22 1 GAGGGGTTGTGCATAGGACGGTTGTCCGTTCTGCTTTC 1 47 1 TCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGGCTTG 1 83 1 GGTGGCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATACAT 1 101 1 TAGTGAGCAGGCTGTGCGTTCACCGGTGACGTCTGGTC 2 61 1 TACGTCAACATCCGCCCGTGTACGAGAGGTAGTTTGAC 2 96 0 CGGGCAGTCTGTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGT 4 14 1 CCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCCCGAGTGCGTTAGCA 4 34 1 ACCGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGGCGTATCCTCAT 4 83 1 GCACGCACCCCTCGCGGGGCTCACTCTAGCAT 4 152 0 CACGCAGCGGAGGTAGGCGGG 5 3 1 CGTGTTACGTCCTTCGGGTAAGGCACGGAGCATGGA 6 12 1 TTACGTGATGTCTACCCAAAAGGGAGTGCGGTGCACGG 7 12 1 ** *** * ** * * MAP Score: 5.43793 Motif 8 TTACCTAGATGTGGAGAAGAGTGCTTTTT 0 4 1 GGGCTTTGCATGGGGAAGTTTCGCAGTGCGTG 1 3 1 GGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTGCATA 1 23 1 CTTTCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGGCT 1 80 1 GTGGCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATACATTC 1 102 1 GTAGTTTGACCAGACGTCACCGGTGAACGCACAGCCTGC 2 67 0 TCCTTTACGTCAACATCCGCCCGTGTACGAGAGGTAGTT 2 100 0 GCGGCACCTCCGCACCACGCCGGTGCACGTTACAGACTG 4 18 0 ACGCCCGCTACACACTACGCGGGCCTCGGTTACTGTGAG 4 74 0 TACGTGTTACGTCCTTCGGGTAAGGCACGGAGCATGGA 6 9 1 * ** *** ** * * MAP Score: 5.11681 Motif 9 TTACCTAGATGTGGAGAAGAGTGCTTTTT 0 1 1 GGGCTTTGCATGGGGAAGTTTCGCAGTGCG 1 0 1 TGGGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTGCA 1 20 1 CTGCTTTCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGG 1 77 1 CAGGTGGCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATACAT 1 99 1 TGAGCAGGCTGTGCGTTCACCGGTGACGTCTGGTCAAACT 2 64 1 ACTACCTCTCGTACACGGGCGGATGTTGACGTAAAGGAGA 2 101 1 CCTTAGGCGATTTTGGGCGAAGGTGCAGACCAAAAGCCCT 3 11 0 GGGCAGTCTGTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCC 4 15 1 AAACATGCTAGAGTGAGCCCCGCGAGGGGTGCGTGC 4 148 1 TACGTCCTTCGGGTAAGGCACGGAGCATGGA 6 17 1 * * ** *** * * * MAP Score: 4.59576 Motif 10 GGGCTTTGCATGGGGAAGTTTCGCAGTG 1 2 1 GGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTG 1 22 1 TCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGGCT 1 83 1 GGCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATACATT 1 104 1 AACTACCTCTCGTACACGGGCGGATGTTGACGTAAA 2 100 1 GGCGATTTTGGGCGAAGGTGCAGACCAAAAGCCCTT 3 10 0 GCCCAAAATCGCCTAAGGAGCCGCCT 3 33 1 GGCGGCACCTCCGCACCACGCCGGTGCACGTTACAG 4 22 0 AGGGTGCTAACGCACTCGGGCGGCACCTCCGCACCA 4 40 0 CGCGGGCCTCGGTTACTGTGAGGGTGCTAACGCACT 4 60 0 ACCGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGGCGTATCCTC 4 83 1 CATTTTTGTGGGCCCTTGTGTGAGAGTTTTAAACAT 4 118 1 GCACGCACCCCTCGCGGGGCTCACTCTAGCAT 4 152 0 CACGCAGCGGAGGTAGGCGGG 5 3 1 TACGTGTTACGTCCTTCGGGTAAGGCACGGAGCATG 6 10 1 ** ** ***** * MAP Score: 4.43763 Motif 11 GGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTG 1 22 1 TCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGG 1 83 1 GGTGGCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGAT 1 101 1 AAAGACACTTCCCGTGTTGCTAGTGAGCAGGCTG 2 41 1 TGTGCGTTCACCGGTGACGTCTGGTCAAACTACC 2 73 1 GTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCC 4 24 1 GGAGGTGCCGCCCGAGTGCGTTAGCACCCTCACA 4 46 1 GTAACCGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGGCGTA 4 80 1 TAGAGTGAGCCCCGCGAGGGGTGCGTGC 4 156 1 CACGCAGCGGAGGTAGGCGGG 5 3 1 TCTACCCAAAAGGGAGTGCGGTGCACGG 7 22 1 ** *** *** ** MAP Score: 3.95935 Motif 12 GGGCTTTGCATGGGGAAGTTTCGCAGTGCG 1 2 1 GGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTGCA 1 22 1 GAGGGGTTGTGCATAGGACGGTTGTCCGTTCTGCTTTC 1 47 1 TCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGGCTTG 1 83 1 TAGTGAGCAGGCTGTGCGTTCACCGGTGACGTCTGGTC 2 61 1 TACGTCAACATCCGCCCGTGTACGAGAGGTAGTTTGAC 2 96 0 AGTCTGTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGC 4 19 1 GTGCGGAGGTGCCGCCCGAGTGCGTTAGCACCCTCACA 4 42 1 CCCGCGTAGTGTGTAGCGGGCGTATCCTCATTTTTGTG 4 90 1 GCTAGAGTGAGCCCCGCGAGGGGTGCGTGC 4 154 1 CCCGCCTACCTCCGCTGCGTG 5 0 0 CGTCCTTCGGGTAAGGCACGGAGCATGGA 6 19 1 ** *** ** * * * MAP Score: 3.95743 Motif 13 GGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTG 1 22 1 TCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGG 1 83 1 AGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATACATTCTGTTCT 1 113 1 GCCTAAAGACACTTCCCGTGTTGCTAGTGAGCAG 2 37 1 TACGTCAACATCCGCCCGTGTACGAGAGGTAGTT 2 100 0 GTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCC 4 24 1 GTGCGGAGGTGCCGCCCGAGTGCGTTAGCACCCT 4 42 1 CACAGTAACCGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGG 4 76 1 ATGCTAGAGTGAGCCCCGCGAGGGGTGCGTGC 4 152 1 CACGCAGCGGAGGTAGGCGGG 5 3 1 CGTGTTACGTCCTTCGGGTAAGGCACGGAGCATG 6 12 1 ** ***** * ** MAP Score: 3.64758 Motif 14 GTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTGCAT 1 27 1 CTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGGC 1 84 1 GCAGGTGGCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGC 1 98 1 CGTGTTGCTAGTGAGCAGGCTGTGCGTTCACCGG 2 53 1 CAGGCTGTGCGTTCACCGGTGACGTCTGGTCAAA 2 68 1 ACTACCTCTCGTACACGGGCGGATGTTGACGTAA 2 101 1 AGGCGGCTCCTTAGGCGATTTTGGGCGAAG 3 29 0 AGTCTGTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTG 4 19 1 CACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCCCGAGTGCG 4 32 1 TGCGGAGGTGCCGCCCGAGTGCGTTAGCACCCTC 4 43 1 GGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGGCGTATCCTCATT 4 88 1 AGAGTGAGCCCCGCGAGGGGTGCGTGC 4 157 1 **** * **** * MAP Score: 2.7173 Motif 15 GCTTTGCATGGGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGC 1 12 1 AGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGTGCA 1 26 1 TGCTTTCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGC 1 78 1 GCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATACAT 1 105 1 TCTCCTTTACGTCAACATCCGCCCGTGTACGAGA 2 107 0 AACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCCCG 4 26 1 ACGTCCTTCGGGTAAGGCACGGAGCATGGA 6 18 1 *** * * ***** MAP Score: 2.59299 Motif 16 ATGCACAACCCCTCGGCGGCACGCACTGCGAAACTTCC 1 23 0 TAGACAAAGAAAGCAGAACGGACAACCGTCCTATGCAC 1 55 0 AATGTATCGCAGGCCGCACCAAGCCCTGGCACAGCCAC 1 102 0 CCGTGTTGCTAGTGAGCAGGCTGTGCGTTCACCGGTGA 2 52 1 CAGACGGGCAGTCTGTAACGTGCACCGGCGTGGTGCG 4 9 1 GTGCTAACGCACTCGGGCGGCACCTCCGCACCACGCCG 4 35 0 CCTCACAGTAACCGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGGC 4 73 1 TAAACATGCTAGAGTGAGCCCCGCGAGGGGTGCGTGC 4 147 1 TCTACCCAAAAGGGAGTGCGGTGCACGG 7 22 1 ** * * ** ** * * MAP Score: 2.3975 Motif 17 GGGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTG 1 21 1 TTCTTTGTCTAGCTTCGCAGGTGGCTGTGCCAGGG 1 82 1 TATCGCAGGCCGCACCAAGCCCTGGCACAGCCACC 1 101 0 CGCCTAAAGACACTTCCCGTGTTGCTAGTGAGCAG 2 36 1 CGCCCAAAATCGCCTAAGGAGCCGCCT 3 32 1 TGTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCC 4 23 1 AACCGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGGCGTATCC 4 82 1 GCACGCACCCCTCGCGGGGCTCACTCTAGCAT 4 152 0 CACGCAGCGGAGGTAGGCGGG 5 2 1 ACGTGTTACGTCCTTCGGGTAAGGCACGGAGCATG 6 11 1 *** *** * * ** MAP Score: 2.07964 Motif 18 GGGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTT 1 21 1 TGGCTGTGCCAGGGCTTGGTGCGGCCTGCGATAC 1 103 1 TGTGCGTTCACCGGTGACGTCTGGTCAAACTACC 2 73 1 AAACTACCTCTCGTACACGGGCGGATGTTGACGT 2 99 1 GTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCC 4 24 1 TCACAGTAACCGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGG 4 75 1 TAGAGTGAGCCCCGCGAGGGGTGCGTGC 4 156 1 TTACGTCCTTCGGGTAAGGCACGGAGCATGGA 6 16 1 TGATGTCTACCCAAAAGGGAGTGCGGTGCACGG 7 17 1 **** ** **** MAP Score: 1.54786 Motif 19 GGGAAGTTTCGCAGTGCGTGCCGCCGAGGGGTTGT 1 22 1 AGAATGTATCGCAGGCCGCACCAAGCCCTGGCACA 1 107 0 TTGCTAGTGAGCAGGCTGTGCGTTCACCGGTGACG 2 57 1 CAGACGGGCAGTCTGTAACGTGCACCGGCGTG 4 7 1 GTAACGTGCACCGGCGTGGTGCGGAGGTGCCGCCC 4 24 1 CGAGGCCCGCGTAGTGTGTAGCGGGCGTATCCTCA 4 85 1 TAAACATGCTAGAGTGAGCCCCGCGAGGGGTGCGT 4 147 1 TACCCAAAAGGGAGTGCGGTGCACGG 7 24 1 **** * * *** * MAP Score: 1.14851