AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i TP/TP_operons021_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239694 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 TP0145 109 long-chain-fatty-acid--CoA ligase #1 TP0367 300 chromosome segregation protein, putative #2 TP0407 127 phosphoglycolate phosphatase (gph-1) #3 TP0408 78 T. pallidum predicted coding region TP0408 Motif 1 TTCACGCGACGCACAGCGGGTACCCGCGGGCGCCACGCTGGAC 3 27 0 ATGGTTTCTTGAGGTTTTTGCCTTCGCGCGCGGAGTGCCCGTC 1 61 1 AGAGGCTGATAGACAGCGCGGTGCTGCGTGCGTACAATGGGCC 2 70 1 TTTGCTCGGGGCCCTGTGGTGCCTTTCCTGCGGTGTAGTTTCT 1 166 1 CGGATGTGTCCTGCGGGCTGTCTCGTACGGTTTGCCCGCT 1 7 1 TCGCGCGCGGAGTGCCCGTCTCTCTGCGTGCGTGTTTTCTGTG 1 84 1 CATAGCTCTAGAGCTCCTATCCAGGGTGAGGGGTACAGTGCTG 0 35 1 ATTTTGAAGAGGTGCACACGTTGTATTGTGCGCATGAAAGAGG 1 258 1 GGGCTGAGGGAGACACCACTTCTCCTCTTGCGGCACACACACA 1 123 0 ACACGGCACTGGATATCGGGTGCGTGCACTGTG 2 0 1 CTCAAAGGGAGTGCATTCGGTACACTCGCCCGC 0 86 1 TCTGCCGAACCCCACACGTCCAGCGTGGCGCCCGCG 3 3 1 AAACCTCAAGAAACCATCCACACACGCAAGCGGGCAAACCGTA 1 35 0 TATCGGGTGCGTGCACTGTGTGTGTTTGTGTGGAGGCGGTAGA 2 23 1 CTCTAGAGCTATGCTATAGTCCCCGGCGGGGAGAGGCT 0 5 0 GAGGGGTACAGTGCTGCTGTCTTGCTCAAAGGGAGTGCATTCG 0 62 1 * * * *** **** MAP Score: 20.6112 Motif 2 CTAGAGCTATGCTATAGTCCCCGGCGGGGAGAGGCT 0 5 0 GTACAGTGCTGCTGTCTTGCTCAAAGGGAGTGCATTCGGTA 0 67 1 CAAAGGGAGTGCATTCGGTACACTCGCCCGC 0 88 1 GATGTGTCCTGCGGGCTGTCTCGTACGGTTTGCCCGCTTGC 1 12 1 CGTACGGTTTGCCCGCTTGCGTGTGTGGATGGTTTCTTGAG 1 33 1 GTGTGTGGATGGTTTCTTGAGGTTTTTGCCTTCGCGCGCGG 1 53 1 TTTTGCCTTCGCGCGCGGAGTGCCCGTCTCTCTGCGTGCGT 1 76 1 CCGTCTCTCTGCGTGCGTGTTTTCTGTGTGTGTGCCGCAAG 1 99 1 TGTGTGTGCCGCAAGAGGAGAAGTGGTGTCTCCCTCAGCCC 1 125 1 TCAGCCCTTTGCTCGGGGCCCTGTGGTGCCTTTCCTGCGGT 1 159 1 ACTGGATATCGGGTGCGTGCACTGTGTGTGTTTGTGTGGAG 2 17 1 GTGTTTGTGTGGAGGCGGTAGATAAGAGAGGCTGATAGACA 2 44 1 GCACGCAGCACCGCGCTGTCTATCAGCCTCTCTTATCTACC 2 60 0 GCGCGGTGCTGCGTGCGTACAATGGGCCATGGGGAAGCCGA 2 85 1 CCCGCGGGCGCCACGCTGGACGTGTGGGGTTCGGCAGA 3 7 0 AGCGTGGCGCCCGCGGGTACCCGCTGTGCGTCGCGTGAAGA 3 31 1 ** **** * * * * MAP Score: 18.8159 Motif 3 AGCCTCTCCCCGCCGGGGACTATAGCA 0 1 1 AGGGTGAGGGGTACAGTGCTGCTGTCTTGCTCAAAG 0 57 1 GGAGTGCATTCGGTACACTCGCCCGC 0 93 1 CGGATGTGTCCTGCGGGCTGTCTCGTAC 1 2 1 CTGTCTCGTACGGTTTGCCCGCTTGCGTGTGTGGAT 1 27 1 GTTTCTTGAGGTTTTTGCCTTCGCGCGCGGAGTGCC 1 64 1 CGCGGAGTGCCCGTCTCTCTGCGTGCGTGTTTTCTG 1 89 1 GAGGGAGACACCACTTCTCCTCTTGCGGCACACACA 1 125 0 TCGGGGCCCTGTGGTGCCTTTCCTGCGGTGTAGTTT 1 171 1 ACACCGCTCCCTCTTTCATGCGCACAA 1 283 0 CACGGCACTGGATATCGGGTGCGTGCACTGTGTGTG 2 11 1 CTGATAGACAGCGCGGTGCTGCGTGCGTACAATGGG 2 75 1 TGCCGAACCCCACACGTCCAGCGTGGCGCCCGCGGG 3 12 1 GCGACGCACAGCGGGTACCCGCGGGCGCCACGCTGG 3 29 0 * ********* MAP Score: 16.9516 Motif 4 AGCTCCTATCCAGGGTGAGGGGTACAGTGCTG 0 46 1 CGGATGTGTCCTGCGGGCTGTCTCGTAC 1 6 1 CTGTCTCGTACGGTTTGCCCGCTTGCGTGTGT 1 27 1 GTTTGCCCGCTTGCGTGTGTGGATGGTTTCTT 1 39 1 CTTGAGGTTTTTGCCTTCGCGCGCGGAGTGCC 1 68 1 CCTTCGCGCGCGGAGTGCCCGTCTCTCTGCGT 1 81 1 GAGTGCCCGTCTCTCTGCGTGCGTGTTTTCTG 1 93 1 TGCGTGCGTGTTTTCTGTGTGTGTGCCGCAAG 1 108 1 GTGCACACGTTGTATTGTGCGCATGAAAGAGG 1 269 1 GCACTGGATATCGGGTGCGTGCACTGTGTGTG 2 15 1 CGGGTGCGTGCACTGTGTGTGTTTGTGTGGAG 2 26 1 GAGAGGCTGATAGACAGCGCGGTGCTGCGTGC 2 69 1 TAGACAGCGCGGTGCTGCGTGCGTACAATGGG 2 79 1 TGGGGAAGCCGAGGTTTCGTGCA 2 114 1 GAACCCCACACGTCCAGCGTGGCGCCCGCGGG 3 16 1 CCCGCGGGTACCCGCTGTGCGTCGCGTGAAGA 3 40 1 * * ******** MAP Score: 14.2115 Motif 5 AGCCTCTCCCCGCCGGGGACTATAGCATAGCTCTA 0 7 1 CTATAGCATAGCTCTAGAGCTCCTATCCAGGGTGAGGG 0 29 1 CTCCTATCCAGGGTGAGGGGTACAGTGCTGCTGTCTTG 0 48 1 CGAATGCACTCCCTTTGAGCAAGACAGCAGCACTGTAC 0 67 0 GCGGGCGAGTGTACCGAATGCACTCCCTTT 0 89 0 GTACGAGACAGCCCGCAGGACACATCCG 1 0 0 CGTACGGTTTGCCCGCTTGCGTGTGTGGATGGTTTCTT 1 33 1 TGAGGTTTTTGCCTTCGCGCGCGGAGTGCCCGTCTCTC 1 70 1 GTGCCCGTCTCTCTGCGTGCGTGTTTTCTGTGTGTGTG 1 95 1 CGTGTTTTCTGTGTGTGTGCCGCAAGAGGAGAAGTGGT 1 114 1 CCGAGCAAAGGGCTGAGGGAGACACCACTTCTCCTCTT 1 137 0 CTTTGCTCGGGGCCCTGTGGTGCCTTTCCTGCGGTGTA 1 165 1 ACTGGATATCGGGTGCGTGCACTGTGTGTGTTTGTGTG 2 17 1 AGATAAGAGAGGCTGATAGACAGCGCGGTGCTGCGTGC 2 63 1 GACAGCGCGGTGCTGCGTGCGTACAATGGGCCATGGGG 2 81 1 GCGTACAATGGGCCATGGGGAAGCCGAGGTTTCGTGCA 2 99 1 GCCACGCTGGACGTGTGGGGTTCGGCAGA 3 1 0 CAGCGGGTACCCGCGGGCGCCACGCTGGACGTGTGGGG 3 19 0 CCCGCGGGTACCCGCTGTGCGTCGCGTGAAGACGAAGG 3 40 1 ***** * ** * * MAP Score: 13.3239 Motif 6 AGCCTCTCCCCGCCGGGGACTATAGCATAG 0 3 1 CTCTAGAGCTCCTATCCAGGGTGAGGGGTACAGTGCT 0 40 1 CAGTGCTGCTGTCTTGCTCAAAGGGAGTGCATTCGGT 0 70 1 CGGATGTGTCCTGCGGGCTGTCTCGTACGGTTTG 1 7 1 GAGGTTTTTGCCTTCGCGCGCGGAGTGCCCGTCTCTC 1 71 1 ACAGAAAACACGCACGCAGAGAGACGGGCACTCCGCG 1 89 0 TCTGCGTGCGTGTTTTCTGTGTGTGTGCCGCAAGAGG 1 106 1 GTCTCCCTCAGCCCTTTGCTCGGGGCCCTGTGGTGCC 1 152 1 CTGGATATCGGGTGCGTGCACTGTGTGTGTTTGTGTG 2 18 1 CGCGGTGCTGCGTGCGTACAATGGGCCATGGGGAAGC 2 86 1 ACCCGCGGGCGCCACGCTGGACGTGTGGGGTTCGGCA 3 12 0 GGCGCCCGCGGGTACCCGCTGTGCGTCGCGTGAAGAC 3 36 1 * * *** * * * * * MAP Score: 8.10263 Motif 7 ATAGCTCTAGAGCTCCTATCCAGGGTGAGGGGTACAGTGCTG 0 36 1 CAGTGCTGCTGTCTTGCTCAAAGGGAGTGCATTCGGTACACT 0 70 1 CTGTCTCGTACGGTTTGCCCGCTTGCGTGTGTGGATGGTTTC 1 27 1 TGGTTTCTTGAGGTTTTTGCCTTCGCGCGCGGAGTGCCCGTC 1 62 1 CGCGCGCGGAGTGCCCGTCTCTCTGCGTGCGTGTTTTCTGTG 1 85 1 TTTTCTGTGTGTGTGCCGCAAGAGGAGAAGTGGTGTCTCCCT 1 118 1 AAGTGGTGTCTCCCTCAGCCCTTTGCTCGGGGCCCTGTGGTG 1 145 1 GCTCGGGGCCCTGTGGTGCCTTTCCTGCGGTGTAGTTTCTAT 1 169 1 ACGTTGTATTGTGCGCATGAAAGAGGGAGCGGTGT 1 275 1 ACACGGCACTGGATATCGGGTGCGTGCACTGTGTG 2 3 1 CGGGTGCGTGCACTGTGTGTGTTTGTGTGGAGGCGGTAGATA 2 26 1 CGGTAGATAAGAGAGGCTGATAGACAGCGCGGTGCTGCGTGC 2 59 1 ACCCGCGGGCGCCACGCTGGACGTGTGGGGTTCGGCAGA 3 7 0 GCGTGGCGCCCGCGGGTACCCGCTGTGCGTCGCGTGAAGACG 3 32 1 TGTGCGTCGCGTGAAGACGAAGGTGAGTGGAGC 3 55 1 * * * * * * **** MAP Score: 7.82318 Motif 8 CTATGCTATAGTCCCCGGCGGGGAGAGGCT 0 5 0 TCTAGAGCTCCTATCCAGGGTGAGGGGTACAGTGC 0 41 1 CGGATGTGTCCTGCGGGCTGTCTCGTACGG 1 5 1 ACCATCCACACACGCAAGCGGGCAAACCGTACGAG 1 31 0 AGAGACGGGCACTCCGCGCGCGAAGGCAAAAACCT 1 72 0 ACACAGAAAACACGCACGCAGAGAGACGGGCACTC 1 93 0 CTGTGTGTGTGCCGCAAGAGGAGAAGTGGTGTCTC 1 122 1 GCAGGAAAGGCACCACAGGGCCCCGAGCAAAGGGC 1 162 0 CCTGTGGTGCCTTTCCTGCGGTGTAGTTTCTATAC 1 178 1 ATTTTGAAGAGGTGCACACGTTGTATTGTGCGCAT 1 258 1 ACCGCTCCCTCTTTCATGCGCACAATACAACGTGT 1 273 0 AAACACACACAGTGCACGCACCCGATATCCAGTGC 2 15 0 AGAGAGGCTGATAGACAGCGCGGTGCTGCGTGCGT 2 68 1 ACAGCGCGGTGCTGCGTGCGTACAATGGGCCATGG 2 82 1 TCTGCCGAACCCCACACGTCCAGCGTGGCGCCC 3 8 1 ACAGCGGGTACCCGCGGGCGCCACGCTGGACGTGT 3 23 0 * *** **** * * MAP Score: 6.01159 Motif 9 AGCCTCTCCCCGCCGGGGACTATAGCA 0 1 1 TAGCTCTAGAGCTCCTATCCAGGGTGAGGGGTACAG 0 37 1 GTACAGTGCTGCTGTCTTGCTCAAAGGGAGTGCATT 0 67 1 GGAGTGCATTCGGTACACTCGCCCGC 0 93 1 CGGATGTGTCCTGCGGGCTGTCTCGTA 1 1 1 AAGAAACCATCCACACACGCAAGCGGGCAAACCGTA 1 35 0 TGAGGTTTTTGCCTTCGCGCGCGGAGTGCCCGTCTC 1 70 1 GCGCGGAGTGCCCGTCTCTCTGCGTGCGTGTTTTCT 1 88 1 CTTCTCCTCTTGCGGCACACACACAGAAAACACGCA 1 112 0 GAGGAGAAGTGGTGTCTCCCTCAGCCCTTTGCTCGG 1 139 1 ACTGGATATCGGGTGCGTGCACTGTGTGTGTTTGTG 2 17 1 CTTATCTACCGCCTCCACACAAACACACACAGTGCA 2 34 0 GATAAGAGAGGCTGATAGACAGCGCGGTGCTGCGTG 2 64 1 CACGAAACCTCGGCTTCCCCATGGCCCATTGTACGC 2 99 0 CTGCCGAACCCCACACGTCCAGCGTGGCGCCCGCGG 3 11 1 GACGCACAGCGGGTACCCGCGGGCGCCACGCTGGAC 3 27 0 ** * * * *** * * MAP Score: 5.86159 Motif 10 AGCCTCTCCCCGCCGGGGACTATAG 0 1 1 GGGGACTATAGCATAGCTCTAGAGCTCCTATCCA 0 24 1 AGCACTGTACCCCTCACCCTGGATAGGAGCTCTA 0 43 0 TGTACCGAATGCACTCCCTTTGAGCAAGACAGCA 0 76 0 CGGATGTGTCCTGCGGGCTGTCTCG 1 1 1 TGTCCTGCGGGCTGTCTCGTACGGTTTGCCCGCT 1 16 1 CGGTTTGCCCGCTTGCGTGTGTGGATGGTTTCTT 1 37 1 TGAGGTTTTTGCCTTCGCGCGCGGAGTGCCCGTC 1 70 1 CGCGGAGTGCCCGTCTCTCTGCGTGCGTGTTTTC 1 89 1 TGCGTGTTTTCTGTGTGTGTGCCGCAAGAGGAGA 1 112 1 GAGGAGAAGTGGTGTCTCCCTCAGCCCTTTGCTC 1 139 1 TCTCCCTCAGCCCTTTGCTCGGGGCCCTGTGGTG 1 153 1 CCCTGTGGTGCCTTTCCTGCGGTGTAGTTTCTAT 1 177 1 AGTGCACGCACCCGATATCCAGTGCCGTGT 2 6 0 TGCACTGTGTGTGTTTGTGTGGAGGCGGTAGATA 2 34 1 TTGTACGCACGCAGCACCGCGCTGTCTATCAGCC 2 73 0 CGAAACCTCGGCTTCCCCATGGCCCATTGTACGC 2 99 0 TCTGCCGAACCCCACACGTCCAGCGTG 3 3 1 CGGGTACCCGCGGGCGCCACGCTGGACGTGTGGG 3 20 0 TGGCGCCCGCGGGTACCCGCTGTGCGTCGCGTGA 3 35 1 ** * ****** * MAP Score: 4.41874 Motif 11 AGCCTCTCCCCGCCGGGGAC 0 0 1 AAGACAGCAGCACTGTACCCCTCACCCTGG 0 55 0 CGGGCGAGTGTACCGAATGCACTCCCTTTG 0 88 0 GGCTGTCTCGTACGGTTTGCCCGCTTGCGT 1 25 1 GAGACGGGCACTCCGCGCGCGAAGGCAAAA 1 76 0 GACACCACTTCTCCTCTTGCGGCACACACA 1 125 0 CAGCCCTTTGCTCGGGGCCCTGTGGTGCCT 1 160 1 TTCAAAATCGAACCGAACCCTTTCCAACCA 1 236 0 ACACCGCTCCCTCTTTCATGC 1 289 0 CAAACACACACAGTGCACGCACCCGATATC 2 21 0 CTCTCTTATCTACCGCCTCCACACAAACAC 2 44 0 TGCACGAAACCTCGGCTTCCCCATGGCCCA 2 107 0 TCTGCCGAACCCCACACGTCCA 3 2 1 CCGAACCCCACACGTCCAGCGTGGCGCCCG 3 14 1 GCGTGGCGCCCGCGGGTACCCGCTGTGCGT 3 32 1 CCTTCGTCTTCACGCGACGCACAGCGGGTA 3 48 0 ********** MAP Score: 3.56761 Motif 12 CTATAGTCCCCGGCGGGGAGAGGCT 0 3 0 GCGGGCGAGTGTACCGAATGCACT 0 95 0 CGGATGTGTCCTGCGGGCTGTCT 1 1 1 GCCCGCTTGCGTGTGTGGATGGTTTCTTGAGG 1 43 1 TTGCCTTCGCGCGCGGAGTGCCCGTCTCTCTG 1 78 1 CTCTCTGCGTGCGTGTTTTCTGTGTGTGTGCC 1 103 1 TGGATATCGGGTGCGTGCACTGTGTGTGTTTG 2 19 1 GTGTGTGTTTGTGTGGAGGCGGTAGATAAGAG 2 40 1 CTGATAGACAGCGCGGTGCTGCGTGCGTACAA 2 75 1 CACGCTGGACGTGTGGGGTTCGGCAGA 3 5 0 CACACGTCCAGCGTGGCGCCCGCGGGTACCCG 3 22 1 GGTACCCGCTGTGCGTCGCGTGAAGACGAAGG 3 46 1 ****** *** * MAP Score: 3.06446 Motif 13 GCCTTCGCGCGCGGAGTGCCCGTCTCTCTGC 1 80 1 AGAGGAGAAGTGGTGTCTCCCTCAGCCCTTT 1 138 1 AGCCCTTTGCTCGGGGCCCTGTGGTGCCTTT 1 161 1 CTGATAGACAGCGCGGTGCTGCGTGCGTACA 2 75 1 CAATGGGCCATGGGGAAGCCGAGGTTTCGTG 2 104 1 TCTGCCGAACCCCACACGTCCAG 3 2 1 CACACGTCCAGCGTGGCGCCCGCGGGTACCC 3 22 1 GCGACGCACAGCGGGTACCCGCGGGCGCCAC 3 34 0 GCTGTGCGTCGCGTGAAGACGAAGGTGAGTG 3 53 1 ****** **** MAP Score: 2.52356